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回歸分析中呢撞，如何回歸掉（regress out）一個(gè)變量對另一個(gè)變量的影響在大尺度微生物生物地理學(xué)分析中深浮，經(jīng)常遇到環(huán)境因子和地理距離能一定的相關(guān)性和屎，經(jīng)過VPA分析發(fā)現(xiàn)二者有重疊的解釋部分士鸥。那么掂名，如何完全排除掉環(huán)境因子的...
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singlem,一款可以使用marker基因進(jìn)行宏基因組reads分類的軟件
最近偶然從一篇PNAs的文章励负，看到作者不僅進(jìn)行了16S rRNA測序侍郭，而且通過marker基因和宏基因組bins同時(shí)計(jì)算了群落結(jié)構(gòu)，對比三者發(fā)現(xiàn)...
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如何在linux下安裝R包
之前一直在linux下用perl和python居多齿尽，對R的使用還停留在windows的Rstudio以及各種linux QIIME2等虛擬環(huán)境里...
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使用table2itol生成itol美化文件首先下載安裝table2itol沽损，可以在itol官網(wǎng)help的頁面中搜索table2itol跳轉(zhuǎn)至github下載。 github上有詳細(xì)的下載...
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如何在blast結(jié)果中添加詳細(xì)的物種信息
之前無論是做blastn或者是blastp都是僅僅在blast結(jié)果中顯示了種屬信息循头，沒有添加詳細(xì)的信息绵估，添加種屬信息很簡單，只要結(jié)果里生成XML...
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避免和conda環(huán)境變量沖突---linux下環(huán)境變量的設(shè)置方法
最近用conda創(chuàng)建了一個(gè)新的環(huán)境卡骂，conda activate進(jìn)入新環(huán)境后国裳，查看perl和python時(shí)還是發(fā)現(xiàn)： /usr/bin/perl...
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在linux vim編輯器中編寫python腳本
原來生信處理一直用perl，之前雖然也寫過python全跨，但是linux下縮進(jìn)4個(gè)空格實(shí)在有點(diǎn)煩 最近又想重新拾取python缝左，就編輯了一下vim...
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如何便捷的安裝perl模塊
雖然perl面向?qū)ο竽芰ζ酰襭erl6一直為人詬病浓若，但是仍然有許多生物信息方面的軟件還是需要用到perl的 這就帶來了一個(gè)問題渺杉，有時(shí)候就會(huì)報(bào)...
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利用好conda構(gòu)建環(huán)境，處理不同版本軟件的沖突
一臺服務(wù)器挪钓，如果安裝的軟件多了是越，難免會(huì)各種沖突，好在docker和conda都可以解決這個(gè)問題 docker運(yùn)行麻煩一點(diǎn)碌上，還是優(yōu)先從conda入...