今天進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)的第二課：生物信息軟件的安裝
Linux下conda的特性：
開源
package管理系統(tǒng)
環(huán)境管理系統(tǒng)
跨平臺使用（windows, MacOS, Linux）
基本涵蓋所有編程語言（Python, R, java）
下載并安裝Miniconda（conda精簡版野宜，類似app store）: https://conda.io/miniconda.html
wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh #'-c: 支持?jǐn)帱c續(xù)傳’
導(dǎo)入重要channel（類似應(yīng)用分發(fā)市場）：
我的理解是：channel類似分類通道吟榴，一類軟件或package就在一個channel下畅形。
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels r
conda config --add channels bioconda #conda下澎语，針對生信軟件安裝的集成安裝軟件
# 添加清華開源軟件鏡像（使下載速度加快）
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
軟件安裝升級及卸載
- 查找：
conda search fastqc #查找軟件是否能在conda中下載
- 如果存在：
conda install fastqc
- 如果沒有：通過編譯自行安裝（是個大坑，慎入Ｅ葆恪＞斗ぁ！）
- 舊版本軟件升級：
conda install samtools = 1.41 #安裝samtools 1.41版本
conda update samtools #升級為samtools最新版本1.6.0
- 軟件卸載：
conda remove samtools
編譯安裝生信軟件
1. 如何編譯
1.1 C語言samtools
- 配置：
./configure --prefix =
- 編譯：
make
- 安裝：
make install
- 如果報錯情竹，配置prefix
- 重新編譯：
make clean
2.2 java
軟件可以直接使用藐不，無需編譯
2. 添加環(huán)境變量
vi .bashrc
export PATH='/home/leon/miniconda2/bin:$PATH'
#存儲退出后
source .bashrc #或者'. .bashrc'
