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課程簡(jiǎn)介：
銅綠假單胞菌（Pseudomonas aeruginosa）是臨床呼吸道最常見(jiàn)的病原體之一，具有耐藥和毒力的高風(fēng)險(xiǎn)性潛力。本套課程從P. aeruginosa的基因組特征辛萍、流行性和耐藥性出發(fā)恒削。一方面對(duì)P. aeruginosa急性與慢性感染期間的表型與基因型變化、全球流行病學(xué)特點(diǎn)及分子分型研究方法進(jìn)行了剖析怀薛；另一方面介紹了P. aeruginosa常用藥物的耐藥機(jī)制刺彩，包括外膜孔蛋白和外排泵對(duì)P. aeruginosa耐藥性的影響，并重點(diǎn)講解了P. aeruginosa耐藥性研究的分析思路及常用預(yù)測(cè)軟件的使用方法枝恋。通過(guò)操作實(shí)戰(zhàn)結(jié)合研究實(shí)例力求將細(xì)菌銅綠假單胞菌流行性分析创倔、耐藥性研究落到實(shí)處。
課程主要內(nèi)容：
（1） 銅綠假單胞菌的基本特征焚碌、臨床病癥及急性與慢性感染的表型和基因型變化專題講解畦攘；
（2）銅綠假單胞菌的基因組特征、質(zhì)粒特征和群體遺傳譜系特征專題講解十电；
（3）常用分型方法介紹及銅綠假單胞菌的MLST分型知押、cgMLST分型和血清型研究介紹；
（4）銅綠假單胞菌MLST分型鹃骂、O抗原血清型操作實(shí)戰(zhàn)（包括在線操作和本地操作台盯，支持Windows系統(tǒng)和Linux系統(tǒng)）；
（5）MLST分型結(jié)果可視化實(shí)戰(zhàn)—MLST進(jìn)化樹(shù)畏线、最小生成樹(shù)及層級(jí)聚類分析詳解静盅；
（6）微生物耐藥的原理、抗菌藥物的作用機(jī)理及耐藥機(jī)制介紹象踊；
（7）銅綠假單胞菌的耐藥基因特征温亲、外膜孔蛋白和外排泵專題講解棚壁；
（8）銅綠假單胞菌常規(guī)分析思路介紹及表型、基因型突變分析思路介紹栈虚；
（9）銅綠假單胞的附屬敏感性及異質(zhì)性耐藥專題講解袖外；
（10）耐藥基因或耐藥相關(guān)突變位點(diǎn)的ResFinder、CARD數(shù)據(jù)庫(kù)在線預(yù)測(cè)魂务；
（11）查找SNP和InDel突變的Snippy軟件操作講解曼验；
（12）抗性基因Heatmap圖可視化展示教學(xué)及特定抗性基因參考序列篩選；
（13）比較基因簇分析思路講解及Easyfig操作實(shí)戰(zhàn)粘姜；
（14）質(zhì)粒鬓照、基因組島、整合性接合元件孤紧、前噬菌體豺裆、CRISPR-Cas系統(tǒng)、插入序列号显、轉(zhuǎn)座子臭猜、和整合子的特征、結(jié)構(gòu)及分類和生信實(shí)操押蚤。
課程包含：
（1）共計(jì)3個(gè)章節(jié)蔑歌、49個(gè)課時(shí)；
（2）理論介紹+分型預(yù)測(cè)+繪圖實(shí)戰(zhàn)+思路分享揽碘；
（3）所需的全部軟件安裝包+示例數(shù)據(jù)+示例結(jié)果次屠；
（4）理論介紹+操作實(shí)戰(zhàn)+文章解析，學(xué)-練-用一體化教學(xué)內(nèi)容雳刺。
課程目錄
第一章：銅綠假單胞菌基因組研究和分子分型實(shí)戰(zhàn)
課時(shí)1：銅綠假單胞基礎(chǔ)介紹
