富集分析可以繪制很多不同的圖形和兩種結(jié)果表
一、兩種結(jié)果表
1漾峡、GO富集分析結(jié)果以及表頭各列的含義如下：
1）ONTOLOGY：表示GO分類的種類攻旦，通常有三個(gè)主要的類別：
① BP：生物過程（Biological Process）
② CC：細(xì)胞組成（Cellular Component）
③ MF：分子功能（Molecular Function）
2）ID：GO條目的編號(hào)，唯一標(biāo)識(shí)某個(gè)GO術(shù)語（例如GO:0008150代表生物過程類別中的“生物學(xué)過程”）生逸。
3）Description：GO條目的描述牢屋，通常會(huì)簡(jiǎn)要說明該GO條目所涉及的生物學(xué)概念或功能。
4）GeneRatio：基因比率槽袄，指的是在某一GO條目富集的基因數(shù)與輸入基因總數(shù)的比值烙无。例如，若某GO條目包含10個(gè)基因遍尺，而輸入基因集總共有100個(gè)基因截酷，則GeneRatio為10/100 = 0.1。
5）BgRatio：背景比率乾戏，指的是在所有背景基因（通常是參考基因集）中屬于某一GO條目的基因數(shù)與所有背景基因總數(shù)的比值迂苛。它幫助確定某GO條目在輸入基因集中的顯著性三热。
6）RichFactor：富集因子，表示基因比率與背景比率的比值（GeneRatio / BgRatio）三幻。該值用于衡量某一GO條目相較于背景的富集程度就漾，富集因子越大，說明該GO條目在輸入基因集中越富集赌髓。
7）FoldEnrichment：富集倍數(shù)从藤，類似于富集因子，用來衡量目標(biāo)基因集在某一GO條目中的富集程度锁蠕。與RichFactor類似夷野，越大表示越富集。
8）zScore：Z得分荣倾，反映某GO條目富集的統(tǒng)計(jì)顯著性悯搔。較大的zScore值（正數(shù)）表明該GO條目較為顯著地富集，負(fù)值則表示較少富集舌仍。
9）pvalue：P值妒貌，表示某個(gè)GO條目富集的統(tǒng)計(jì)顯著性。P值越小铸豁，富集結(jié)果越顯著灌曙。
10）p.adjust：經(jīng)過多重檢驗(yàn)校正后的P值。為了控制假陽性率节芥，通常會(huì)進(jìn)行FDR（假發(fā)現(xiàn)率）校正在刺，調(diào)整后的P值比原始P值更可靠。
11）qvalue：調(diào)整后的P值头镊，通常與p.adjust相似蚣驼，主要用于控制假陽性率的影響，確保結(jié)果的可靠性相艇。
12）geneID：富集在該GO條目中的基因列表颖杏。顯示哪些基因符合該GO條目的富集標(biāo)準(zhǔn)。
13）Count：在該GO條目中富集的基因數(shù)量。
2、KEGG富集分析結(jié)果的表頭各列的含義如下：
1）category：KEGG路徑分類。表示該通路所屬的一級(jí)分類。例如殴泰，代謝通路（Metabolism）、信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路（Signal Transduction）凡泣、免疫系統(tǒng)（Immune System）等藏鹊。
2）subcategory：KEGG路徑的二級(jí)分類。進(jìn)一步細(xì)分通路的類別膘盖，通常反映了更具體的生物學(xué)功能或機(jī)制胧弛。例如尤误，代謝通路下的二級(jí)分類可能包括“氨基酸代謝”、“糖類代謝”等结缚。
3）ID：KEGG通路的ID（編號(hào)）损晤，是該通路在KEGG數(shù)據(jù)庫中的唯一標(biāo)識(shí)符。例如红竭，hsa00010代表“糖酵解通路”在KEGG數(shù)據(jù)庫中的ID尤勋。
4）Description：KEGG通路的描述，簡(jiǎn)要說明該通路的功能或生物學(xué)意義茵宪。例如最冰，“糖酵解通路”描述了糖類分解為能量的過程。
