首先下載安裝table2itol，可以在itol官網(wǎng)help的頁面中搜索table2itol跳轉(zhuǎn)至github下載硝枉。
github上有詳細(xì)的下載安裝教程烁登，推薦在linux中使用粮宛。如果不會(huì)用linux的R烹玉，可以先激活qiime2的環(huán)境，命令行敲R進(jìn)入交互界面钞馁，安裝缺少的R包虑省。
下面以table2itol tests目錄下的例子解讀一下。
1? table2itol.R -a -c double -D G001 -i TID -lfinal\ label -t %s -w 0.5 INPUT/example_001.ods
-c Convertinteger columns to factors ('factor') or numbers with decimal points ('double')or just not 0/1 to logical vectors ('keep')
-c參數(shù)默認(rèn)為none僧凰，即整數(shù)列依然是整數(shù)列探颈，小數(shù)列為小數(shù)列，有字符串的列依然是字符串的列训措，這種情況下伪节，整數(shù)列會(huì)生成柱狀圖bar，而小數(shù)列會(huì)生成gradient绩鸣。指定-c參數(shù)為double怀大，即將帶有數(shù)字的整數(shù)列轉(zhuǎn)變?yōu)樾?shù)點(diǎn)的列，則會(huì)將所有數(shù)字的列都生成gradient全闷，也就是有顏色梯度的色帶。此時(shí)帶有TURE或者FALSE的列將視為binary-type萍启，而有重復(fù)字符串的列將視為color strip即色帶总珠，而未出現(xiàn)重復(fù)字符串的列視為蛋白結(jié)構(gòu)域。
-l參數(shù)為修改label名字? -D輸出目錄? -w指定顏色帶或區(qū)域?qū)挾?/p>
#生成的文件如下勘纯，光看名字也能知道每個(gè)文件的用途局服。
2? table2itol.R -a -d -c none -D G002 -b continent\ of\ isolation\? -i TID -lfinal\ label -t %s -w 0.5 INPUT/example_001.ods
出現(xiàn)了-d參數(shù)，先看說明書
-d?Create bar charts, not gradients, from numberswith decimal points ('double')
也就是說-d意味著是把帶有小數(shù)點(diǎn)的列轉(zhuǎn)變?yōu)橹鶢顖D驳遵，而不是gradient梯度顏色帶淫奔。這種情況會(huì)把小數(shù)點(diǎn)的列也轉(zhuǎn)變?yōu)橹鶢顖D。但注意不要-c double 和–d 混合使用堤结，邏輯上-c double把整數(shù)列轉(zhuǎn)換為小數(shù)點(diǎn)的列唆迁，-d再把小數(shù)點(diǎn)的列轉(zhuǎn)換為柱狀圖，但是實(shí)際運(yùn)行依然只有末尾的小數(shù)點(diǎn)的列轉(zhuǎn)化為了柱狀圖竞穷。
-b? 設(shè)置label背景顏色。
3? table2itol.R -a -c factor -D G003 -i TID -lfinal\ label -t %s -w 0 INPUT/example_001.ods
將-c參數(shù)設(shè)為factor，此時(shí)原來邏輯值的列TURE 或者 FALSE也變?yōu)閒actor蜀变，則會(huì)生成colorstrip驻售。字符串列若有重復(fù)同樣生成colorstrip，若無重復(fù)則生成domain。整數(shù)列變?yōu)閒actor朴恳，若有重復(fù)生成colorstrip抄罕，若無重復(fù)生成domian。小數(shù)點(diǎn)的列會(huì)生成gradient于颖。
4? table2itol.R -c keep -D G010-i ID -t %s INPUT/example_002.tsv
-c keep生成熱圖
另外需要注意的：
-o指定不透明度
樹枝clade的顏色在itol網(wǎng)站上選中更改比較方便
如果需要生成堆疊柱狀圖呆贿，用itol官網(wǎng)提供的模板。
table2itol只是簡(jiǎn)化了一些步驟恍飘，如果覺得顏色不好看或者別的榨崩，可以在生成的datasets文件中直接修改。