（1）銅綠假單胞菌的特征和臨床表現(xiàn)劫灶；
（2）銅綠假單胞菌的實(shí)驗(yàn)室培養(yǎng)狀態(tài)；
（3）急性與慢性感染期表型及相關(guān)基因的轉(zhuǎn)變煞烫；
課時(shí)2：銅綠假單胞菌的基因組特征和研究進(jìn)展
（1）銅綠假單胞菌的基因組特征浑此；
（2）銅綠假單胞菌的質(zhì)粒特征；
（3）銅綠假單胞菌的遺傳譜系滞详；
（4）銅綠假單胞菌重要模式菌株P(guān)AO1凛俱；
（5）銅綠假單胞菌的研究進(jìn)展；
課時(shí)3：銅綠假單胞菌的分型與進(jìn)化
（1）常用的分型方法介紹料饥；
（2）銅綠假單胞菌的MLST分型蒲犬；
（3）銅綠假單胞菌的血清型；
（4）銅綠假單胞菌分型研究案例岸啡；
課時(shí)4：銅綠假單胞菌cgMLST研究進(jìn)展
（1）cgMLST的特點(diǎn)及其與MLST的聯(lián)系與區(qū)別原叮；
（2）cgMLST分型常用軟件工具；
（3）銅綠假單胞菌現(xiàn)有的cgMLST分型方案；
（4）銅綠假單胞菌cgMLST分析案例奋隶；
課時(shí)5：實(shí)戰(zhàn)：在線MLST分型及數(shù)據(jù)上傳
（1）PubMLST網(wǎng)站介紹擂送；
（2）銅綠假單胞菌ST型預(yù)測(cè)結(jié)果示例；
（3）新ST型的數(shù)據(jù)庫(kù)上傳唯欣；
（4）新等位基因的數(shù)據(jù)庫(kù)上傳嘹吨；
課時(shí)6：實(shí)戰(zhàn)：MLST進(jìn)化樹(shù)的原理及繪制方法
（1）MLST進(jìn)化樹(shù)構(gòu)建的原理和特點(diǎn)；
（2）系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)構(gòu)建常用軟件MEGA介紹境氢；
（3）利用MEGA軟件構(gòu)建MLST進(jìn)化樹(shù)蟀拷；
（4）MLST進(jìn)化樹(shù)分析相關(guān)案例；
課時(shí)7：實(shí)戰(zhàn)：本地化MLST分型-1
（1）軟件包說(shuō)明及安裝萍聊；
（2）使用說(shuō)明及操作问芬；
（3）基本信息查看；
課時(shí)8：實(shí)戰(zhàn)：本地化MLST分型-2
（1）軟件包說(shuō)明及安裝寿桨；
（2）使用說(shuō)明及操作此衅；
（3）基本信息查看；
課時(shí)9：MLST分型結(jié)果可視化—常用軟件及算法介紹
（1）MLST下游分析介紹亭螟；
（2）常用軟件及算法比較炕柔；
（3）eBURST算法介紹；
（4）goeBURST算法介紹媒佣；
課時(shí)10：實(shí)戰(zhàn)：MLST分型結(jié)果可視化—最小生成樹(shù)繪制
（1）PHYLOViZ軟件原理介紹；
（2）分析內(nèi)容介紹陵刹；
（3）操作方法默伍；
（4）圖片美化；
（5）數(shù)據(jù)導(dǎo)出衰琐；
（6）結(jié)果解讀也糊；
課時(shí)11：實(shí)戰(zhàn)：MLST分型結(jié)果可視化—層級(jí)聚類分析
（1）線下層級(jí)聚類（含唯那生物提供的腳本）；
（2）結(jié)果美化及高級(jí)注釋羡宙；
課時(shí)12：實(shí)戰(zhàn)：銅綠假單胞菌血清型預(yù)測(cè)—在線分析
（1）銅綠假單胞菌的血清型概述狸剃；