5）GeneRatio：基因比率稀火，指的是在某一KEGG通路中富集的基因數(shù)與輸入基因總數(shù)的比值暖哨。例如，如果某通路包含10個(gè)基因凰狞，而輸入基因集總共有100個(gè)基因篇裁，那么GeneRatio為 10/100 = 0.1。
6）BgRatio：背景比率赡若，指的是在背景基因集（通常是參考基因集）中屬于某個(gè)KEGG通路的基因數(shù)與背景基因總數(shù)的比值达布。這個(gè)比率用于衡量該通路在背景基因集中的分布情況。
7）RichFactor：富集因子逾冬，表示基因比率與背景比率的比值（GeneRatio / BgRatio）黍聂。富集因子越高，說明該KEGG通路在輸入基因集中的富集程度越高粉渠。
8）FoldEnrichment：富集倍數(shù)分冈，類似于富集因子，用于衡量輸入基因集中某一KEGG通路的富集程度霸株。富集倍數(shù)越大雕沉，說明該通路在輸入基因集中的富集程度越高。
9）zScore：Z得分去件，反映某個(gè)KEGG通路富集的統(tǒng)計(jì)顯著性坡椒。較大的zScore（通常為正值）表示該通路較為顯著地富集，負(fù)值則表示較少富集尤溜。
10）pvalue：P值倔叼，表示某個(gè)KEGG通路富集的統(tǒng)計(jì)顯著性。P值越小宫莱，表示富集結(jié)果越顯著丈攒。
11）p.adjust：經(jīng)過多重檢驗(yàn)校正后的P值。為了減少假陽性結(jié)果，通常會(huì)進(jìn)行FDR（假發(fā)現(xiàn)率）校正巡验。調(diào)整后的P值比原始P值更加可靠际插。
12）qvalue：調(diào)整后的P值，與p.adjust類似显设，表示經(jīng)過多重檢驗(yàn)校正后的顯著性框弛。q值通常用于控制假發(fā)現(xiàn)率，確保結(jié)果的可靠性捕捂。
13）geneID：富集在該KEGG通路中的基因列表瑟枫。顯示哪些基因符合該KEGG通路的富集標(biāo)準(zhǔn)。
14）Count：富集在該KEGG通路中的基因數(shù)量指攒，表示輸入基因集中有多少個(gè)基因被分配到了該KEGG通路中慷妙。
二、各種富集圖的說明
1.?KEGG條形圖（Barplot）
1）解析：
-X軸：顯示的是KEGG通路上的基因數(shù)目澡屡。
-Y軸：顯示的是KEGG通路的名稱（每個(gè)條形代表一個(gè)通路）猿挚。
-條形的顏色：條形的顏色表示調(diào)整后的p值（p.adjust），通常顏色越深表示p值越小驶鹉，通路富集的顯著性越高绩蜻。
-顯示數(shù)量：showCategory = 15表示只顯示排名前15的 KEGG 通路。
2）圖的解讀：
-長(zhǎng)度較長(zhǎng)的條形代表該通路在你的基因集中的富集較高室埋。
-p值越小办绝，通路越顯著。
-可以通過顏色的深淺看到富集的顯著性：顏色較深表示該通路具有較低的p值姚淆，富集較為顯著孕蝉。
2. KEGG氣泡圖（Dotplot）
解析：
-X軸：基因比率。若值越高搏讶，代表在所研究的基因集中佳鳖，與特定通路相關(guān)的基因占比較高。這可能意味著該通路在所研究的生物學(xué)問題中扮演重要角色媒惕。
-Y軸：表示每個(gè)通路的富集程度（通路的名稱）系吩。
-氣泡的大小：氣泡的大小通常表示該通路中的富集基因數(shù)量。氣泡越大妒蔚，代表該通路中的基因數(shù)量越多穿挨。
-氣泡的顏色：氣泡的顏色根據(jù)p.adjust值來表示月弛，顏色越深表示該通路的富集越顯著，p值越小絮蒿。
-顯示數(shù)量：showCategory = 15也表示僅顯示排名前15的通路尊搬。
圖的解讀：
-每個(gè)氣泡代表一個(gè)KEGG通路叁鉴，氣泡的大小和顏色反映了該通路富集的強(qiáng)度土涝。
