1.GO富集
使用orgDb
通過使用Bioconductor的AnnotationHub在線檢索并抓取OrgDb。
非模式基因GO富集分析：以玉米為例+使用OrgDb
在線shiny
可以選擇B73_v3和v4拥诡。
玉米GO富集分析
agriGO
物種進(jìn)去贸弥，檢索玉米Zea mays(maize)
image.png
粘貼ID男韧，選擇ID版本，提交即可。
image.png
拿到富集分析結(jié)果后蚓耽，自行繪圖族沃。
2. KEGG富集
先使用createKEGGdb創(chuàng)建玉米的KEGG注釋包频祝，再進(jìn)行富集。
remotes::install_github("YuLab-SMU/createKEGGdb")
最近總是下不了Github上的R包脆淹，各種倒騰沒解決常空，包括我之前的方法：# 解決install_github安裝R包時無法打開（cannot open）URL？
應(yīng)該是我R版本的問題盖溺。
無奈漓糙，換在Linux服務(wù)器上試試。確實無問題：
remotes::install_github("YuLab-SMU/createKEGGdb")
createKEGGdb::create_kegg_db('zma')
將生成在當(dāng)前目錄下的KEGG.db_1.0.tar.gz導(dǎo)出烘嘱，在Rstudio中手動安裝（Tools）昆禽，成功了。
接下來是ID轉(zhuǎn)換的問題蝇庭。創(chuàng)建的KEGG.db里的ID是entrez_id醉鳖，而我的差異基因ID是B73_v3（GRMZM*G******）。用Bioconductor中的信息也許可以轉(zhuǎn)哮内，但擔(dān)心不全辐棒，也沒試。
MaizeGDB上有非常全的ID對應(yīng)關(guān)系：
Translate Gene Model IDs
image.png
左邊框輸入B73_v3或B73_v4都可以直接轉(zhuǎn)Entrez牍蜂，保存為文件漾根。
直接用clusterProfiler進(jìn)行KEGG富集分析：
file="diffgene_down.txt"
sn=gsub(".txt","",file)
gene <- read.delim(file,header = T,row.names = 1)
kk <- enrichKEGG(gene= gene$GenBank.Gene,organism= 'zma',
pvalueCutoff = 1,
qvalueCutoff = 1,
use_internal_data =T)
head(kk)
write.csv(kk@result,file = paste0(sn,".pathway.csv"),row.names = F)
##只展示過閾值的pathway
kkp <- enrichKEGG(gene= gene$GenBank.Gene,organism= 'zma',qvalueCutoff = 0.05,use_internal_data =T)
head(kkp)
p=dotplot(kkp);p
ggsave(p,filename = paste0(sn,".pathway.png"),width = 8,height = 7,dpi = 300)
ggsave(p,filename = paste0(sn,".pathway.pdf"),width = 8,height = 7,dpi = 300)