（2）細(xì)菌血清型分析常用網(wǎng)站；
（3）銅綠假單胞菌血清型預(yù)測(cè)網(wǎng)站PAst介紹狗热；
（4）銅綠假單胞菌O抗原血清型預(yù)測(cè)結(jié)果示例钞馁；
課時(shí)13：實(shí)戰(zhàn)：銅綠假單胞菌血清型預(yù)測(cè)—PAst本地分析-1
（1）銅綠假單胞菌血清型介紹；
（2）軟件說(shuō)明匿刮；
（3）軟件安裝及說(shuō)明僧凰；
課時(shí)14：實(shí)戰(zhàn)：銅綠假單胞菌血清型預(yù)測(cè)—PAst本地分析-2
（1）window系統(tǒng)軟件安裝；
（2）linux系統(tǒng)軟件安裝熟丸；
（3）軟件安裝常見(jiàn)問(wèn)題训措；
課時(shí)15：實(shí)戰(zhàn)：銅綠假單胞菌血清型預(yù)測(cè)—PAst本地分析-3
（1）Windonws系統(tǒng)運(yùn)行；
（2）Linux系統(tǒng)運(yùn)行；
（3）結(jié)果解讀绩鸣；
（4）要點(diǎn)總結(jié)怀大；
第二章：銅綠假單胞菌耐藥性研究綜合分析實(shí)戰(zhàn)
課時(shí)16：微生物耐藥的原理
（1）微生物耐藥性的產(chǎn)生；
（2）微生物的抗菌藥物耐藥機(jī)制呀闻；
（3）具有嚴(yán)重危害的耐藥細(xì)菌或真菌化借；
（4）常見(jiàn)的抗菌藥物分類及其作用方式；
（5）抗菌藥物與微生物耐藥性的關(guān)系总珠；
課時(shí)17：銅綠假單胞菌常用藥物耐藥性及耐藥基因介紹
（1）銅綠假單胞菌臨床常用藥物介紹屏鳍；
（2）銅綠假單胞菌的國(guó)內(nèi)耐藥情況；
（2）β-內(nèi)酰胺類藥物作用機(jī)制及耐藥機(jī)制局服；
（3）氨基糖苷類藥物作用機(jī)制及耐藥機(jī)制钓瞭；
（4）喹諾酮類藥物作用機(jī)制及耐藥機(jī)制；
（5）多黏菌素藥物作用機(jī)制及耐藥機(jī)制淫奔；
課時(shí)18：銅綠假單胞菌的外膜孔蛋白與耐藥的聯(lián)系
（1）什么是膜孔蛋白山涡；
（2）膜孔蛋白與抗生素耐藥的聯(lián)系；
（3）銅綠假單胞菌的膜孔蛋白介紹唆迁；
（4）銅綠假單胞菌膜孔蛋白突變分析鸭丛；
（5）銅綠假單胞菌膜孔蛋白分析案例；
課時(shí)19：銅綠假單胞菌的外排泵介導(dǎo)多重耐藥
（1）多藥外排泵的生理功能及結(jié)構(gòu)組成特點(diǎn)唐责；
（2）銅綠假單胞菌的多藥外排泵類型鳞溉；
（3）銅綠假單胞菌RND外排泵的特點(diǎn)及其表達(dá)調(diào)控；
（4）多藥外排泵數(shù)據(jù)庫(kù)預(yù)測(cè)網(wǎng)站鼠哥；
（5）銅綠假單胞菌多藥外排泵分析案例熟菲；
課時(shí)20：銅綠假單胞菌耐藥性研究的常規(guī)分析思路
（1）耐藥性研究的常規(guī)分析思路；
（2）常規(guī)分析思路案例分享朴恳；
（3）特殊耐藥表型或基因型共存案例分享抄罕；
（4）耐藥表型差異的基因組來(lái)源分析案例分享；
課時(shí)21：耐藥表型或基因型突變研究的分析思路
（1）耐藥性表型或基因型突變分析思路于颖；
（2）實(shí)驗(yàn)室體外誘導(dǎo)突變（潛在突變位點(diǎn)）呆贿；
（3）臨床治療進(jìn)程中產(chǎn)生的突變（耐藥表型或基因型變化）；
（4）耐藥基因的自然進(jìn)化（進(jìn)化歷史森渐、分歧時(shí)間）做入；
