概念：
順式作用元件(cis-acting element)是存在于基因旁側(cè)序列中妨猩，能影響基因表達(dá)的一段DNA序列垒在，它們的作用是參與基因表達(dá)的調(diào)控；順式作用元件本身不編碼任何蛋白質(zhì)，僅僅提供一個作用位點(diǎn)呈枉，要與反式作用因子（多是轉(zhuǎn)錄組因子）相互作用而起作用。
順式作用元件在分子遺傳學(xué)領(lǐng)域埃碱，相對同一染色體或DNA分子而言為“順式”（cis）猖辫；對不同染色體或DNA分子而言為“反式”（trans）。
分類：
按功能特性分為：通用調(diào)節(jié)元件如啟動子砚殿、增強(qiáng)子及沉默子啃憎、絕緣子和專一性元件：如激素反應(yīng)元件，cAMP反應(yīng)元件等似炎。
1. 增強(qiáng)子
位于結(jié)構(gòu)基因附近辛萍，能夠增強(qiáng)該基因轉(zhuǎn)錄活性的一段DNA順序稱為增強(qiáng)子（enhancer）。
2. 終止子
位于基因編碼區(qū)下游羡藐，能夠終止RNA轉(zhuǎn)錄合成的特殊DNA序列稱為終止子（terminator）贩毕。
3. 沉默子
位于結(jié)構(gòu)基因附近，能抑制該基因轉(zhuǎn)錄表達(dá)仆嗦，稱為沉默子（silencer）耳幢；沉默子是一種負(fù)性調(diào)控元件，其作用特征與增強(qiáng)子類似欧啤，在組織細(xì)胞特異性或發(fā)育階段特異性的基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控中起重要作用睛藻。
4. 絕緣子
通常位于啟動子同正調(diào)控元件(增強(qiáng)子)或負(fù)調(diào)控因子(為異染色質(zhì))之間，具有轉(zhuǎn)錄活性結(jié)構(gòu)域的邊界DNA序列邢隧，能夠阻止鄰近的增強(qiáng)子或沉默子對其界定的基因的啟動子發(fā)揮調(diào)控作用店印，稱為絕緣子/隔離子（insulator）；絕緣子的抑制作用具有方向性倒慧，它只抑制處于絕緣子所在邊界另一側(cè)的增強(qiáng)子或沉默子按摘，而對處于同一染色質(zhì)結(jié)構(gòu)域內(nèi)的增強(qiáng)子或沉默子沒有作用。
5. 專一性元件
專一性元件是一類能被特定轉(zhuǎn)錄因子識別和結(jié)合 , 調(diào)控基因?qū)Ｒ恍员磉_(dá)的 DNA 序列 纫谅，如熱激應(yīng)答元件炫贤，激素應(yīng)答元件，cAMP應(yīng)答元件付秕，金屬應(yīng)答元件等等兰珍，這類順勢作用元件是我們平時試驗(yàn)最為關(guān)心的，可能與我們關(guān)心的性狀有直接關(guān)系询吴。
生物在生長掠河、分化和發(fā)育過程中亮元，需要整合不同組織的、發(fā)育的唠摹、環(huán)境的信號來調(diào)節(jié)基因表達(dá)爆捞，轉(zhuǎn)錄起始調(diào)控便是其中的重要的一環(huán)；順式作用(cisacting)元件作為轉(zhuǎn)錄因子特異結(jié)合的位點(diǎn)勾拉，其重要性不言而喻煮甥，所以，在很多實(shí)驗(yàn)場景里我們都會進(jìn)行順式作用元件分析藕赞，這是一個非晨溜酰基礎(chǔ)、重要的實(shí)驗(yàn)技能找默！
順勢作用元件預(yù)測：
轉(zhuǎn)錄因子預(yù)測的原理是基于序列比對，識別轉(zhuǎn)錄因子識別并特異結(jié)合的目標(biāo)基因旁側(cè)的DNA序列（順式作用元件）吼驶，下面介紹一個方便快捷的數(shù)據(jù)庫：Plant CARE 惩激。
數(shù)據(jù)庫網(wǎng)址：http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/，該網(wǎng)站的優(yōu)點(diǎn)是操作簡單蟹演，方便快捷风钻，并且已有很多文章引用，下面看看具體操作：
設(shè)置郵箱：用來接收分析結(jié)果用的酒请；
提交promoter序列（一般提取基因起始密碼子前1000-2000bp）骡技，可單獨(dú)或多條提交，本示例是用擬南芥所有基因上游1500bp promoter序列（文件過大可進(jìn)行拆分后再分批上傳）羞反；
點(diǎn)擊search布朦，靜等結(jié)果，注意查收郵件昼窗；
約15-20min是趴，郵件收到分析結(jié)果，解壓后如下圖（部分截圖）：
提交的每一個promoter序列會對應(yīng)有一個網(wǎng)頁可交互的結(jié)果澄惊，最后還有一個匯總結(jié)果（箭頭所指）唆途。
