我們?cè)谧龌蚪M或者轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析的時(shí)候钓猬,經(jīng)常需要用到染色體的長(zhǎng)度裆针。今天我們就來(lái)聊聊如何獲取染色體的長(zhǎng)度拓哺。我們以人的為例馒吴,給大家介紹兩種不同的方法扎运,都要用到著名的公共數(shù)據(jù)庫(kù)UCSC(https://www.genome.ucsc.edu/)
方法一
1.在UCSC的主頁(yè)上,點(diǎn)擊Genomics饮戳,
2. 然后點(diǎn)擊human圖標(biāo)豪治,當(dāng)然如果需要獲取其他物種的染色體長(zhǎng)度,這里就點(diǎn)擊其他物種的圖標(biāo)
3.點(diǎn)擊View sequences扯罐,你就會(huì)看到下面這張表
這張表拖到最底下负拟,你會(huì)發(fā)現(xiàn)有Download as file,可以把這張表下載到本地
用文本編輯器打開(kāi)如下歹河,第一列是染色體號(hào)掩浙,第二列是每一條染色體的長(zhǎng)度。大功告成了秸歧!
方法二
1. UCSC主頁(yè)上點(diǎn)擊Downloads->Genome Data
2.選擇相應(yīng)的物種厨姚,這里選擇human
3.點(diǎn)擊Genome sequence files and select annotations下面的Standard genome sequence files and select annotations
4. 下載hg38.chrom.sizes這個(gè)文件即可,跟上面一種方法得到的結(jié)果是一樣的键菱。