為發(fā)表論文故删窒，測序數(shù)據(jù)一般需要上傳至公共數(shù)據(jù)庫，對我們而言颠毙，國外數(shù)據(jù)庫一般選NCBI斯入，國內的可上傳至GSA。其中蛀蜜，人遺數(shù)據(jù)需要上傳到GSA-human刻两，其他物種數(shù)據(jù)上傳到GSA即可。

自從2019年國家出臺了人遺資源相關的條規(guī)后滴某，所有上傳至公共數(shù)據(jù)庫的人遺資源都需要在科技部備案闹伪。上傳到國內的GSA-human，必須要有備份號和備案號才能釋放數(shù)據(jù)壮池；上傳到NCBI偏瓤，釋放數(shù)據(jù)雖然不需要這兩個編號，但如果被人舉報沒有提前進行備份和備案......可能就不只是一篇文章的事了椰憋。上傳到GSA的數(shù)據(jù)不需要備份或備案厅克，可直接釋放。

本文僅針對人遺數(shù)據(jù)共享橙依，穩(wěn)妥起見（節(jié)省時間）证舟，建議提前上傳數(shù)據(jù)至數(shù)據(jù)庫，生成臨時訪問鏈接后投稿窗骑；同時申請備份號女责，拿到備份號之后才能申請備案號。 下面會具體介紹如何進行備份创译、備案抵知，以及如何上傳數(shù)據(jù)至GSA-human和NCBI。

申請備份號：需提交數(shù)據(jù)

人類遺傳資源信息備份平臺： https://202.108.211.75/ 有時候會提示為不安全鏈接软族，繼續(xù)訪問即可刷喜。個人感覺這一步并沒有“卡“一說，主要目的是將數(shù)據(jù)留存到國家平臺立砸。

時間：大概20天獲得備份號掖疮。

聯(lián)系：電話咨詢，是一位說話溫柔的小姐姐接電話颗祝，很耐心浊闪；郵件溝通恼布，一般第二天就能收到回復，高效搁宾。

基本流程：

• 注冊個人賬戶折汞，這里不需要用PI信息，個人注冊即可猛铅。

  
  
  注冊賬戶

• 證件上傳：（2022.4）新出的要求字支，認證需上傳組織機構代碼證復印件、經(jīng)辦人本人身份證復印件奸忽、法人授權委托書（經(jīng)辦人非法人的情況）堕伪。
  經(jīng)辦人本人身份證復印件：經(jīng)辦人指賬號所有人，不是項目負責人栗菜。人遺辦小姐姐說“不同項目可能對應不同的PI欠雌，所以不能認證PI”。
  法人授權委托書（經(jīng)辦人非法人的情況）：沒有模板疙筹，自行撰寫富俄，蓋單位公章或者法人簽字都可。

• 登錄后仔細看”操作指南“

  
  
  操作指南

• 點擊“新建項目”：輸入相應信息而咆，項目負責人填課題組負責人霍比。

  
  
  創(chuàng)建項目

使用范圍說明：“對外提供”一般指提供給國外團隊（國際合作）；發(fā)表文章一般選“開放使用”暴备，開放方式可多選悠瞬，如果需要上傳至公共數(shù)據(jù)庫，同時選“論文發(fā)表”和“信息平臺共享”涯捻。

開放方式

• 創(chuàng)建后浅妆，會自動跳轉到“項目列表”，點擊“查看”可以看到項目具體信息障癌，點擊”添加“新建備份名稱凌外，點擊“添加文件”后，可以通過“添加待上傳文件”直接通過網(wǎng)頁上傳數(shù)據(jù)涛浙，或通過“添加郵寄文件“上傳數(shù)據(jù)康辑。

  
  
  項目列表
  
  
  
  
  
  
  
  

添加待上傳文件：通過網(wǎng)頁直接上傳，非常非常慢蝗拿。

• 一般20天左右可以查詢到備份號(BF開頭的一段字符）（拿出追劇的熱情阳准，每天刷一刷）氛堕，這時候可以寫郵件申請返還硬盤，雖然對方不一定給寄野蝇，但是保持聯(lián)系總是沒錯噠讼稚！獲得備案號后，肯定就能返回硬盤啦绕沈。

申請備案號

科技部政務系統(tǒng)備案： https://fuwu.most.gov.cn/ 填寫材料锐想，需填寫備份號。
時間：大概20天
注意：測序公司最好不要選有外資的企業(yè)乍狐，否則提交是可能被認為是國際合作赠摇，可能無法通過審核。

主要流程：

• 提前準備的材料：論文原文澜躺、法人資格材料

  
  
