2019年7月24日锨亏，Nature Reviews Genetics上發(fā)表了一篇了RNA-seq的綜述悦即，文獻(xiàn)信息如下所示：
Stark, R., et al. (2019). "RNA sequencing: the teenage years." Nature Reviews Genetics.
摘要：在過(guò)去的十年中作谭，RNA測(cè)序(RNA-seq)已經(jīng)成為在全轉(zhuǎn)錄組范圍內(nèi)分析差異基因表達(dá)和mRNAs差異剪接的重要工具硼讽。然而捉偏，隨著下一代測(cè)序技術(shù)的發(fā)展鸳君，RNA-seq技術(shù)也在不斷發(fā)展∨┰ǎ現(xiàn)在，RNA-seq用于研究RNA生物學(xué)的許多方面，其中包括單細(xì)胞基因表達(dá)砸紊、翻譯(翻譯組,translatome)和RNA結(jié)構(gòu)(結(jié)構(gòu)體传于，structurome)。其它的應(yīng)用也在開發(fā)中醉顽，例如 空間轉(zhuǎn)錄學(xué)(Spatialomics)沼溜。加上新的長(zhǎng)片段 (long-read)和直接RNA-seq技術(shù)以及用于數(shù)據(jù)分析的更好的計(jì)算工具的整合，RNA-seq技術(shù)的創(chuàng)新有助于人們更全面地理解RNA生物學(xué)游添，例如從何時(shí)何地轉(zhuǎn)錄發(fā)生到控制RNA功能的折疊和分子間相互作用等問(wèn)題系草。
這篇綜述信息密度很高，先把文獻(xiàn)旁邊的名詞解釋給譯了一下唆涝，如下所示：
1. 差異基因表達(dá)：Differential gene expression, 即DGE找都，一種分析方法，目標(biāo)是使研究者們找出不同實(shí)驗(yàn)組之間的變化的基因廊酣。
2. 讀長(zhǎng)深度：Read depth能耻，一個(gè)樣本測(cè)序后所獲得的所有測(cè)序讀長(zhǎng)(reads)，注意與測(cè)試深度進(jìn)行區(qū)分亡驰。
3. 短讀長(zhǎng)：short-read：一種測(cè)序技術(shù)晓猛，產(chǎn)生的讀長(zhǎng)(read)的長(zhǎng)度為500bp，但更常見(jiàn)的是100-300bp凡辱，它測(cè)的是打斷后的mRNA戒职。
4. 長(zhǎng)讀長(zhǎng)：long-read，一種測(cè)序技術(shù)煞茫，能夠沒(méi)到1000bp帕涌，它代表的全長(zhǎng)或接近全長(zhǎng)的mRNA。
5. 直接RNA測(cè)序：Direct RNA sequencing,dRNA-seq续徽，一種測(cè)序技術(shù)，在不用打斷RNA以及反轉(zhuǎn)錄的情況下亲澡，對(duì)RNA進(jìn)行直接測(cè)序钦扭，其目標(biāo)通常是為了檢測(cè)全長(zhǎng)或接近全長(zhǎng)的RNAs。
6. 多重回貼讀長(zhǎng)：multi-mapped reads：來(lái)源于轉(zhuǎn)錄組的同源區(qū)（homologous region）的測(cè)序讀長(zhǎng)床绪，這些讀長(zhǎng)無(wú)法明確地回貼到基因組上或轉(zhuǎn)錄組上客情。
7. 合成長(zhǎng)讀長(zhǎng)：synthetic long reads:一種方法，能夠通過(guò)組裝來(lái)對(duì)多個(gè)短讀長(zhǎng)進(jìn)行合成癞己，生長(zhǎng)長(zhǎng)讀長(zhǎng)膀斋。
8. 唯一分子標(biāo)簽：Unique molecular identifiers，UMIs痹雅，一種短的序列或編碼標(biāo)簽(barcodes)仰担，這些短序列通常會(huì)在RNA-seq文庫(kù)制備過(guò)程中進(jìn)行添加（在進(jìn)行PCR之前），這種序列能夠?qū)σ粋€(gè)特定的起始分子進(jìn)行標(biāo)記绩社。此方法通用用于校正RNA-seq數(shù)據(jù)的定量偏差摔蓝，在少量RNA進(jìn)行測(cè)序或單細(xì)胞測(cè)序中使用尤為廣泛赂苗。
9 。讀長(zhǎng)長(zhǎng)度：read length：每個(gè)測(cè)序讀長(zhǎng)的長(zhǎng)度贮尉，在短讀長(zhǎng)RNA測(cè)序過(guò)程中拌滋，這個(gè)長(zhǎng)度通常是50-150bp。
10. 靈敏度：Sensitivity猜谚，一種指標(biāo)败砂，它表示在每個(gè)樣本中，能夠檢測(cè)到轉(zhuǎn)錄本的比例魏铅。樣本處理昌犹，文庫(kù)制備，測(cè)序以及數(shù)據(jù)分析都會(huì)影響這個(gè)指標(biāo)沦零。
11. 特異性：specificity:?一種檢測(cè)指標(biāo)祭隔，它表示的是差異表達(dá)的轉(zhuǎn)錄本在檢測(cè)到的轉(zhuǎn)錄本中的比例。樣本處理路操，文庫(kù)制備疾渴，測(cè)序和數(shù)據(jù)分析都會(huì)影響這個(gè)指標(biāo)。
