首先準(zhǔn)備好前面分析的差異基因琼稻，進(jìn)入STRING數(shù)據(jù)庫(kù)分析頁(yè)面：https://cn.string-db.org/
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第一步點(diǎn)擊Multiple proteins淤袜，第二步輸入基因虑啤，第三步選人類屑宠，最后點(diǎn)擊SEARCH捣卤。
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點(diǎn)擊CONTINUE進(jìn)入結(jié)果頁(yè)面四瘫，這里可以根據(jù)自己的需要來(lái)設(shè)置一些參數(shù)，如minimum required interaction score因妇，默認(rèn)的是中等问潭，有些文章做PPI時(shí)會(huì)把這個(gè)參數(shù)調(diào)高猿诸，點(diǎn)擊UPDATE。
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下載結(jié)果
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下載之后會(huì)得到一個(gè)string_interactions_short.tsv文件睦授，這個(gè)文件可以導(dǎo)入cytoscape两芳。
cytoscape軟件是用來(lái)畫網(wǎng)絡(luò)圖的摔寨，這個(gè)軟件的下載和安裝可以參考https://blog.csdn.net/weifanbio/article/details/124148766
1. 導(dǎo)入在STRING下載好的數(shù)據(jù)
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2. 使用cytoHubba插件找HUB基因
如果沒(méi)有cytoHubba插件去枷，可以在cytoscape軟件里面下載
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- 點(diǎn)擊Calculate
- 這里選Top10基因，也就是取排前10的基因?yàn)閔ub基因
- MCC算法是复，這里一共有11種算法
-
點(diǎn)擊提交
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上面的Layout選項(xiàng)里可以對(duì)這個(gè)圖進(jìn)行布局删顶，從而畫出文章中的圈圖等，右邊可以點(diǎn)擊保存10個(gè)HUB基因的排名淑廊，也可以導(dǎo)出里面的網(wǎng)絡(luò)圖逗余。
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導(dǎo)出SVG格式的矢量圖可以去AI再進(jìn)行修改。
到這一步已經(jīng)從表達(dá)矩陣到差異分析再到PPI季惩，拿到了10個(gè)關(guān)鍵基因录粱。
GEO數(shù)據(jù)挖掘
GEO數(shù)據(jù)挖掘（一）數(shù)據(jù)下載及基因ID轉(zhuǎn)換
GEO數(shù)據(jù)挖掘（三）使用DAVID數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行GO、KEGG富集分析
GEO數(shù)據(jù)挖掘（四）使用STRING數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行PPI分析
