這是我的第一篇簡書枚尼，還不太會Markdown編輯器，先隨便寫一下子吧更胖，之后慢慢學(xué)铛铁。2018年11月10號到13號，在珠海跟著健明老師和崔老師學(xué)習(xí)了近4天的生物信息學(xué)却妨，收獲頗豐饵逐，回來之后也是滿腔熱血，開始自己的學(xué)習(xí)彪标，從自己之前用過的TCGA開始倍权。但是TCGA下載的RNAseq文件是一個個獨(dú)立文件夾，里面都有一個.gz文件捞烟，所以第一步薄声，是如何將他們?nèi)哭D(zhuǎn)移到同一個目錄下，這是我遇到的第一個問題题画。之前我是用perl腳本解決的默辨，但是看不懂perl腳本的意思，所以還是想用自己可以讀的懂的語言去完成苍息。這個心路歷程和嘗試歷程都在下面寫了廓奕”瘢總之要開始寫簡書記錄自己的成長，同時也是自己的學(xué)習(xí)筆記桌粉，一步一步開始往前走蒸绩，以后有知識忘記了，也可以回過頭來多看看铃肯，同時也是和廣大生信工作者分享自己的一點(diǎn)經(jīng)驗患亿！
1、`/etc/skel/.bashrc`? ?#把.bashrc拷過來押逼，根據(jù)自己需要修改步藕。如果自己的工作目錄下沒有的話，有.bashrc文件請忽略這步
2挑格、`cat ~/.bashrc`? ? #看一下.bashrc里面有什么
3咙冗、`cat >> ~/.bashrc`? ?#添加環(huán)境變量，這是cat命令對文本進(jìn)行內(nèi)容添加
`PS1="\[\033]2;\h:\u \w\007\033[33;1m\]\u \033[35;1m\t\033[0m \[\033[36;1m\]\w\[\033[0m\]\n\[\e[32;1m\]$ \[\e[0m\]"`? #改變顏色
ctrl + C? #結(jié)束命令漂彤，按“ctrl + C”雾消，已經(jīng)修改了環(huán)境變量
`source .bashrc`? ?#每次重新登陸，source一下即可進(jìn)入環(huán)境變量
4挫望、`echo $PATH`? ?#看一下PATH上有什么
5立润、`export PATH="$PATH:/home/(...)/"`? ? #可以修改環(huán)境變量里面的路徑，使一些軟件的目錄加入進(jìn)來媳板，以后source .bashrc之后就可以使用了
6桑腮、`vim .bashrc`? #進(jìn)入vim編輯.bashrc文件
i? ?#按i鍵進(jìn)入編輯模式（INSERT），然后回車換行蛉幸，粘貼想要添加的路徑或者其他環(huán)境變量
Esc , :wq? #按Esc鍵破讨，然后輸入":wq"，即可保存退出
7奕纫、總結(jié)環(huán)境變量添忘，簡單說就是相當(dāng)于建立了自己設(shè)置好的一個桌面，桌面上有各種自己想用的快捷方式（和windows系統(tǒng)類比）
***8若锁、`mv /home/vip27/TCGA/RNAseq/*/*.gz /home/vip27/TCGA/RNAseq/merge/`? ##將RNAseq文件夾下面的所有文件夾中的.gz文件搁骑，全部轉(zhuǎn)移到RNAseq文件夾下的merge文件夾
##這個是困擾我很久的一個問題，之前使用perl腳本處理的（當(dāng)然我只是會用又固，并看不懂perl）仲器，現(xiàn)在用linux完成了自己的第一個shell腳本的書寫，感覺很好仰冠。因為之前自己寫了很多次都沒有運(yùn)行成功乏冀，也用了循環(huán)，也是失敗洋只，現(xiàn)在也不是很清楚為什么辆沦，anyway昼捍，新技能get！慢慢學(xué)習(xí)肢扯，繼續(xù)往前走妒茬。
9、```perl
use strict;
use warnings;
use File::Copy;
my $newDir="files";
unless(-d $newDir)
{
mkdir $newDir or die $!;
}
my @allFiles=glob("*");
foreach my $subDir(@allFiles)
{
if((-d $subDir) && ($subDir ne $newDir))
{
opendir(SUB,"./$subDir") or die $!;
while(my $file=readdir(SUB))
{
if($file=~/\.gz$/)
{
#`cp ./$subDir/$file ./$newDir`;
copy("$subDir/$file","$newDir") or die "Copy failed: $!";
}
}
close(SUB);
}
}
```
##?最后把可以完成同樣任務(wù)的perl腳本也粘貼在這里蔚晨，埋個伏筆乍钻，希望以后自己也可以學(xué)會perl語言。
