1. 軟件下載
需要教育郵箱饥悴，下載連接https://zdock.umassmed.edu/software/
tar -zxvf zdock3.0.2_linux_x64.tar.gz
# 解壓即用唆垃，已下載在~/programm/zdock/目錄中
# ZDOCK 3.0.2版本是最新版本
# 將 export PATH=/home/shims/install/zdock3.0.2_linux_x64:$PATH添加到環(huán)境變量中阅签。
2. 準(zhǔn)備文件
從pdb數(shù)據(jù)庫(kù)下載目標(biāo)蛋白的.pdb格式的文件,并進(jìn)行預(yù)處理
# 預(yù)處理
mark_sur receptor.pdb receptor_m.pdb
mark_sur ligand.pdb ligand_m.pdb
#利用mark_sur命令將下載的pdb文件處理成zdock可使用的文件
# uniCHARMM文件需在當(dāng)前目錄下持搜，可從~/programm/zdock/zdock3.0.2_linux_x64/拷貝
3.分子對(duì)接
[命令行運(yùn)行]https://zlab.umassmed.edu/zdock/how_to_run_zdock.shtml
zdock -R receptor_m.pdb -L ligand_m.pdb -o zdock.out # 輸出結(jié)果在當(dāng)前目錄的zdock.out文件中
head -15 zdock.out > top10.zdock.out #取前10個(gè)進(jìn)行后續(xù)分析
create.pl top10.zdock.out num_preds
# 預(yù)測(cè)前十個(gè)complex, create_lig文件需在當(dāng)前目錄下篡悟。num_preds參數(shù)指定預(yù)測(cè)前多少個(gè)
# -o是輸出文件夾
4. 導(dǎo)入pymol進(jìn)行可視化
上述輸出的complex可利用pymol進(jìn)行可視化
[pymol教學(xué)]https://www.bilibili.com/video/BV1fa4y1s7e6/?spm_id_from=333.788.recommend_more_video.1&vd_source=2530fee38a2e3828d07aaa316ccd75b9
利用pymol打開zdock對(duì)接的complex虫给，進(jìn)行可視化昆稿，同時(shí)打開 InterfaceResidues的python文件可以找到蛋白-蛋白對(duì)接的界面瞧筛，視頻教程https://www.bilibili.com/video/BV1tZ4y137VB/?spm_id_from=333.337.search-card.all.click&vd_source=2530fee38a2e3828d07aaa316ccd75b9 #命令 interfaceResidue 1hwg, chain A, chain B
結(jié)果解讀
ZDOCK分子對(duì)接之后的輸出文件解讀
ZDOCK分子對(duì)接之后會(huì)將所有的信息打印到用戶指定的文件中厉熟，如通過命令行：zdock -R receptor_m.pdb -L ligand_m.pdb -o zdock.out就會(huì)將所有的打印輸出信息到文件zdock.out。輸出文件通過zdock命令的-o參數(shù)設(shè)定较幌。
128 1.2 0
-3.141593 1.450119 -2.739050
0.000000 0.000000 0.000000
receptor_m.pdb -38.481 1.151 -26.315
ligand_m.pdb -27.379 38.575 4.226
第一行是ZDOCK在進(jìn)行分子對(duì)接過程中使用的最大NxNxN格點(diǎn)數(shù)目（128）揍瑟。空間格點(diǎn)之間的空間間距（1.2?）乍炉，一般情況下都是1.2?的值绢片。接下來就是在zdock對(duì)接過程中將保持剛性的分子，0表示受體分子剛性岛琼，1表示配體分子剛性底循。
第二行是受體分子的初始Euler角度旋轉(zhuǎn)參數(shù)。
第三行是配體分子的初始Euler角度旋轉(zhuǎn)參數(shù)槐瑞。該參數(shù)可以通過zdock命令的-S參數(shù)來設(shè)定熙涤。
第四行是受體分子文件名稱，可以根據(jù)zdock命令的-R參數(shù)來設(shè)定困檩。接著的是受體分子相對(duì)于中心來的位置參數(shù)祠挫。
第五行是配體分子的文件名稱，可以根據(jù)zdock命令的-L參數(shù)來設(shè)定悼沿。接著是配體分子相對(duì)于中心的位置參數(shù)等舔。
在前面的五行頭文件信息之后的每一行都是配體分子相對(duì)于初始位置的旋轉(zhuǎn)和平移位置。
0.261799 1.506530 1.988858 120 16 6 1101.029
每行的前三個(gè)數(shù)字是配體分子相對(duì)于初始位置的Euler角度的旋轉(zhuǎn)糟趾。
接下來的三個(gè)數(shù)字是配體分子相對(duì)于初始位置的平移情況慌植，使用空間格點(diǎn)空間來描述甚牲。
最后一列數(shù)字是當(dāng)前結(jié)構(gòu)的ZDOCK打分。這個(gè)打分一般情況下是從最高分到最低分排序的涤浇。
在ZDOCK的結(jié)果文件中沒有具體的復(fù)合物的結(jié)構(gòu)鳖藕，當(dāng)使用creat.pl腳本提取復(fù)合物結(jié)構(gòu)的時(shí)候魔慷，會(huì)從上一次提取結(jié)構(gòu)只锭，如第六行對(duì)應(yīng)第一個(gè)復(fù)合物結(jié)構(gòu)，第七行對(duì)于第二個(gè)復(fù)合物結(jié)構(gòu)等院尔。每個(gè)復(fù)合物的結(jié)構(gòu)都根據(jù)Euler角度旋轉(zhuǎn)和格點(diǎn)空間的平移來構(gòu)建復(fù)合物結(jié)構(gòu)蜻展。
參考連接https://blog.sina.com.cn/s/blog_15d0344a30102xeh8.html
