（一）pindel安裝
1)安裝htslib:git clonehttps://github.com/samtools/htslib
https://github.com/genome/pindel
主要參考github上的安裝教程
（二）delly安裝
git clone --recursive https://github.com/dellytools/delly.git
cd delly/
make all
（三）GATK安裝
1）到GATK的官網(wǎng)上注冊及下載安裝包
2）安裝最新的jdk
下載jdk:http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/jdk8-downloads-2133151.html
解壓到自己的文件夾中：tar zxvf jdk-8u91-linux-x64.tar.gz
切換到自己的根目錄下撞叨，用cd ~
編輯 gedit .bashrc
在文本最后輸入下面三行：
JAVA_HOME=/home/lsw/java/jdk1.8.0_91
export PATH=$JAVA_HOME/bin:$PATH
export CLASSPATH=.:$JAVA_HOME/lib/dt.jar:$JVA_HOME/lib/tools.jar
保存文件
source.bashrc董朝，就可以使用了似舵。
檢查安裝情況：java -version
tips：若此時java version顯示的時openjdk或不是當(dāng)前安裝的jdk版本時須做如下操作：
①由于Ubuntu中可能會有默認(rèn)的jdk，如openjdk劣坊。假如有openjdk的話，所以拍鲤，為了使默認(rèn)使用的是我們安裝的jdk澄干，還要進(jìn)行如下工作（可以使用該命令安裝其他命令，例如eclipse）跷跪。
執(zhí)行代碼:
sudo?update-alternatives?--install?/usr/bin/java?java ?/opt/jdk1.7.0_25/bin/java?300
sudo?update-alternatives?--install?/usr/bin/javac?javac ?/opt/jdk1.7.0_25/bin/javac?300
通過這一步將我們安裝的jdk加入java選擇單亥鬓。
②然后執(zhí)行代碼:
sudo?update-alternatives?--config?java
sudo?update-alternatives?--config?javac
3）將下載的GATK的*.tar.bz2的文檔在linux下解壓，用tar jxvfGenomeAnalysisTK-3.7.tar.bz2
會在當(dāng)前路徑下產(chǎn)生一個GenomeAnalysisTK.jar 和resources的文件夾域庇。
測試方法，在resources文件夾下覆积，利用example數(shù)據(jù)來測試听皿，輸入下面的命令來，count reads
java -jar /home/lsw/xijiaoda/GATK/GenomeAnalysisTK.jar -T CountReads -R exampleFASTA.fasta -I exampleBAM.bam
（注：-T：使用的工具的名稱宽档；-R：參考序列文件尉姨；-I：輸入文件）
或 java -jar --help 查看結(jié)果，若能出現(xiàn)GATK的help文檔吗冤，則表示安裝成功又厉。