課時(shí)22：耐藥性研究補(bǔ)充內(nèi)容：附屬敏感性
（1）交叉耐藥與附屬敏感性概念；
（2）銅綠假單胞菌附屬敏感性情況章母；
（3）銅綠假單胞菌附屬敏感性分析案例一母蛛；
（4）銅綠假單胞菌附屬敏感性分析案例二；
課時(shí)23：耐藥性研究的補(bǔ)充內(nèi)容：異質(zhì)性耐藥
（1）異質(zhì)性耐藥的概念和特點(diǎn)乳怎；
（2）異質(zhì)性耐藥的產(chǎn)生機(jī)制彩郊；
（3）異質(zhì)性耐藥的檢測(cè)方法前弯；
（4）銅綠假單胞菌的異質(zhì)性耐藥情況；
（5）銅綠假單胞菌異質(zhì)性耐藥分析案例秫逝；
課時(shí)24：實(shí)戰(zhàn)：耐藥基因的在線預(yù)測(cè)及結(jié)果解讀
（1）常用的耐藥基因預(yù)測(cè)方法介紹恕出；
（2）ResFinder的使用方法及預(yù)測(cè)結(jié)果解讀；
（3）CARD的使用方法及預(yù)測(cè)結(jié)果解讀违帆；
課時(shí)25：實(shí)戰(zhàn)：使用Snippy軟件分析樣本間的SNP和InDel
（1）Snippy軟件的安裝要點(diǎn)和分析流程浙巫；
（2）Snippy軟件的操作演示；
（3）Snippy突變差異檢測(cè)的結(jié)果解讀刷后；
課時(shí)26：實(shí)戰(zhàn)：抗性基因分析結(jié)果的可視化展示
（1）Heatmap圖常用分析及樣式參考的畴；
（2）耐藥基因Heatmap圖的數(shù)據(jù)準(zhǔn)備；
（3）Heatmap繪圖軟件TBtools安裝方法介紹尝胆；
（4）如何使用TBtools繪制Heatmap圖丧裁；
課時(shí)27：實(shí)戰(zhàn)：如何篩選含有特定抗性基因的參考序列
（1）Pathogen Detection數(shù)據(jù)庫(kù)介紹；
（2）Isolates Browser-篩選攜帶特定耐藥基因的菌株含衔；
（3）Pathogen Detection MicroBIGG-E-篩選攜帶脅迫基因的菌株煎娇；
（4）Reference Gene Catalog-確認(rèn)抗性基因類別；
課時(shí)28：比較基因簇分析思路分享
（1）比較基因簇分析總體思路介紹贪染；
（2）確定基因簇的大致范圍缓呛；
（3）確定合適的同源序列；
（4）確定參考序列相似基因簇的位置杭隙；
（5）拆分基因簇的組成結(jié)構(gòu)哟绊；
課時(shí)29：實(shí)戰(zhàn)：使用Easyfig繪制比較基因簇—軟件安裝及配置
（1）Easyfig軟件介紹；
（2）Easyfig軟件下載痰憎；
（3）Easyfig軟件安裝匿情；
（4）Easyfig軟件配置修改；
課時(shí)30：實(shí)戰(zhàn)：使用Easyfig繪制比較基因簇—快速繪制比較基因簇圖
（1）Easyfig參數(shù)介紹信殊；
（2）Easyfig基礎(chǔ)操作；
（3）Easyfig進(jìn)程保存汁果；
（4）Easyfig菜單欄Blast和Help涡拘；
第三章：可移動(dòng)元件的類型、研究思路和分析實(shí)戰(zhàn)
課時(shí)31：水平基因轉(zhuǎn)移（HGT）與可移動(dòng)元件概述
（1）可移動(dòng)遺傳元件與水平基因轉(zhuǎn)移的概念据德；
（2）可移動(dòng)遺傳元件的分類鳄乏；
（3）水平基因轉(zhuǎn)移的方式；
