Alpha多樣性是指一個(gè)特定區(qū)域或生態(tài)系統(tǒng)內(nèi)的多樣性啊央，是反映豐富度和均勻度的綜合指標(biāo)缔赠。Alpha多樣性主要與兩個(gè)因素有關(guān)：一是種類數(shù)目，即豐富度；二是多樣性功蜓，群落中個(gè)體分配上的均勻性园爷。群落豐富度（Community richness）指數(shù)主要包括Chao指數(shù)和Ace指數(shù)。群落多樣性（Community diversity）指數(shù)霞赫，包括Shannon指數(shù)和Simpson指數(shù)腮介。
群落豐富度指數(shù)
Chao指數(shù)：是用chao1 算法估計(jì)群落中含OTU 數(shù)目的指數(shù)，chao1 在生態(tài)學(xué)中常用來(lái)估計(jì)物種總數(shù)端衰，由Chao (1984) 最早提出叠洗。
Ace指數(shù)：用來(lái)估計(jì)群落中含有OTU 數(shù)目的指數(shù)，是生態(tài)學(xué)中估計(jì)物種總數(shù)的常用指數(shù)之一旅东，與Chao1的算法不同灭抑。
Chao和Ace越大，說(shuō)明群落中含有的OTU數(shù)目越多抵代，群落的豐富度越大腾节。
群落多樣性指數(shù)
Simpson指數(shù)：是生態(tài)學(xué)中常用的一個(gè)指數(shù)，它反映的是優(yōu)勢(shì)種在群落中的地位和作用荤牍，若一個(gè)群落中優(yōu)勢(shì)種占的多案腺，其他非優(yōu)勢(shì)物種所占的比例則會(huì)減少，那么Simpson 指數(shù)值較大康吵，這說(shuō)明群落多樣性較低劈榨，該指數(shù)與其他多樣性指數(shù)均呈負(fù)相關(guān)。
Shannon指數(shù)：用來(lái)估算樣品中微生物的多樣性指數(shù)之一晦嵌。它與Simpson 多樣性指數(shù)均為常用的alpha 多樣性的指數(shù)同辣。Shannon值越大，說(shuō)明群落多樣性越高惭载。
Coverage：是指各樣品文庫(kù)的覆蓋率旱函，其數(shù)值越高，樣本中序列沒(méi)有被測(cè)出的概率越低描滔。該指數(shù)反映了測(cè)序結(jié)果是否代表樣本的真實(shí)情況棒妨。
在評(píng)價(jià)樣本的Alpha多樣性時(shí)，既要考慮群落的豐富度含长，又要考慮群落的多樣性靶衍！