-如果氣泡較大且顏色較深，說明該通路不僅富集程度較高幌墓，而且具有較高的顯著性但壮。
-氣泡圖可以幫助你快速識(shí)別出既富集基因數(shù)量多，又富集顯著的KEGG通路常侣。
3. KEGG小弦圖（Cnetplot）
解析：
節(jié)點(diǎn)：
-基因節(jié)點(diǎn)（Gene Nodes）：展示了參與KEGG通路富集的基因溯祸。
-通路節(jié)點(diǎn)（Category Nodes）：展示了被富集的KEGG通路。每個(gè)通路是一個(gè)節(jié)點(diǎn)舞肆。
-邊緣：邊緣連接基因和KEGG通路焦辅，表示基因和通路之間的關(guān)系。邊緣的顏色和粗細(xì)通常表示邊緣的顯著性或其他相關(guān)屬性椿胯。
-圓形布局：整個(gè)圖呈現(xiàn)圓形布局筷登，通路節(jié)點(diǎn)和基因節(jié)點(diǎn)通過邊緣連接，形成一個(gè)網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)哩盲。
-節(jié)點(diǎn)標(biāo)簽：我這里選擇了node_label = "category"前方，意味著節(jié)點(diǎn)標(biāo)簽為通路的名稱。如果設(shè)置為"gene"廉油，則會(huì)顯示基因名稱惠险。
圖的解讀：
-節(jié)點(diǎn)大小：節(jié)點(diǎn)的大小通常代表該通路中的基因數(shù)量或富集程度。較大的節(jié)點(diǎn)表示該通路中的富集基因更多抒线。
-顏色和邊緣：邊緣的顏色表示顯著性班巩，顏色較深的邊緣連接表示該通路與基因的富集關(guān)系更為顯著。
-基因與通路的關(guān)系：通過小弦圖十兢，你可以清晰地看到哪些基因參與了哪些KEGG通路趣竣，并且可以觀察到不同通路之間的相互關(guān)系。
總結(jié)：
在KEGG中旱物，①?條形圖和氣泡圖主要用于展示KEGG通路的顯著性和富集程度遥缕，可以幫助你從全局上看到哪些通路被顯著富集。②?小弦圖則側(cè)重于基因和通路之間的關(guān)系宵呛，適合用來揭示基因在各個(gè)通路中的分布和富集情況单匣。
4、GO條形圖（Barplot）、氣泡圖（Dotplot）
與KEGG不同的是户秤，GO的氣泡圖和條形圖分為三小類码秉。
① BP：生物過程（Biological Process）
② CC：細(xì)胞組成（Cellular Component）
③ MF：分子功能（Molecular Function）
5、GO小弦圖（Cnetplot）
解析：
節(jié)點(diǎn)：
-基因節(jié)點(diǎn)（Gene Nodes）：展示了參與GO通路富集的基因鸡号。
-通路節(jié)點(diǎn)（Category Nodes）：展示了被富集的GO通路转砖。每個(gè)通路是一個(gè)節(jié)點(diǎn)。
-邊緣：邊緣連接基因和GO通路鲸伴，表示基因和通路之間的關(guān)系府蔗。邊緣的顏色和粗細(xì)通常表示邊緣的顯著性或其他相關(guān)屬性。
-圓形布局：整個(gè)圖呈現(xiàn)圓形布局汞窗，通路節(jié)點(diǎn)和基因節(jié)點(diǎn)通過邊緣連接姓赤，形成一個(gè)網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)。
-節(jié)點(diǎn)標(biāo)簽：我這里選擇了node_label = "category"仲吏，意味著節(jié)點(diǎn)標(biāo)簽為通路的名稱不铆。如果設(shè)置為"gene"，則會(huì)顯示基因名稱裹唆。
圖的解讀：
-節(jié)點(diǎn)大惺某狻：節(jié)點(diǎn)的大小通常代表該通路中的基因數(shù)量或富集程度。較大的節(jié)點(diǎn)表示該通路中的富集基因更多品腹。