（4）水平基因轉(zhuǎn)移與可移動(dòng)遺傳元件的關(guān)聯(lián)棘利；
（5）可移動(dòng)遺傳元件預(yù)測(cè)方法橱野；
（6）課程涉及的軟件和網(wǎng)站；
課時(shí)32：質(zhì)辽泼担基本特征及其生信研究方法介紹
（1）質(zhì)粒的概念水援；
（2）質(zhì)粒的復(fù)制；
（3）質(zhì)粒的特性；
（4）質(zhì)粒的分型蜗元；
（5）質(zhì)粒數(shù)據(jù)庫(kù)及生信工具或渤；
課時(shí)33：基因組島（GI）與整合性接合元件（ICE）特征介紹
（1）基因組島的概念與起源；
（2）基因組島的分類及結(jié)構(gòu)特點(diǎn)奕扣；
（3）基因組島的環(huán)出與整合薪鹦；
（4）整合性接合元件的概念及分類；
（5）整合性接合元件的結(jié)構(gòu)特征惯豆；
（6）特殊的整合性接合元件-ICEkp池磁；
課時(shí)34：前噬菌體的基本特征及在基因組上的整合與切除
（1）噬菌體的概念及組成結(jié)構(gòu)；
（2）噬菌體的生命周期楷兽；
（3）前噬菌體的概念及存在形式地熄；
（4）前噬菌體的插入整合方式；
（5）前噬菌體的結(jié)果展示拄养；
課時(shí)35：CRISPR-Cas系統(tǒng)預(yù)測(cè)
（1）CRISPR-Cas的概念和組成
（2）CRISPR-Cas的分類离斩；
（3）CRISPR-Cas的作用機(jī)制；
（4）CRISPR-Cas的研究意義瘪匿；
（5）肺炎克雷伯菌的CRISPR-Cas研究跛梗；
課時(shí)36：插入序列與轉(zhuǎn)座子的結(jié)構(gòu)特征及判定方法
（1）插入序列和轉(zhuǎn)座子的概念及結(jié)構(gòu)特征；
（2）轉(zhuǎn)座子的分類棋弥；
（3）插入序列核偿、轉(zhuǎn)座子與耐藥基因的關(guān)聯(lián)；
（4）細(xì)菌的常見(jiàn)轉(zhuǎn)座子顽染；
課時(shí)37：整合子（Integron）的基本特征及作用方式
（1）整合子的概念及其組成漾岳；
（2）整合子的分類；
（3）整合子的邊界粉寞；
（4）基因盒的捕獲和整合尼荆；
（5）基因盒的表達(dá)；
（6）細(xì)菌中的整合子研究唧垦；
課時(shí)38：接合質(zhì)粒的基本元件捅儒、轉(zhuǎn)移機(jī)制及判定方法
（1）接合質(zhì)粒的組成結(jié)構(gòu)；
（2）接合轉(zhuǎn)移的原理振亮；
（3）影響接合轉(zhuǎn)移效率的因素巧还；
（4）如何確認(rèn)質(zhì)粒是否具有接合性轉(zhuǎn)移能力；
（5）接合轉(zhuǎn)移研究的文獻(xiàn)示例坊秸；
課時(shí)39：基因重組介導(dǎo)的非接合元件的轉(zhuǎn)移
（1）重組的概念及與轉(zhuǎn)移的關(guān)系麸祷；
（2）重組的類型——同源重組/位點(diǎn)特異性重組；
（3）重組的三種形式——整合褒搔、切除阶牍、倒位喷面；
（4）多重組事件的發(fā)生；
（5）重組在非接合元件轉(zhuǎn)移中的應(yīng)用荸恕；
課時(shí)40：可移動(dòng)質(zhì)粒的誘動(dòng)轉(zhuǎn)移機(jī)制
（1）引言-質(zhì)粒的移動(dòng)性乖酬；
（2）誘動(dòng)的概念及其意義；
（3）可移動(dòng)質(zhì)粒的誘動(dòng)轉(zhuǎn)移方式融求；
