學(xué)習(xí)小組Day3筆記--lele

昨天是學(xué)會(huì)裝系統(tǒng)——Linux桨吊,那今天就相當(dāng)于下載一個(gè)軟件商店——Miniconda喜庞,并且學(xué)習(xí)了如何安裝軟件株搔。

如何下載Miniconda

1.用uname -a代碼查看服務(wù)器是幾位的


2.百度搜索miniconda 清華筑辨,找到對應(yīng)版本,復(fù)制鏈接(key word:latest 纲堵,Linux巡雨,sh)https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/

3.輸入wget 鼠標(biāo)右鍵點(diǎn)擊,粘貼復(fù)制的網(wǎng)址

如何安裝Miniconda

1.bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh席函,這里在下圖手動(dòng)輸sh铐望,然后回車,就開始安裝了茂附。正蛙。中間會(huì)出現(xiàn)很多的版權(quán)信息,按回車跳過它們营曼,在需要輸yes的地方手動(dòng)yes一下乒验,圖二顯示的就是安裝完成。

2.激活——source ~/.bashrc

3.命令行繼續(xù)輸入conda蒂阱,顯示一大串信息锻全,說明成功。

4.添加鏡像蒜危,把下面的代碼全部復(fù)制到命令行虱痕,粘貼、回車辐赞。

使用清華鏡像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

如何使用conda

1.查看服務(wù)器上安裝的所有軟件列表 conda list

2.搜索conda軟件fastqc部翘, conda search fastqc
  1. 安裝軟件 conda install fastqc -y 【-y是yes,安裝過程中conda問你的問題全部回答yes】如果想要具體到版本號响委,可以(conda install fastqc=0.11.7 -y)

    4.卸載軟件 conda remove fastqc -y

conda環(huán)境

1.查看當(dāng)前環(huán)境——conda info --envs


2.創(chuàng)建環(huán)境(假設(shè)要?jiǎng)?chuàng)建一個(gè)用來rna-seq的conda環(huán)境) conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

創(chuàng)建完之后可以用命令conda info --envs查看一下新思,帶是默認(rèn),這里base還是默認(rèn)

3.激活環(huán)境 conda activate rna-seq赘风,這時(shí)默認(rèn)的
就會(huì)轉(zhuǎn)移到rna-seq前夹囚,并且在用戶名root前面出現(xiàn)了(rna-seq),這時(shí)在輸入fastqc邀窃,如果出現(xiàn)大片信息提示荸哟,說明就可以正常使用了

4.退出當(dāng)前環(huán)境,conda deactivate (操作在上圖)

?著作權(quán)歸作者所有,轉(zhuǎn)載或內(nèi)容合作請聯(lián)系作者
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