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GSCA（Gene Set Cancer Analysis）是一個(gè)涵蓋單基因分析、多基因分析、免疫浸潤分析、突變分析以及藥物敏感性分析的交叉式綜合性癌癥分析數(shù)據(jù)庫篡殷，其中包含了涵蓋了來自TCGA和GDSC的33種不同類型的癌癥數(shù)據(jù)。除此之外埋涧，該網(wǎng)站還將基因數(shù)據(jù)與臨床信息和750多種小分子藥物密切結(jié)合板辽，這為挖掘候選生物標(biāo)志物和有潛在價(jià)值的小分子藥物提供了重要支持，有助于更好地設(shè)計(jì)實(shí)驗(yàn)并為進(jìn)一步的臨床試驗(yàn)提供指導(dǎo)棘催。

數(shù)據(jù)庫介紹：

鏈接：http://bioinfo.life.hust.edu.cn/GSCA/#/

進(jìn)入網(wǎng)站首頁我們可以看到GSCA數(shù)據(jù)庫主要分為四個(gè)模塊劲弦，包括?基因表達(dá)模塊、?免疫模塊醇坝、?突變模塊和?藥物敏感性模塊邑跪。

一：表達(dá)模塊

在表達(dá)模塊中，我們提供了單基因分析和多基因/基因家族分析兩種選擇。

以下是多基因分析的操作步驟示例：

1點(diǎn)擊Expression模塊画畅。

2輸入您希望分析的基因集砸琅，例如“PCTP，PODXL轴踱，PPY症脂，PTGS2，RCAN1淫僻，SLC4A7诱篷，THBD”。

3選擇您感興趣的癌癥類型雳灵，可以是一個(gè)或多個(gè)棕所，例如“LUAD，LUSC细办，KIRC橙凳，KIRP”蕾殴。

4選擇適用的分析類型笑撞。

5點(diǎn)擊“submit”以獲得分析結(jié)果。

1 基因表達(dá)差異

氣泡圖展示了腫瘤組織與癌旁組織之間基因集的表達(dá)差異钓觉。氣泡的顏色變化代表腫瘤組織與正常組織之間基因表達(dá)倍數(shù)的變化茴肥。分析結(jié)果以FC> 2和顯著FDR<0.05為過濾條件，氣泡的大小表示FDR值大小荡灾。

點(diǎn)擊左側(cè)表格中癌癥名稱如圖中“BLCA”瓤狐，會(huì)展示出該基因在這種癌癥中的差異表達(dá)柱狀圖。

點(diǎn)擊左側(cè)表格中某個(gè)基因的名稱批幌，會(huì)展示出該基因在33種癌癥中的差異表達(dá)情況础锐。

點(diǎn)擊GSEA score,看一看到所選癌癥中基因集合的富集分?jǐn)?shù)匯總

二、免疫模塊

在免疫模塊中荧缘，我們探索免疫細(xì)胞浸潤與基因組特征之間的相關(guān)性皆警，包括：mRNA表達(dá)、SNV截粗、CNV和甲基化信姓。

1 基因表達(dá)與免疫浸潤的相關(guān)性

通過單擊表格中的任意基因按鈕，可以得到單個(gè)基因與免疫細(xì)胞相關(guān)性的散點(diǎn)圖绸罗。

我們不僅能夠觀察mRNA表達(dá)與免疫細(xì)胞之間的相關(guān)性意推，同時(shí)也能夠探究SNV、CNV珊蟀、甲基化等與免疫相關(guān)的情況菊值，其操作方法與前述相同。

三、突變模塊

在該模塊中腻窒，我們可以分析基因集在不同癌癥中的突變情況略步，此外我們還可以分析基因突變與患者預(yù)后和基因表達(dá)量的相關(guān)性。

1 SNV(單核苷酸變異)

熱圖向我們展示了基因集在不同癌癥中的SNV頻率定页。

通過單擊左側(cè)結(jié)果列表中的某個(gè)基因按鈕趟薄，可以顯示基因突變具體位點(diǎn)，類型和數(shù)量典徊。

還可以展示基因水平的變異數(shù)量和類型以及TI和TV突變?cè)敿?xì)信息杭煎。

2 單基因SNV與生存

該模塊提供了基因突變型和野生型患者的預(yù)后情況。氣泡顏色越紅代表風(fēng)險(xiǎn)越高卒落，氣泡的大小代表統(tǒng)計(jì)顯著性的大小羡铲。被黑色輪廓線圈起的點(diǎn)表示FDR<0.05。

點(diǎn)擊結(jié)果列表中的任意基因按鈕儡毕，可以得到該基因野生型和突變型的Kaplan-Meier生存曲線也切。

四、藥物模塊

在藥物這個(gè)模塊中腰湾，我們可以研究mRNA表達(dá)與藥物IC50之間的相關(guān)性雷恃。主要研究的藥物數(shù)據(jù)庫有兩個(gè)GDSC和CTRP。

氣泡圖呈現(xiàn)了基因表達(dá)與藥物敏感性之間的關(guān)聯(lián)费坊。氣泡的顏色代表mRNA表達(dá)與IC50之間的相關(guān)性倒槐，而氣泡的大小與FDR顯著性呈正相關(guān)。被黑色輪廓線圈起的點(diǎn)表示FDR值小于0.05附井。

END

GSCA是一個(gè)功能豐富的綜合性癌癥分析數(shù)據(jù)庫讨越，即使對(duì)編程不太熟悉的人也能輕松獲得高水平的科研成果。它是進(jìn)行泛癌分析的最佳工具之一永毅。泛癌分析涉及大量數(shù)據(jù)把跨，需要耗費(fèi)大量時(shí)間和精力，而且容易出現(xiàn)錯(cuò)誤沼死。使用GSCA數(shù)據(jù)庫能夠快速生成圖表着逐，無需反復(fù)整理復(fù)雜的數(shù)據(jù)，只需輕點(diǎn)鼠標(biāo)漫雕，即可瞬間生成圖表滨嘱。

同時(shí)GSCA也是基因集/基因家族分析的超強(qiáng)工具，不僅可以做表達(dá)分析和預(yù)后分析浸间，還可以做免疫太雨、突變和藥物敏感性分析。簡直是科研人員必備的神器哇魁蒜！

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