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課程簡介
本套課程深入解讀了微生物分子分型技術的類型和方法苍匆，以及MLST分型浅浮、cgMLST分型的區(qū)別與聯系辆憔。課程系統(tǒng)闡述了cgMLST分型的理論背景、實操方法、數據的前處理、多情形的分型實操、結果的進一步繪圖加工窘俺、典型文獻案例和典型物種案例剖析與結果重現等让歼，全方位敞恋、系統(tǒng)化地教授了cgMLST分子分型的分析流程和應用方向。通過本套課程的學習谋右，可以全面掌握cgMLST上下游數據整合處理方法硬猫，有助于提升微生物進化研究的深度和系統(tǒng)性。
課程內容
（1）微生物分型的生物學意義改执，常用的分析手段及核酸分型方法介紹啸蜜；
（2）cgMLST的原理、特點講解及常用數據庫網站介紹辈挂；
（3）操作實戰(zhàn)：cgMLST在線分析及多樣本數據整理衬横；
（4）操作實戰(zhàn)：cgMLST本地分析軟件安裝，實操詳解终蒂，結果解讀蜂林；
（5）操作實戰(zhàn)：從頭構建cgMLST/wgMLST分型方案；
（6）操作實戰(zhàn)：基于已有分型方案進行新樣本的cgMLST分析拇泣；
（7）操作實戰(zhàn)：如何將線上分析結果轉化為繪圖所需數據格式噪叙；
（6）使用Phyloviz、GrapeTree軟件繪制最小生成樹所需數據準備與分析實操霉翔；
（7）cgMLST應用思路及相關案例分享睁蕾。
課程包含
（1）16個課時：課程從理論到實操，層層遞進债朵，學習更系統(tǒng)子眶，全面覆蓋所有實操要點；
（2）理論+實操：理論介紹+線上葱弟、線下分型實戰(zhàn)+數據轉化+繪圖實戰(zhàn)+思路分享壹店；
（3）軟件與案例：所需的全部軟件安裝包+示例數據+示例結果。
課程目錄大綱詳情
第一章：微生物分型技術介紹
課時1：微生物分型的意義
（1）微生物分型技術的必要性
（2）微生物分型的生物學意義
課時2：微生物分型的常用方法
（1）微生物表型分型方法
（2）微生物分子分型方法
課時3：常用核酸分型方法
（1）微生物核酸分型的9種方法
（2）微生物分型不同方法的優(yōu)勢與存在的問題
第二章：微生物cgMLST分型方法基礎
課時4：cgMLST分型基礎介紹
（1）cgMLST的原理及特點
（2）cgMLST與MLST芝加、wgMLST硅卢、SNP的異同
（3）cgMLST的下游分析
課時5：cgMLST分析常用平臺軟件介紹
（1）cgMLST分析平臺及軟件綜述
（2）cgMLST分析在線網站
（3）cgMLST分型方案保存數據庫
（4）cgMLST分型常用軟件工具
課時6：cgMLST在線數據庫網站的使用
（1）在線分析網站pubMLST的使用
（2）在線分析網站BigSdb的使用
（3）在線分析網站Enterobase的使用
（4）在線分析網站Pathogenwatch的使用
課時7：cgMLST要點知識總結
（1）為什么要進行分子分型？
（2）cgMLST與MLST有什么區(qū)別藏杖？
（3）cgMLST/MLST與傳統(tǒng)的SNP/系統(tǒng)進化相比有什么區(qū)別或優(yōu)勢将塑？
第三章：使用chewBBACA軟件本地化分析cgMLST
課時8：線下分析軟件chewBBACA的說明和安裝
（1）軟件原理及邏輯說明
（2）軟件安裝
課時9：使用chewBBACA從頭構建cgMLST/wgMLST分型方案
（1）數據準備
（2）分析原理
（3）詳細操作實戰(zhàn)
（4）結果解讀
課時10：chewBBACA：用于分型的基因組質量評估及最終方案的確認
（1）為何要進行質量評估
（2）質量評估的判斷標準
（3）操作實戰(zhàn)
（4）結果解讀
課時11：chewBBACA：使用已有分型方案進行分析
（1）常用數據庫平臺介紹
（2）分析原理及邏輯說明
（3）詳細操作實戰(zhàn)
（4）結果解讀
課時12：cgMLST分型等位基因序列下載
（1）不同平臺等位基因序列下載的不同方法
（2）基于API的等位基因序列下載實操
第四章：cgMLST分型結果數據可視化展示
課時13：cgMLST作圖數據處理與準備
（1）Phyloviz和GrapeTree軟件作圖數據要求
（2）線上分析結果數據格式
（3）如何將線上分析結果轉化為作圖數據
課時14：使用Phyloviz軟件繪制cgMLST最小生成樹
（1）Phyloviz軟件介紹
（2）Phyloviz數據準備
（3）Phyloviz操作步驟
課時15：使用GrapeTree軟件繪制cgMLST最小生成樹
（1）GrapeTree軟件介紹
（2）GrapeTree軟件數據準備
（3）GrapeTree軟件操作步驟
課時16：cgMLST應用思路及案例分享
（1）cgMLST分析的應用思路
（2）cgMLST案例——流行病學調查
（3）cgMLST案例——社區(qū)克隆傳播
（4）cgMLST案例——群體遺傳結構及臨床傳播
