小白日記第一天，記錄一下自己查找motif的步驟渣叛，以便日后忘記了再重學(xué)。之前也用過許多軟件盯捌，都是在要用的時(shí)候上網(wǎng)上各種搜索操作步驟淳衙，邊學(xué)邊用，只顧獲得結(jié)果了饺著，從未意識(shí)到要將操作步驟整理下來箫攀，以致于到下次再用之時(shí)，又要重頭學(xué)起幼衰，再走一遭曾經(jīng)走過的彎路靴跛。幡然醒悟那樣的費(fèi)時(shí)費(fèi)力，于是便逼迫自己養(yǎng)成及時(shí)整理的習(xí)慣塑顺，下次再用之時(shí)便能節(jié)省些時(shí)間汤求。
一、序列處理
將所獲得的序列在NCBI網(wǎng)站上進(jìn)行ORF預(yù)測(cè)（網(wǎng)址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/orffinder/）严拒，然后選定目標(biāo)ORF區(qū)并下載相應(yīng)的蛋白序列扬绪，具體操作如下圖1和圖2。
在圖2界面左下角點(diǎn)擊smart blast（圖3）裤唠，可獲得與目標(biāo)蛋白序列比對(duì)相似度較高的其它物種的蛋白序列挤牛，勾選相應(yīng)的參比蛋白序列，下載下來（圖4）种蘸。
將目標(biāo)蛋白序列與下載的參比蛋白序列全部整合到一個(gè)文本文件里墓赴，序列保持fasta格式竞膳。（我是在DNAMAN里進(jìn)行的，將所有的序列復(fù)制粘貼進(jìn)去诫硕，然后保存時(shí)選擇保存為所有格式坦辟，之后用記事本打開即可。簡(jiǎn)單操作可直接復(fù)制粘貼到記事本里即可）章办。
二锉走、查找motif
進(jìn)入meme網(wǎng)站（網(wǎng)址：http://meme-suite.org/tools/meme），按下圖5所標(biāo)示步驟操作即可藕届。注意：步驟2中選擇的文本文件不能僅含有一個(gè)蛋白序列挪蹭，至少需要兩個(gè)序列，否則提交后會(huì)出現(xiàn)“序列太少”提示休偶，網(wǎng)站將不查找梁厉。
三、查找結(jié)果展示
點(diǎn)擊郵箱中收到的鏈接便可查看查找結(jié)果踏兜，我打開的是以HTML格式展示的結(jié)果词顾，如下圖6所示。
雖然獲得了結(jié)果庇麦，但是似乎有種沒有完全弄明白的感覺计技。
