基因結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)中同源注釋策略绍申，將mRNA顾彰、cDNA、蛋白涨享、EST等序列比對(duì)到組裝的基因組中，在文章中通常使用以下比對(duì)軟件：
- tblastn
- gamp
- exonerate
- blat
根據(jù)我的實(shí)測(cè)厕隧，以上軟件整體都比較慢。gmap可設(shè)置多線(xiàn)程來(lái)提升速度髓迎。tblastn雖然也可以，但對(duì)提速?zèng)]什么影響排龄。exonerate和gamp巨吃?xún)?nèi)存翎朱。
以下是跑的資源情況。我的組裝基因組約400Mb闭翩。tblastn的查詢(xún)序列311764條，gmap的查詢(xún)序列1483791條疗韵，exonerate的查詢(xún)序列43632條。
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另有一款軟件 spaln：https://github.com/ogotoh/spaln流译，據(jù)說(shuō)很快者疤。但文檔比較費(fèi)解，我懶得摸索驹马，暫時(shí)還沒(méi)用起來(lái)除秀。
因此算利，我的建議是如果你的服務(wù)器配置很高，首選gmap多設(shè)線(xiàn)程效拭。配置不高或者想快速獲得結(jié)果情況下，可拆分query序列（蛋白/cDNA/mRNA/EST）缎患，進(jìn)行并行比對(duì)，最后進(jìn)行合并肮街。尤其是tblastn之類(lèi)的軟件，必須這樣才行低散。否則建議嘗試用spaln（影響力較低骡楼，沒(méi)用過(guò)稽鞭，還不好說(shuō)）鸟整。
