常用Linux生信軟件倉庫 miniconda
一仙逻，安裝miniconda
1, yum install -y bzip2 #裝載bzip2壓縮軟件
2，wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #下載miniconda
3, bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #安裝miniconda
4, source ~/.bashrc #激活conda
5, conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda conda config --set show_channel_urls yes #添加清華鏡像
二混蔼，使用conda
conda list #查看所有安裝軟件
conda search fastqc #搜索fastqc
conda install fastqc -y #自動安裝fastqc
conda install fastqc=0.11.7 -y #制定版本號安裝老版本
conda remove fastqc -y #卸載
三履腋，conda環(huán)境
conda info --envs #查看conda現(xiàn)有環(huán)境
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y #建立一個名叫rnaseq的conda環(huán)境，然后指定python版本是3惭嚣，安裝軟件fastqc遵湖、trimmomatic（這兩個可以一步完成）
conda activate rna-seq #激活rna-seq環(huán)境
conda remove -n rna-seq fastqc -y #卸載環(huán)境
