原文： doi: http://dx.doi.org/10.1101/140848.
標(biāo)題：Single-cell RNA-seq of rheumatoid arthritis synovial tissue using low cost microfluidic instrumentation
摘要：通過采用 Droplet-based single cell RNA-seq 實驗技術(shù)方法，找到了在疾病組織里細(xì)胞的非均質(zhì)性。他們主要強調(diào)的是這個droplet microfluidic techniques。加入了3D打印技術(shù)中符，RNA-seq技術(shù)和droplet技術(shù)來研究臨床環(huán)境的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組水平祟峦。樣品是一位類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎患者的分解開的滑液腔關(guān)節(jié)步做。他們總共測序了8716個單細(xì)胞，細(xì)胞來自于滑膜接觸手術(shù)跷睦。通過分析找到了轉(zhuǎn)錄組水平上不同的16個分組clusters功炮。分組中包含了一些自身免疫相關(guān)的東西 （T and NK subset）。另外术唬，找到了fibroblast（纖維細(xì)胞）亞群薪伏，被劃分出來，通過THY1（CD90）和CD55的表達(dá)粗仓。近一步的實驗表示嫁怀，這些滑膜纖維細(xì)胞分別屬于synovial intimal lining滑膜內(nèi)腔襯里和synovial subintimal lining滑膜內(nèi)腔襯里设捐。 他們依然強調(diào)的是這個技術(shù)的可應(yīng)用性質(zhì)。
介紹：人類的組織功能是依靠不同細(xì)胞的高度有秩序的排列和關(guān)聯(lián)塘淑，然而疾病狀態(tài)下在細(xì)胞的均質(zhì)性上就出現(xiàn)了混亂（perturbation）萝招，組織里面的細(xì)胞發(fā)生了形態(tài)和流通上的改變。所以研究和定義出病理組織細(xì)胞亞態(tài)存捺，就會給我們跟多的有關(guān)病因和治療上的理解槐沼。
技術(shù)上，優(yōu)勢捌治，自動化automation岗钩， 微流體microfluidics，可以給單細(xì)胞加barcod⌒び停現(xiàn)在主要的單細(xì)胞測序可以達(dá)到104-105個單細(xì)胞兼吓，適合臨床上研究一些組織。
RA是常見的自身性免疫疾采埂（1%）视搏。RA影響關(guān)節(jié)內(nèi)襯lining of the joint和滑膜synovial membrane，導(dǎo)致疼痛炎癥painful inflammation县袱，增生畸形hyperplasia浑娜， 關(guān)節(jié)損傷joint destruction。在臨床上显拳，RA除了有軟骨和骨頭腐蝕的特點外還有產(chǎn)生自身抗體autoantibody production棚愤。 關(guān)節(jié)滑膜和其他組織的膜，只有一個epithelial layer杂数， 關(guān)節(jié)滑膜會有有2-3細(xì)胞厚度的對齊排列的纖維細(xì)胞和巨噬細(xì)胞宛畦。在RA里關(guān)節(jié)內(nèi)襯會增厚到10-20個細(xì)胞厚度。而且纖維細(xì)胞很有侵入性synovial fibroblasts assume an aggressive phenotype揍移，很代表性的是它會產(chǎn)生一些細(xì)胞因子cytokines次和，趨化因子chemokines，細(xì)胞外基質(zhì)的改變的因子extracellular matrix
remodeling factors那伐。最終導(dǎo)致里踏施，大量的積累淋巴球lymphocytes，巨噬細(xì)胞macrophages罕邀，樹枝狀細(xì)胞（包含在滑膜半襯纖維細(xì)胞里）dendritic cells amidst the subintimal synovial fibroblasts畅形。先前的研究揭露了uncovered滑膜纖維細(xì)胞形態(tài)和表型上出現(xiàn)的異質(zhì)性，觀察到了它的活躍性和侵襲性的行為诉探。原位雜交分析（situ hybridization ）發(fā)現(xiàn)了non-uniform activation of inflammatory drivers and matrix metalloproteinases日熬。