12. 標(biāo)簽讀長(zhǎng)：Tag read屯仗，?對(duì)于一個(gè)轉(zhuǎn)錄本來(lái)說(shuō)搞坝，一個(gè)標(biāo)簽讀長(zhǎng)是唯一，它通常來(lái)源于mRNA的3‘末端魁袜，這種讀長(zhǎng)用于分析差異表達(dá)轉(zhuǎn)錄本桩撮，或者是來(lái)源于5'端，這種通常用于分析轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)和啟動(dòng)子峰弹。
13. 重復(fù)率：duplication rates店量，?在一個(gè)RNA測(cè)序樣本中，回貼到轉(zhuǎn)錄本上同一位置的測(cè)序讀長(zhǎng)的比例鞠呈。在RNA-seq文庫(kù)中融师，對(duì)于一些轉(zhuǎn)錄本來(lái)說(shuō)，重復(fù)率是比較高的蚁吝，這是因?yàn)樗鼈冊(cè)跇颖局械牡谋磉_(dá)水平比較高旱爆，同時(shí)低表達(dá)的轉(zhuǎn)錄本，重復(fù)率很低窘茁。
在RNA-seq中怀伦，重復(fù)率是一個(gè)重要問(wèn)題，因?yàn)槎鄶?shù)情況下山林，重復(fù)的讀長(zhǎng)或許代了真正高表達(dá)的轉(zhuǎn)錄本房待，而一些重復(fù)讀長(zhǎng)則是有可能來(lái)源于測(cè)序偏倚。所以，要加以判斷Ｎ庠堋张抄！
14:單端測(cè)序：single-end squencing，只測(cè)cDNA片段的一端的短讀長(zhǎng)測(cè)序手段洼怔，它通常用于基因表達(dá)分析實(shí)驗(yàn)署惯，優(yōu)勢(shì)就是便宜。
15. 雙端測(cè)序：paired-end sequencing,同時(shí)測(cè)cDNA片段的兩端短讀長(zhǎng)測(cè)序手段镣隶，通常用于基因表達(dá)分析實(shí)驗(yàn)极谊，如果是要研究剪接，則需要最大的靈敏度安岂，因?yàn)槊總€(gè)cDNA的更多堿基會(huì)被檢測(cè)到轻猖。
16. 生物學(xué)重復(fù)：Biological replicates：同時(shí)檢測(cè)生物學(xué)意義上的不同樣本，例如來(lái)源于不同的3個(gè)研究對(duì)象的組織域那，生物學(xué)重復(fù)可以發(fā)現(xiàn)生物學(xué)偏差咙边，這要么代表了自身的一種研究駨，要么代表了噪音次员。相比之下败许，
技術(shù)重復(fù)則是：對(duì)同一個(gè)樣本進(jìn)行重復(fù)的要檢測(cè)，例如同一個(gè)組織檢測(cè)3次淑蔚，檢查是否是因?yàn)閷?shí)驗(yàn)技術(shù)導(dǎo)致的偏差市殷。
17. 表達(dá)矩陣：Expression matrix，RNA-seq中差異表達(dá)基因的數(shù)值矩陣刹衫。行代表RNA特征醋寝，例如基因名或轉(zhuǎn)錄本名，列表示測(cè)序樣本带迟。這些值通常用與每個(gè)RNA特征相關(guān)在的讀長(zhǎng)數(shù)目表示音羞，表達(dá)矩陣可以用于估計(jì)異構(gòu)體特征，在進(jìn)行下游分析之前仓犬，通常要經(jīng)過(guò)歸一化處理(normalization)黄选。
18. 外參控制(spike-in control)，處理樣本之前婶肩，spink-in ,將已知濃度的外源核酸混合物添加到一個(gè)樣本中。它們通常是各種濃度的人工合成的RNA序列貌夕，會(huì)被提前混合律歼，用于監(jiān)測(cè)反應(yīng)效率，并確定方法學(xué)的偏倚處理以及用于監(jiān)測(cè)假陰性啡专。
19. 空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)险毁， Spatialomics， 一種轉(zhuǎn)錄組分析方法，它能保留一個(gè)樣本中每個(gè)轉(zhuǎn)錄本的空間信息畔况，例如一個(gè)組織的不同區(qū)域鲸鹦。
20. 初始RNA，Nascent RNA跷跪，剛開始被轉(zhuǎn)錄的RNA馋嗜，這些RNA與那些已經(jīng)被處理后，輸送到細(xì)胞質(zhì)的RNA不同吵瞻。
21. 4-硫尿核苷葛菇，4-Thiouridine， 4 sU橡羞，含有一個(gè)硫原子的核苷眯停，通常不并存在于真核生物的mRNA中，它很容易整合進(jìn)核酸中卿泽，用于初始RNA分析莺债。
22. 翻譯組：Translatome，一個(gè)細(xì)胞签夭，組織或機(jī)體中齐邦，所有從mRNA翻譯到蛋白質(zhì)的總和。
23. 結(jié)構(gòu)組：Structurome, 一個(gè)細(xì)胞覆致，組織或機(jī)體中侄旬，所有二級(jí)和三級(jí)結(jié)構(gòu)的RNA總和。
24. 相互作用組：Interactome煌妈，一個(gè)細(xì)胞儡羔，組織或機(jī)體中，所有分子之間相互作用的總和璧诵，包括RNA-RNA汰蜘，RNA-蛋白質(zhì)之間的相互作用。
