注意bam文件是按照染色體名稱來排序的bam文件即
命令:
samtools sort -@ 4 -o crWT-1_val_1_bismark_bt2_pe_Psorted.bam crWT-1_val_1_bismark_bt2_pe.bam
qualimap --java-mem-size=35G bamqc -bam crWT-1_val_1_bismark_bt2_pe_Psorted.bam
最后生成的html報告文件參考健明上傳的即可
report
注意bam文件是按照染色體名稱來排序的bam文件即
命令:
samtools sort -@ 4 -o crWT-1_val_1_bismark_bt2_pe_Psorted.bam crWT-1_val_1_bismark_bt2_pe.bam
qualimap --java-mem-size=35G bamqc -bam crWT-1_val_1_bismark_bt2_pe_Psorted.bam
最后生成的html報告文件參考健明上傳的即可
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