本節(jié)開始我們將講解如何進一步分析OTU表。
我們可以從多個角度恋博、層面對OTU表進行分析齐佳。
首先可以從Alpha多樣性的層面了解微生物的組成多樣性，常用的指數(shù)有Shannon债沮、Chao1等炼吴。
然后可以進一步分析Beta多樣性，主要我們會采用PCA和PCoA的方法疫衩，探究不同的組別微生物是否存在差異硅蹦，以及是哪些因素影響了微生物的組成。
通過統(tǒng)計檢驗的方法（Wilicox檢驗等），可以探究不同組微生物的具體差異童芹，尋找出差異菌群涮瞻，通常我們會研究Phylum、Family假褪、Genus三大水平的差異署咽，16S rRNA測序所得的Species水平被認(rèn)為不夠準(zhǔn)確，所以通常不研究該水平的差異生音。其他Class等水平宁否，我們也可以看一看。確定差異菌群后缀遍，我們可以通過文獻(xiàn)查詢的辦法慕匠，探究這些菌群與我們研究目標(biāo)之間的關(guān)系，比如這些菌群是否與免疫相關(guān)導(dǎo)致所研究疾病的發(fā)生瑟由。
研究完差異菌群后絮重，我們可以構(gòu)建Co-occurrence網(wǎng)絡(luò)，查看哪些群菌是正相關(guān)的歹苦，聚集的正相關(guān)的菌群可能是受到了相同環(huán)境的影響青伤。
雖然16S rRNA不能提供基因信息，只能提供物種信息殴瘦，但是現(xiàn)在已經(jīng)有生信軟件可以基于物種信息對其的功能等進行預(yù)測狠角，比如PICRUST等。因此蚪腋，我們可以進行預(yù)測丰歌，探究是否在代謝水平功能上發(fā)生了變化。
大家可以參照下圖屉凯，對自己的微生物項目進行后續(xù)的分析計劃立帖。至此，你就會發(fā)現(xiàn)最初的實驗設(shè)計是很關(guān)鍵重要的悠砚，前期實驗設(shè)計好壞對后續(xù)的分析會產(chǎn)生很大的影響晓勇。比如，我們探究某一疾病人群的腸道微生物變化灌旧，那么可能采集很多的臨床指標(biāo)以及飲食等信息就能夠幫助我們獲得更多有效信息绑咱。
Lozupone CA, Stombaugh JI, Gordon JI, Jansson JK, Knight R. Nature. 2012 Sep 13; 489(7415): 220–230.
