題目：Identification of tumor antigens and immune subtypes of pancreatic adenocarcinoma for mRNA vaccine development（PMID:33648511）
胰腺癌mRNA疫苗和免疫分型
免疫分型表明腫瘤本身及腫瘤微環(huán)境的免疫狀態(tài)呼股，對(duì)腫瘤的治療反應(yīng)、免疫接種的潛力密切相關(guān)娄昆。
目的
- 鑒定胰腺癌中具有mRNA疫苗潛能的基因
- 對(duì)胰腺癌進(jìn)行免疫分型，順便找到能對(duì)mRNA疫苗有效的亞型患者抛杨。
整體思路
結(jié)果
1. mRNA疫苗潛在基因
在TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)中驼抹，
（1）根據(jù)|log2FC|>1&q values<0.01共獲得了2459個(gè)過表達(dá)的基因；
（2）根據(jù)cBioprotal數(shù)據(jù)庫(kù)咕幻，獲得8850個(gè)突變基因丈甸；
（3）過表達(dá)基因和突變基因取交集糯俗，做預(yù)后分析，得到926個(gè)過表達(dá)且突變的基因睦擂，其中21個(gè)與OS相關(guān)得湘，這21個(gè)中7個(gè)和RFS相關(guān)。
（4）上述7個(gè)基因中顿仇，有1個(gè)跟較好的預(yù)后有關(guān)淘正，予以排除，剩余6個(gè)候選基因臼闻，在TIMER中分析6個(gè)基因與免疫細(xì)胞浸潤(rùn)的關(guān)系鸿吆。
2. 胰腺癌免疫分型
mRNA疫苗不是對(duì)所有的患者都有效，因此篩選可能對(duì)mRNA疫苗有反應(yīng)的患者進(jìn)行治療非常有必要述呐，而免疫分型能夠很好的反應(yīng)患者可能的治療反應(yīng)惩淳。
（1）基于1997個(gè)免疫基因，采用一致性聚類方法乓搬，將ICGC的胰腺癌病人分為5個(gè)亞型思犁。
2.1 臨床特征與免疫亞型
5個(gè)不同的亞型的預(yù)后差異具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義，且跟臨床stage和grade密切相關(guān)（Fig 4）缤谎，在TCGA總可以得出同樣的結(jié)論。
2.2 突變狀態(tài)與免疫亞型
免疫亞型4和5的腫瘤負(fù)荷突變（TMB）,突變基因數(shù)褐着，總體突變情況都有顯著差異坷澡。
2.3 免疫調(diào)節(jié)因子與免疫亞型
免疫檢查點(diǎn)（ICPs）和免疫原性細(xì)胞死亡（ICD）在腫瘤免疫中作用非常重要，分析結(jié)果表明免疫分型可以反映ICPs和ICD的表達(dá)水平含蓉，可以作為mRNA疫苗的潛在治療的生物標(biāo)志物频敛。
2.4 生物標(biāo)記物與免疫亞型
CA125和CA199是胰腺癌的預(yù)后和診斷依據(jù)，免疫亞型與這兩個(gè)生物標(biāo)志物比較在預(yù)測(cè)預(yù)后方面有很大優(yōu)勢(shì)馅扣。
2.5 免疫細(xì)胞浸潤(rùn)與免疫亞型
對(duì)mRNA疫苗的反應(yīng)取決于腫瘤的免疫狀態(tài)斟赚，
（1）ssGSEA分析得到的28中免疫免疫細(xì)胞浸潤(rùn)，可以很好的評(píng)價(jià)免疫亞型的免疫情況差油。
（2）免疫亞型結(jié)果與C1-C6免疫亞型對(duì)比
2.6 細(xì)胞軌跡分析（沒看懂￣□￣｜｜）
根據(jù)胰腺癌患者免疫基因的表達(dá)譜拗军，構(gòu)建免疫浸潤(rùn)細(xì)胞軌跡任洞。
3. WGCNA確定核心免疫基因
根據(jù)差異分析、基因突變和預(yù)后確定了6個(gè)候選基因发侵，那么基因本身很重要的也應(yīng)該考慮在內(nèi)交掏，采用WGCNA找出核心基因。（個(gè)人感覺此處有湊數(shù)據(jù)的嫌疑）
結(jié)論
（1）ADAM9刃鳄，EFNB2盅弛，MET，TMOD3叔锐，TPX2和WNT7A是mRNA疫苗的候選基因
（2）免疫分型4和5適合mRNA疫苗接種
收獲
（1）免疫分型的周邊分析挪鹏，結(jié)合臨床特征、突變狀態(tài)愉烙，調(diào)節(jié)因子讨盒，免疫細(xì)胞浸潤(rùn)值得借鑒。
（2）免疫細(xì)胞浸潤(rùn)譜系分析齿梁，新的知識(shí)點(diǎn)催植，加強(qiáng)學(xué)習(xí)！
號(hào)外：經(jīng)朋友推薦勺择，竟然幾乎在同一時(shí)間有兩篇一樣套路的文章创南，驚為天人！有圖為證
參考文獻(xiàn)：
Identification of tumor antigens and immune subtypes of pancreatic adenocarcinoma for mRNA vaccine development
Identification of tumor antigens and immune subtypes of cholangiocarcinoma for mRNA vaccine development
