DNA的甲基化往往與基因的轉(zhuǎn)錄活性成反比固该，所以DNA的甲基化程度勢必會影響基因的表達(dá)水平急侥，進(jìn)而影響基因的功能同眯。今天我們就來看看如何將甲基化數(shù)據(jù)和基因表達(dá)水平數(shù)據(jù)進(jìn)行整合分析调炬。
? ? 在次之前呢，需要先給大家說一下甲基化驅(qū)動基因(methylation-driven genes)的概念哑了，如一個基因在癌癥樣本中相比正常樣本低表達(dá)赘方，而該基因在癌癥樣本中被高度甲基化，那么該基因就是一個methylation-driven gene弱左。以下為完整的分析流程：
該流程中在數(shù)據(jù)預(yù)處理的時候需要注意的一點(diǎn)是窄陡，如果甲基化數(shù)據(jù)中有正常也有癌癥樣本，那么就需要先計(jì)算出差異的甲基化基因拆火，因?yàn)榧谆町惓潭纫话銢]有基因表達(dá)水平差異那么大跳夭，所以建議條件設(shè)置為：|logFC|>0, P<0.05。若甲基化數(shù)據(jù)中只有癌癥樣本们镜，則可以按照以上流程進(jìn)行币叹。對篩選出的差異表達(dá)基因和甲基化基因經(jīng)過相關(guān)性分析后，保留cor<-0.3,p<0.05的DNA甲基化驅(qū)動基因?qū)Α?br>
上述篩選出的DNA甲基化驅(qū)動基因需要先經(jīng)過LASSO回歸初步篩選出與生存預(yù)后相關(guān)的基因模狭，然后通過多因素Cox回歸最終確定最佳的預(yù)后風(fēng)險評估模型颈抚。后續(xù)可對模型中涉及的基因進(jìn)行KM,ROC，相關(guān)性擬合圖胞皱，甲基化程度密度度圖邪意，聚類熱圖，風(fēng)險得分散點(diǎn)圖等......,除此之外呢反砌，還可以進(jìn)行比如mRNA-ceRNA互作網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建雾鬼，PPI網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建，mRNA-TF網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建......可以根據(jù)具體的研究方向適當(dāng)增加相關(guān)分析宴树。
以上就是甲基化驅(qū)動基因的相關(guān)分析策菜，趕快點(diǎn)贊，關(guān)注酒贬，轉(zhuǎn)發(fā)三連又憨。
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