-顏色和邊緣：邊緣的顏色表示顯著性岖食，顏色較深的邊緣連接表示該通路與基因的富集關(guān)系更為顯著。
-基因與通路的關(guān)系：通過小弦圖舞吭，你可以清晰地看到哪些基因參與了哪些GO通路泡垃，并且可以觀察到不同通路之間的相互關(guān)系。
6羡鸥、富集圈圖（Enrichment Circle Plot）
從外到內(nèi)共4個(gè)track蔑穴，中間的為圖例（從上到下依次為：分類，p值惧浴，上調(diào)或者下調(diào)）
- 分類track
相同顏色的為同一分類存和，例如黃色表示BP，藍(lán)色表示MF衷旅，最外圈刻度表示總的基因數(shù)捐腿，10的次方表示∈炼ィ總的基因數(shù)即圖2中所有黃色圈所包含的基因去重后的基因數(shù)茄袖，或者推薦使用比所有條目中基因數(shù)最大值更大的一個(gè)值（一般設(shè)置為整百或者整千）。
-? term里邊的基因數(shù)
矩形長(zhǎng)度表示該term中包含的基因數(shù)（例如GO:0031625這個(gè)term中包含306個(gè)基因）嘁锯，與最外圈的刻度成比例宪祥。矩形的顏色表示該term的富集p值（或者FDR值聂薪，q值等，經(jīng)過-log10轉(zhuǎn)化）蝗羊，顏色越深表示P越小藏澳。
- 重疊基因數(shù)
矩形長(zhǎng)度表示該term中包含的基因與進(jìn)行基因富集分析時(shí)所輸入的基因的重疊基因數(shù)。例如進(jìn)行富集分析的基因有500個(gè)耀找，其中與GO:0031625中306個(gè)基因重疊的基因?yàn)?8個(gè)翔悠。由于這個(gè)數(shù)字一般較小，因此矩形的長(zhǎng)度與該track中最的基因數(shù)成比例涯呻。一般我們要么使用up的基因凉驻，要么使用down的基因進(jìn)行富集分析，因此這里僅一種顏色复罐。
- 富集分?jǐn)?shù)bar
Bar的高度即第三個(gè)track里的基因數(shù)占第二個(gè)track里對(duì)應(yīng)基因數(shù)的比例。數(shù)值范圍為0到1雄家，這里每個(gè)小圈表示0.2效诅。
圓圈 從外向內(nèi)看
- 第1圈是通路編號(hào)和分類，具體編號(hào)對(duì)應(yīng)什么通路名稱可以在代碼輸出的Excel文件中查詢趟济；
- 第2圈表示這個(gè)通路有多少個(gè)基因乱投；
- 第3圈分為兩種顏色，二者加和始終是一樣的顷编，表示高表達(dá)基因的數(shù)目戚炫，深色表示其中有多少基因?qū)儆谶@個(gè)通路，淺色是不屬于這個(gè)通路的基因數(shù)目媳纬；
- 第4圈是富集因子双肤，等于差異基因中落到這個(gè)通路的基因數(shù)除以這個(gè)通路的基因總數(shù)（第三圈深色除以第二圈）
- 內(nèi)部標(biāo)簽是，基因數(shù)量钮惠、上調(diào)茅糜、下調(diào)、富因子 （0-1）素挽。
7蔑赘、Z-score氣泡圖（Z-score Bubble Plot）
- 氣泡的大兴跞：通常代表該GO條目或KEGG通路中富集的基因數(shù)或GeneRatio。較大的氣泡表示富集程度較高撰糠。
- 氣泡的顏色：表示z-score值酥馍。z-score反映了富集的顯著性，通常為正值時(shí)表示富集顯著窗慎，- 負(fù)值表示富集較弱物喷。顏色的深淺或漸變通常用來表示z-score的值卤材。
解讀：
- 大氣泡表示該GO條目或KEGG通路富集的基因數(shù)較多，富集程度較高峦失。
- 顏色深的氣泡通常表示該GO條目或KEGG通路的富集顯著性較高（通常對(duì)應(yīng)正的z-score）扇丛。
- 負(fù)的z-score值表示富集較弱或不顯著，而正的z-score值表示富集程度顯著尉辑。
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