（4）可移動(dòng)質(zhì)粒水平基因轉(zhuǎn)移的結(jié)果咬像；
（5）細(xì)菌中的誘動(dòng)轉(zhuǎn)移報(bào)道；
課時(shí)41：整合性接合元件的接合轉(zhuǎn)移和誘動(dòng)機(jī)制
（1）ICE生宛、IME和CIME的介紹县昂；
（2）ICE和IME的整合方式；
（3）T4SS-type ICE的接合轉(zhuǎn)移機(jī)制陷舅；
（4）IME的誘動(dòng)轉(zhuǎn)移機(jī)制倒彰；
（5）ICE-IME的協(xié)同轉(zhuǎn)移結(jié)果；
（6）CIME的整合及轉(zhuǎn)移方式莱睁；
課時(shí)42：微生物可移動(dòng)遺傳元件的研究思路
（1）可移動(dòng)遺傳元件的一般研究思路待讳；
（2）可移動(dòng)遺傳元件的轉(zhuǎn)移機(jī)制研究；
（3）可移動(dòng)遺傳元件的進(jìn)化分析仰剿；
（4）可移動(dòng)遺傳元件分析需要注意的問(wèn)題创淡；
課時(shí)43：接合性質(zhì)粒的預(yù)測(cè)方法及實(shí)戰(zhàn)
（1）質(zhì)粒及ICE接合性的預(yù)測(cè)網(wǎng)站；
（2）oriTfinder使用教程南吮；
（3）oriTfinder預(yù)測(cè)結(jié)果解讀琳彩；
（4）oriDB數(shù)據(jù)庫(kù)介紹；
（5）oriTfinder應(yīng)用實(shí)例部凑；
課時(shí)44：基因組島預(yù)測(cè)方法及實(shí)戰(zhàn)
（1）基因組島的預(yù)測(cè)方法露乏；
（2）Islandviewer使用教程；
（3）Islandviewer預(yù)測(cè)結(jié)果解讀涂邀；
課時(shí)45：整合性接合元件預(yù)測(cè)方法及實(shí)戰(zhàn)
（1）整合性接合元件的預(yù)測(cè)方法瘟仿；
（2）ICEberg的基本情況；
（3）ICEO的介紹比勉；
（4）ICEfinder使用教程猾骡；
（5）ICEfinder預(yù)測(cè)結(jié)果解讀；
課時(shí)46：前噬菌體預(yù)測(cè)方法及實(shí)戰(zhàn)
（1）前噬菌體的預(yù)測(cè)方法敷搪；
（2）PHASTER使用教程；
（3）PHASTER預(yù)測(cè)結(jié)果解讀幢哨；
課時(shí)47：CRISPR-Cas系統(tǒng)預(yù)測(cè)
（1）CRISPR-Cas系統(tǒng)分類赡勘；
（2）CRISPR-Cas常用分析軟件；
（3）CRISPR-CasFinder工作原理捞镰；
（4）CRISPR-CasFinder本地版安裝闸与、使用及結(jié)果解讀毙替；
課時(shí)48：插入序列與轉(zhuǎn)座子預(yù)測(cè)方法及實(shí)戰(zhàn)
（1）ISfinder軟件介紹；
（2）ISfinder使用指南践樱；
（3）MGEfinder軟件介紹厂画；
（4）MGEfinder使用指南；
課時(shí)49：整合子（Integron）預(yù)測(cè)
（1）Integron Finder軟件介紹拷邢；
（2）Integron Finder網(wǎng)站在線操作袱院；
（3）Integron Finder本地版安裝及使用；
（4）Integron Finder結(jié)果解讀瞭稼。
