遺傳相關(guān)的計(jì)算之前介紹過幾次了耘分，感興趣的翻之前的推文：
1即供、利用GCTA工具計(jì)算復(fù)雜性狀/特征（Complex Trait）的遺傳相關(guān)性（genetic correlation）
2叼屠、LD SCore計(jì)算基因多效性拓挥、遺傳度聪姿、遺傳相關(guān)性
之前的兩篇推文均有一個小局限撑瞧，就是針對多個表型間的遺傳相關(guān)性計(jì)算沒有介紹棵譬。
因此，本次推文是作為一個補(bǔ)充预伺。
一订咸、LDSC
對于LDSC，多表型間的遺傳相關(guān)性計(jì)算很簡單扭屁，假設(shè)存在trait1算谈、trait2、trait3料滥、trait4四個表型然眼，其對應(yīng)的sumstats格式文件為：
trait1.sumstats.gz,trait2.sumstats.gz,trait3.sumstats.gz,trait4.sumstats.gz。
（sumstats格式文件不了解葵腹？見推文LD SCore計(jì)算基因多效性高每、遺傳度、遺傳相關(guān)性）
現(xiàn)在想要計(jì)算trait1践宴、trait2鲸匿、trait3、trait4四個表型兩兩之間的遺傳相關(guān)性阻肩，則直接輸入命令：
for i in $(seq 0 4); do
echo $i
nohup ldsc.py --rg trait${i%}.sumstats.gz,trait1.sumstats.gz,trait2.sumstats.gz,trait3.sumstats.gz,trait4.sumstats.gz --ref-ld-chr chr/ --w-ld-chr chr/ --out --out trait${i%}linearcorr &
done
二带欢、GCTA
GCTA一次只能計(jì)算某個表型（例如trait1）與其他所有表型（例如trait2、trait3烤惊、trait4）的遺傳相關(guān)性乔煞。
pheno.txt文件的格式如下所示：
先計(jì)算trait1與trait2、trait3柒室、trait4的遺傳相關(guān)性：
for i in $(seq 1 4); do
echo $i
nohup gcta64 --reml-bivar 1 $i --reml-bivar-nocove --grm test --pheno pheno.txt --reml-bivar-lrt-rg 0 --out trait1_${i%} &
done
--reml-bivar 1 $i #1指的是pheno.txt文件的第一個表型trait1渡贾。
(seq 1 4) `），分別執(zhí)行的內(nèi)容是計(jì)算trait1和pheno.txt文件的第一個表型（trait1）的遺傳相關(guān)性雄右、trait1和pheno.txt文件的第二個表型（trait2）的遺傳相關(guān)性空骚、trait1和trait3的遺傳相關(guān)性纺讲，trait1和trait4的遺傳相關(guān)性。
--grm test見推文利用GCTA工具計(jì)算復(fù)雜性狀/特征（Complex Trait）的遺傳相關(guān)性（genetic correlation）
計(jì)算trait2與trait1囤屹、trait3熬甚、trait4的遺傳相關(guān)性：
for i in $(seq 1 4); do
echo $i
nohup gcta64 --reml-bivar 2 $i --reml-bivar-nocove --grm test --pheno pheno.txt --reml-bivar-lrt-rg 0 --out trait2_${i%} &
done
其他的以此類推。
其實(shí)也可以在for里面再套一個for循環(huán)牺丙，這樣就能一次性計(jì)算完所有的表型間的遺傳相關(guān)性则涯。
