VIA
步驟1:對(duì)單細(xì)胞級(jí)圖進(jìn)行聚類(lèi)，使每個(gè)節(jié)點(diǎn)代表一個(gè)單細(xì)胞集群(通過(guò)我們的聚類(lèi)算法parc計(jì)算)乾吻。得到的聚類(lèi)圖構(gòu)成了后續(xù)隨機(jī)漫步的基礎(chǔ)
第2步:兩階段偽時(shí)間計(jì)算:(i)偽時(shí)間(相對(duì)于用戶(hù)定義的開(kāi)始單元格)首先通過(guò)沿?zé)o向圖
進(jìn)行延遲傳送隨機(jī)漫步的預(yù)期命中時(shí)間計(jì)算灵疮。在每一步织阅，懶惰(小概率)可以保持(橙色箭頭)或傳送(紅色箭頭)到任何其他狀態(tài)。(ii)然后根據(jù)預(yù)期命中時(shí)間對(duì)邊緣進(jìn)行前向偏置(參見(jiàn)前向偏置邊緣震捣，如圖所示為雙箭頭大小的不平衡)荔棉。通過(guò)運(yùn)行馬爾可夫鏈蒙特卡羅(MCMC)模擬，在有向圖上進(jìn)一步改進(jìn)了偽時(shí)間(參見(jiàn)從根開(kāi)始的三個(gè)突出顯示的路徑)ps：沒(méi)看懂
步驟3:根據(jù)有向圖的頂點(diǎn)連通性對(duì)終端狀態(tài)進(jìn)行一致投票蒿赢。
步驟:在延遲傳送MCMC模擬下润樱，以訪問(wèn)頻率計(jì)算的譜系可能性。步驟5:使用原始的單細(xì)胞knn圖將時(shí)間排序和譜系概率投影到單細(xì)胞水平羡棵，以實(shí)現(xiàn)可視化壹若，將網(wǎng)絡(luò)拓?fù)浜蛦渭?xì)胞水平的偽時(shí)間/譜系概率屬性結(jié)合到使用GAMs的嵌入上，以及無(wú)監(jiān)督的下游分析
