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隨著lncRNA研究的發(fā)展，lncRNA的數(shù)量越來越多季惩，但是擁有功能注釋的lncRNA只占了其中很小一部分寸认。為了更好的開展lncRNA的功能研究纵顾，科學(xué)家收集文獻(xiàn)中人類lncRNA相關(guān)的數(shù)據(jù)洁奈，包括了表達(dá)量间唉，相關(guān)疾病，甲基化位點(diǎn)睬魂，SNP位點(diǎn)终吼，功能描述等信息镀赌，并整理成了數(shù)據(jù)庫(kù)LncBook, 網(wǎng)址如下
http://bigd.big.ac.cn/lncbook/index
該數(shù)據(jù)庫(kù)中包含以下8種lncRNA相關(guān)信息
1. LncRNAs
共包含277044個(gè)lncRNA, 既有實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的lncRNA,也有軟件預(yù)測(cè)的lncRNA氯哮，收集了來自Gencode, RefSeq, Noncode, Lncipedia, MiTranscriptome 等數(shù)據(jù)庫(kù)中的lncRNA, 在預(yù)測(cè)lncRNA時(shí)，采用了CPAT, PLEK, LGC3個(gè)軟件結(jié)果的交集商佛。
這部分提供lncRNA的ID, 染色體位置喉钢，長(zhǎng)度，外顯子個(gè)數(shù)良姆，類型等基本信息肠虽，示意如下
2. ?Featured LncRNAs
這部分只包含來自lncRNAWiki數(shù)據(jù)庫(kù)中的有功能注釋和文獻(xiàn)支持的lncRNA, 結(jié)果示意如下
3. ?Function
這部分給出lncRNA的生物學(xué)功能注釋和參與的生物學(xué)過程，共包含以下5種類別的功能
transcriptional regulation
ceRNA
splicing regulation
protein localization
-
RNAi
示意如下
4. Diseases
這部分給出lncRNA相關(guān)的疾病信息玛追，包括了實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證和預(yù)測(cè)兩種税课，實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的數(shù)據(jù)直接從lncRNADisease和lncRNAwiki這兩個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)得到闲延，預(yù)測(cè)主要是結(jié)合了其他組學(xué)的數(shù)據(jù)，包括以下3種策略
相比正常樣本韩玩，如果在腫瘤樣本中某個(gè)lncRNA啟動(dòng)子區(qū)存在高甲基化區(qū)域垒玲，則認(rèn)為該lncRNA與疾病相關(guān)；
如果某個(gè)lncRNA區(qū)域存在于疾病相關(guān)的SNP位點(diǎn)找颓，則該lncRNA與疾病相關(guān)合愈；
-
如果某個(gè)lncRNA與5個(gè)以上與疾病相關(guān)miRNA(miRNA相關(guān)疾病信息來自HMDD數(shù)據(jù)庫(kù))具有相互作用，則該lncRNA與疾病相關(guān)击狮；
結(jié)果示意如下
5. Expression
通過分析HPA和GTEx兩個(gè)公共項(xiàng)目的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)佛析，給出lncRNA在各個(gè)組織中的FPKM表達(dá)量值，示意如下
通過分析在不同組織中的表達(dá)量彪蓬，可以用于判斷組織特異性lncRNA還是管家lncRNA, 計(jì)算公式如下
N代表組織的個(gè)數(shù)寸莫，x代表每個(gè)組織中歸一化之后的表達(dá)量，這里的歸一化是將每個(gè)組織中的表達(dá)量除以所有組織中最大的表達(dá)量寞焙。
6. Methylation
通過分析TCGA和ENCODE數(shù)據(jù)庫(kù)的數(shù)據(jù)储狭，給出lncRNA相關(guān)的甲基化信息，示意如下
7. Variation
將dbSNP數(shù)據(jù)庫(kù)中的SNP位點(diǎn)映射到lncRNA上捣郊，同時(shí)提供了來自COSMIC和ClinVar數(shù)據(jù)庫(kù)的注釋信息辽狈，以及1000G中的頻率信息，結(jié)果示意如下
8. lncRNA與miRNA的相互作用
采用tagetScan和miRanda兩款軟件來預(yù)測(cè)lncRNA與miRNA的相互作用呛牲，取交集作為最終的結(jié)果刮萌，實(shí)驗(yàn)證據(jù)主要來自于starbase數(shù)據(jù)庫(kù)，結(jié)果示意如下
除此之外娘扩，還提供了一下4種工具
Blast
LGC
Classification
-
Conversion
Blast用于將輸入序列和數(shù)據(jù)庫(kù)中的lncRNA序列進(jìn)行比對(duì)着茸，LGC用于分析序列的蛋白編碼潛能，預(yù)測(cè)lncRNA琐旁；Classification用于根據(jù)染色體位置對(duì)基因進(jìn)行分類涮阔，Conversion用于提供多個(gè)lncRNA數(shù)據(jù)庫(kù)中ID的轉(zhuǎn)換，結(jié)果示意如下
lncBook和lncRNAwiki是同一個(gè)開發(fā)團(tuán)隊(duì)灰殴，lncBook可以看做lncRNAwiki的升級(jí)版本敬特，更多的用法和信息請(qǐng)參考官網(wǎng)的幫助文檔。
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