每個html格式的結(jié)果都可以打開查看，如下圖：展示信息有提交的單條序列信息（部分截圖）和鑒定到的順式作用元件掸驱。
點(diǎn)擊順勢作用元件左側(cè)的“+”號可以查看更多具體信息肛搬，系統(tǒng)并會用同樣顏色在promoter序列中標(biāo)注出順勢作用元件的位置及序列信息（很直觀）：
我們也可以打開順勢作用元件匯總表，可用editplus或Excel打開毕贼，如下圖温赔，第一列：基因ID，第二列：順式作用元件名稱鬼癣，第三列：順式作用元件起始位置让腹，第四列：順式作用元件長度远剩，第五列：順式作用元件功能注釋。
順式作用元件較多時可以根據(jù)功能注釋進(jìn)行篩選骇窍，選擇自己感興趣的順式作用元件進(jìn)行類似下圖可視化作圖（具體作圖操作下期介紹）瓜晤。
技能是不是很簡單實(shí)用，圖片是不是很漂亮腹纳？其實(shí)以上都是些簡單的生信技能痢掠，假如您想學(xué)習(xí)更多，那就來學(xué)習(xí)我們的《基因家族分析》線上教程吧嘲恍！你也能掌握以下分析技能足画。
1. Biolinux系統(tǒng)虛擬機(jī)安裝及l(fā)inux常用命令的使用；
2.pfam保守結(jié)構(gòu)域下載及確定pfam佃牛；
3. 基因組數(shù)據(jù)（基因組淹辞、蛋白質(zhì)序列、CDS序列俘侠、gff注釋信息）下載象缀；
4. 基因組（蛋白質(zhì)序列）本地建池及本地Blast比對鑒定基因家族基因；
5. Hmmsearch鑒定基因家族基因（序列提取爷速、篩選央星、鑒定）；
6. 家族內(nèi)基因結(jié)構(gòu)分析（內(nèi)含子/外顯子惫东、順式作用元件莉给、Motif分析）；
7. 家族內(nèi)基因遺傳進(jìn)化分析及進(jìn)化樹美化廉沮；
8. 基因加倍及串聯(lián)重復(fù)基因分析及作圖美化颓遏；
9. 不同物種間共線性分析（物種間保守性）；
10. 結(jié)合轉(zhuǎn)錄組分析基因家族基因表達(dá)模式及熱圖繪制滞时。
《基因家族分析》課程鏈接：
https://study.163.com/course/introduction/1209048893.htm?share=1&shareId=1031484705
更多生物信息課程：
1. 文章越來越難發(fā)州泊？是你沒發(fā)現(xiàn)新思路，基因家族分析發(fā)2-4分文章簡單快速漂洋，學(xué)習(xí)鏈接：基因家族分析實(shí)操課程遥皂、基因家族文獻(xiàn)思路解讀
2. 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)理解不深入？圖表看不懂刽漂？點(diǎn)擊鏈接學(xué)習(xí)深入解讀數(shù)據(jù)結(jié)果文件演训，學(xué)習(xí)鏈接：轉(zhuǎn)錄組（有參）結(jié)果解讀；轉(zhuǎn)錄組（無參）結(jié)果解讀
3. 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)深入挖掘技能-WGCNA贝咙，提升你的文章檔次样悟，學(xué)習(xí)鏈接：WGCNA-加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析
4. 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)怎么挖掘？學(xué)習(xí)鏈接：轉(zhuǎn)錄組標(biāo)準(zhǔn)分析后的數(shù)據(jù)挖掘、轉(zhuǎn)錄組文獻(xiàn)解讀
5.微生物16S/ITS/18S分析原理及結(jié)果解讀窟她、OTU網(wǎng)絡(luò)圖繪制陈症、cytoscape與網(wǎng)絡(luò)圖繪制課程
6. 生物信息入門到精通必修基礎(chǔ)課，學(xué)習(xí)鏈接：linux系統(tǒng)使用震糖、perl入門到精通录肯、perl語言高級、R語言畫圖
7. 醫(yī)學(xué)相關(guān)數(shù)據(jù)挖掘課程吊说，不用做實(shí)驗(yàn)也能發(fā)文章论咏，學(xué)習(xí)鏈接：TCGA-差異基因分析、GEO芯片數(shù)據(jù)挖掘颁井、GSEA富集分析課程厅贪、TCGA臨床數(shù)據(jù)生存分析、TCGA-轉(zhuǎn)錄因子分析雅宾、TCGA-ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析
8.其他課程鏈接：二代測序轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)自主分析养涮、NCBI數(shù)據(jù)上傳、二代測序數(shù)據(jù)解讀眉抬。
