今天小編分享一篇思路既簡單又清晰的純生信+PCR的文章，文章發(fā)表在Cancer Cell International上刁愿，這本期刊的影響因子：4.175绰寞，中科院最新分區(qū)：3區(qū)，屬于OA期刊铣口，需要版面費滤钱，從投稿到接收大約需要122天，不在中科院發(fā)布的國際預(yù)警期刊名單上脑题。這篇文章的圖表都是比較普通的件缸，唯一的亮點就是補(bǔ)了一個PCR驗證表達(dá)量，也算是有點實驗驗證的文章叔遂，這個比完全純的生信數(shù)據(jù)挖掘會好發(fā)一點他炊。參考文章：Identification of four genes and biological characteristics of esophageal squamous cell carcinoma by integrated bioinformatics analysis
文章具體分析思路如下：
1争剿、作者從GEO數(shù)據(jù)庫下載了6套數(shù)據(jù)，然后進(jìn)行整合分析痊末，使用limma進(jìn)行差異分析蚕苇，一共得到幾百個差異基因
2、將得到的差異基因進(jìn)行GO富集分析凿叠、KEGG富集分析涩笤、PPI分析
3、在網(wǎng)絡(luò)中篩選hub基因盒件，一共得到四個hub基因蹬碧，并且使用GEPIA數(shù)據(jù)庫對這四個hub基因進(jìn)行生存分析
4、使用GEPIA數(shù)據(jù)庫和Oncomine數(shù)據(jù)庫進(jìn)行驗證這四個hub基因的表達(dá)量
5履恩、使用qRT-PCR驗證這四個hub基因的表達(dá)量
總的來說锰茉，有實驗的生信會比完全純的生信好發(fā)，哪怕你只補(bǔ)上一個簡單的PCR驗證切心。這樣的實驗不需要你有國自然基金資助，你只需要一個市級課題或者校級課題的基金資助即可片吊，或者是自己自費完成都不成問題绽昏。當(dāng)然如果你不想補(bǔ)PCR ，沒有任何經(jīng)費的話也不想自費的話俏脊，可以使用TCGA數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)進(jìn)行驗證相關(guān)hub基因的表達(dá)量并且可以構(gòu)建模型等內(nèi)容加深文章的深度全谤。
