細胞交互的驗證
細胞交互,橫縱兼容
在受體細胞的部分跟前面的教學一脈相承谓厘,方法可以繼承過來,橫向的多元變量組合趣避,縱向 的分子修飾庞呕、剪切都可以兼容
分泌吸收,跨越回復
除了受體細胞的橫縱兼容外,供體細胞的分泌 和受體細胞的吸收過程都是需要驗證并提供數(shù)據(jù)的住练。
在回復實驗中地啰,操作主變量往往不在受 體細胞,可以在供體細胞讲逛,也可以阻斷運輸載體亏吝,同時在受體細胞逆轉下游效應環(huán)節(jié)觀察表 型,這就有跨越細胞進行兩個變量操作的屬性盏混。只有跨越細胞能夠實現(xiàn)的表型回復蔚鸥,才能說 明細胞交互本身對于信號傳導的必要性,這一點跟單細胞模型的思路存在區(qū)別许赃。
主變量是lncRNA
但是 lncRNA 比 miRNA 更加復雜的地方在于止喷,一旦研究深入到直接機制的范疇,miRNA 只 需要考慮靶基因 RNA-RNA 交互作用一種模式就行了
lncRNA 的作用形式從 RNA-RNA 到 RNA-蛋白混聊,還有 RNA-DNA 都是能走通的弹谁,甚至還有三元直接交互————RNA 連接兩個蛋白,或者 RNA 連接蛋白和 DNA 的交互作用(RNA 交互和蛋白交互兩個方向)
1)RNA方向
lncRNA 介導 ceRNA 機制的套路玩法句喜。 ceRNA 是一套至少三元變量预愤、兩組 miRNA 直接機制的組合套路,工作量比 miRNA+靶基因的二元 策略增加了一倍不止 只要把必要的論證環(huán) 節(jié)都充分照顧到咳胃。
ceRNA 再升級一下植康,就可以與細胞交互結合起來,在受體細胞里面做一 套 ceRNA 論證展懈,再加上外泌體中 lncRNA 主變量的差異表達销睁、細胞交互的功能表型、外泌 體的特征鑒定數(shù)據(jù)标沪、阻斷供體細胞 lncRNA 的 lossoffunction 以及供體細胞 lncRNA 表達改 變的上游機制等等榄攀。
1)蛋白方向
在胞核其作用可以考慮順式作用嗜傅,調節(jié)下游基因轉 錄金句;
在胞漿定位可以從轉錄后、翻譯水平的調控入手吕嘀。
3)場景
表達差異的篩選和驗證是在囊泡中的违寞,需要阻斷囊泡或者沉默供體細胞 的目標 lncRNA 分子,來觀察供體細胞分泌產(chǎn)物對受體細胞的表型影響偶房,用細胞上清刺激或 者 Transwell 共培養(yǎng)體系來進行細胞交互操作趁曼。分泌討論完還有吸收問題,要先用電鏡棕洋、 Biomarker 等驗證囊泡特性挡闰,然后用熒光示蹤觀察受體細胞攝入情況,甚至還要標記 lncRNA 證明供體細胞發(fā)揮功能的分子是來源于受體細胞的。這些數(shù)據(jù)都補充完摄悯,才跟 lncRNA 與蛋 白互作介導靶基因 m6A 甲基化這個直接機制內容連接上
基礎科研質量評價體系關鍵要素(分高分低區(qū)別)
1.IDEA 的創(chuàng)新性
表現(xiàn)在主變量與表型赞季、疾病的原創(chuàng)關聯(lián),以及主變量與機制因變量的原創(chuàng)關聯(lián)奢驯,滿足這兩點申钩, 創(chuàng)新性上就沒問題
2.數(shù)據(jù)的邏輯層次
邏輯 12 宮圖的
第一層是單變量代入五恒量,每篇文章都有變量瘪阁,至少是單變量撒遣,哪怕是單變 量課題也可以用表型的嵌套來增加層次感,比如缺氧套轉移管跺、自噬套耐藥义黎,把一種表型當作 解釋另一種表型形成的原因。
第二層是變量組合形成間接機制豁跑,多元變量組成的因 果關系是文章復雜性的主要來源轩缤。
第三層是分子交互構成的直接機制,這里除了分 子直接結合贩绕,還有修飾剪切的橫縱嵌套模
式火的,有兩種增加層次感的手段,可以疊加使用淑倾。橫縱嵌套也有因果邏輯馏鹤,上游變量是驅動縱向展開的要素,縱向展開也會影響下游變量環(huán)節(jié)以 及表型環(huán)節(jié)娇哆,構成一個嚴密的邏輯鏈條湃累。
第四層是細胞交互,或者稱為細胞嵌套碍讨, 把多元變量治力、間接或者直接機制再放到一個從哪里來到哪里去的空間場景里,進一步充實故 事情節(jié)勃黍,增加了合成宵统、分泌、運輸覆获、識別马澈、攝入、效應這些環(huán)節(jié)弄息,里面每一步都有具體的作 用機制可以延展痊班,形成宏大的世界觀架構。表型嵌套摹量、變量組合涤伐、分子交互馒胆、橫縱嵌套再加 上細胞交互,5 層邏輯嵌套大滿貫的文章起碼是 10 分的底子
3. 數(shù)據(jù)的嚴謹性
生信數(shù)據(jù)挖掘凝果,組織国章、細胞、分子豆村、動物液兽、生信五個維度,這些不同維度的數(shù)據(jù)是相互印證掌动, 在說明同樣的問題四啰。
組織表達有差異,跟預后有關系粗恢,說明分子介導的功能可能與疾病發(fā)生 發(fā)展有關柑晒。
細胞模型上過表達或者沉默觀察到表型變化證明分子確實影響表型,動物實驗一 樣還是驗證分子與表型的關系眷射。
組織來源的匙赞、細胞來源的、動物來源的妖碉,我們基礎科研一共 就只有這三種數(shù)據(jù)的來源涌庭,分子和生信是可以歸入細胞和組織來源的:分子來源于細胞實驗, 而數(shù)據(jù)挖掘挖的是別人的組織標本檢測結果欧宜。