  需提前備好

• 聯(lián)系人寫自己蝉稳；負責人寫PI

• 流程：提交材料——單位科技處審核——科技部安全審查——審核通過，獲得備案號掘鄙；或者被打回耘戚，根據(jù)意見修改（科技部每月開兩次會討論人遺申請）。

  
  
  下載蓋章后提交
  
  
  獲得備案號

數(shù)據(jù)上傳至GSA(國家信息中心操漠、中科院基因組所數(shù)據(jù)中心 )

人遺的數(shù)據(jù)提交到GSA-human https://bigd.big.ac.cn/gsa-human/收津；其他數(shù)據(jù)提交到GSA即可。

• 必須用PI郵箱注冊浊伙，通過審核后用PI郵箱登錄操作（提交數(shù)據(jù)等）撞秋，可以將聯(lián)系人設置為自己，這樣有任何問題工作人員會直接找聯(lián)系人嚣鄙。

• 聯(lián)系：加入QQ群吻贿，回復率較高，如未及時回復哑子，私聊工作人員即可舅列。

• 上傳：從官網(wǎng)下載最新的手冊肌割，通過FTP上傳文件（最高可達8M/s），太大可通過郵寄上傳帐要。

• 將數(shù)據(jù)設置為公開訪問（開放時間設置好把敞，之后可修改延后）。

• 數(shù)據(jù)公開（共享）需要過審：要求有人遺辦的備份號榨惠、科技部的備案號奋早。

• 僅支持部分雜志：https://bigd.big.ac.cn/gsa/statistics?active=articles

• All sequencing reads have been deposited in the Genome Sequence Archive in National Genomics Data Center, China National Center for Bioinformation / Beijing Institute of Genomics, Chinese Academy of Sciences, under accession number HRA000684 (http://bigd.big.ac.cn/gsa-human/s/3kUd5023) .

數(shù)據(jù)上傳至NCBI

原始測序數(shù)據(jù)（fastq）一般提交到SRA https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/docs/submitportal/，具體根據(jù)流程來就行赠橙。不超過50G的數(shù)據(jù)可以通過FTP直接上傳耽装，目前我所在單位有線網(wǎng)絡上傳速度為~800Kb/s，數(shù)據(jù)不多時尚可接受简烤。勝在有可視化頁面剂邮、操作便捷。超過50G的數(shù)據(jù)横侦，建議通過服務器用aspera上傳挥萌，勝在穩(wěn)定（如果網(wǎng)絡不斷，基本不會中途中斷）枉侧。

Note：人遺數(shù)據(jù)如果想設置為controlled access引瀑，需要上傳至dbGAP。

FTP上傳

1. 下載filezilla

2. 輸入主機榨馁、用戶名憨栽、密碼（NCBI提供的三個）。此時總是出現(xiàn)響應 550 permission denied 錯誤翼虫。不用管它屑柔，直接輸入NCBI給的目錄點開自己的本地站點目錄。

3. 右鍵文件上傳珍剑，上傳后注意檢查文件大小掸宛，有時網(wǎng)絡中斷導致文件上傳不完整，需要重新上傳（親測無法續(xù)傳）招拙。

4. 上傳完后關閉filezilla即可唧瘾。

aspera命令行上傳[網(wǎng)上搜得攻略，未實操]

1. 下載aspera connect軟件安裝

2. 開始菜單搜索cmd别凤，打開

3. 打開顯示C:\Windows\system32饰序，光標一直在后面，重啟下一行還是规哪。所以之后加一個 cd D:/求豫，切換到存儲aspera的那個盤（此處要搜索aspera安裝在哪里，找到bin文件夾），切換到子文件夾目錄注祖，直接接子文件夾目錄名

4. 用cd命令切換到aspera connect\bin5. 完成后輸入NCBI讓輸入的命令行猾蒂，

   ascp -i <path/to/key_file> -QT -l100m -k1 -d <path/to/folder/containing files>subasp@upload.ncbi.nlm.nih.gov:uploads/xxxx

   中間不用另起一行均唉，直接接著文件夾名后輸入l100m中的l是小寫的L（這個嘗試了好久）輸入完成后回車是晨，文件即自動上傳。

廢棄選項：國家人口健康科學數(shù)據(jù)中心

國家人口健康科學數(shù)據(jù)中心 （中國醫(yī)學科學院生物醫(yī)學大數(shù)據(jù)中心）https://www.ncmi.cn/phda/submit.html

2017年成立舔箭，到現(xiàn)在仍然是個鳥樣罩缴。英文版竟然還沒有上線。

“其他來源數(shù)據(jù)匯交”：提交數(shù)據(jù)层扶，可設置公開時間和共享方式（如協(xié)議共享）箫章。