????這期內(nèi)容承接之前分子對接第二彈的內(nèi)容件相，主要給大家介紹一下如何使用Autodock Vina方式實現(xiàn)分子對接慰于。
????AutodDock Vina是一款由MGL實驗室開發(fā)的分子對接軟件衬衬《砭總體而言狱从，AutoDock操作較為繁瑣膨蛮，對于運行環(huán)境要求也極為嚴格，而AutoDock Vina操作較為簡便季研，相比于AutoDock而言敞葛，其結(jié)合模式預(yù)測的平均準確度也更高，所以編者推薦使用AutoDock Vina与涡。下面我們就看一下基于AutoDock Vina軟件實現(xiàn)的分子對接具體流程是什么吧惹谐？
(視頻教程會在
等平臺同步更新)
軟件需求
????AutoDock Vina對接需要安裝的軟件主要有兩個，大家自行下載安裝即可驼卖，也可后臺私信小編獲劝奔 ：
MGLTools（https://ccsb.scripps.edu/mgltools/）；
AutoDock Vina（https://vina.scripps.edu/downloads/）酌畜；
對接前準備
????在一個純英文路徑下新建一個文件夾怎囚，并將如下文件復(fù)制到文件夾中：
1）AutoDock Vina軟件安裝路徑下的vina.exe、vina_license.rtf及vina_split.exe檩奠；
2）MGLTools軟件安裝路徑下的adt.bat桩了；
3）需要對接的receptor與ligand對應(yīng)的pdb文件附帽。
（注：上述文件最好放置在同一純英文路徑下，方便后續(xù)操作）井誉。
受體與配體的處理
1蕉扮、受體處理：
????與此前基于Autodock方式實現(xiàn)分子對接時處理受體方法類似，需要雙擊adt.bat文件打開AutodockTools并對工作目錄進行設(shè)置（參照此前第二彈AutoDock對接教程中的內(nèi)容）颗圣，然后對受體進行去水喳钟、加氫、計算電荷等操作在岂。主要有兩種方式可對受體進行對接前的預(yù)處理：1）系統(tǒng)默認處理：點擊Grid奔则，直接在macromolecule中打開受體的PDB文件，然后默認路徑保存為pdbqt格式即可蔽午；2）手動處理：通過File→Read Molecular打開受體分子易茬，然后分別對其進行去水（edit→delete water）、加極性氫（Edit→Hydrogens→Add→Polar Only→OK）及老、計算電荷（edit→Charges→Compute Gasteiger→確定）等操作抽莱，然后將蛋白分子選擇為受體并保存受體為pdbqt格式（點擊Grid→Macromolecule→Choose→選擇受體→Select Molecule→確定→保存（默認路徑））。
2骄恶、配體處理：
????同樣有兩種處理方式：1）系統(tǒng)默認處理：點擊Ligand食铐，Input→Open→選擇配體文件的pdb文件，依次點擊Torsion Tree→Detect Root僧鲁，Torsion Tree→Choose Torsions→Done虐呻，點擊ligand→Output→Save a PDBQT→保存；2）手動處理：打開配體pdb文件寞秃，并加全氫（已加可不要此操作）斟叼、計算電荷，然后點擊Ligand選項蜕该，點擊Input→Choose→選擇配體文件→確定犁柜，確定配體的可旋轉(zhuǎn)鍵，操作為：點擊Ligand堂淡，依次點擊Torsion Tree→Detect Root馋缅，Torsion Tree→Choose Torsions→Done，點擊ligand→Output→Save a PDBQT→保存绢淀。
剛性對接
????所謂的剛性對接其實就是指在對接的過程中讓受體與配體的構(gòu)象不發(fā)生變化萤悴，具體操作如下：
1、進入工作目錄：
????鍵盤中同時按住Win+R皆的，彈出窗口中輸入cmd覆履，進入電腦命令窗口，然后進入到受體、配體及Vina相關(guān)軟件所在的工作目錄（輸入cd+路徑硝全，跨盤可能有時無反應(yīng)栖雾，需要先進入到指定盤根目錄下再使用cd+路徑命令），之后將vina.exe直接拖入到命令窗口伟众。
2析藕、受體活性位點的確定：
????如果對接目標為已知活性位點的受體分子，此時只需通過ViewerPro Trial凳厢、Discovery Studio账胧、pymol等軟件在受體活性位點中確定一個中心坐標即可。以ViewerPro Trial軟件為例先紫，在該軟件中打開受體的pdb文件治泥，然后打開其層級結(jié)構(gòu)窗口以展示具體氨基酸，鼠標左擊選中活性位點中一個原子遮精，然后右擊該原子打開Label窗口居夹，在Attribute選項中選擇XYZ，點擊確定后即可展示該原子坐標仑鸥，以該原子坐標作為后續(xù)建立BOX的中心坐標即可（非固定吮播，只需該坐標在活性位點中即可）（也可通過Autodock軟件中的Grid Box功能進行檢驗確立Box是否合適）。如果對接目標為未知活性位點的受體分子眼俊，使用同樣方法在該受體中間位置確定一個坐標即可。
3粟关、寫入?yún)?shù)并運行：
????在拖入vina.exe后疮胖，可以通過--help命令查看該軟件中的命令。運行對接只需按空格后依次輸入下列命令：--receptor（受體文件名）.pdbqt --ligand （配體文件名）.pdbqt --center_x 22.7 --center_y -24.7 --center_z -4.3 --size_x 30 --size_y 30 --size_z 30（center后跟的分別為此前確定的活性位點中心坐標闷板，size命令控制以該中心坐標建立盒子的長寬高澎灸。注意：命令之間通過空格隔開），然后點擊回車就會看到如下窗口遮晚，意味著電腦已經(jīng)開始運算性昭。（也可設(shè)置種子使得結(jié)果可重復(fù)）
上述命令也可以直接寫入TXT文本，直接通過--config 文件名.txt直接調(diào)用县遣。
（結(jié)果中的affinity是指結(jié)合能糜颠，rmsd則是構(gòu)想的均方根偏差）
4、結(jié)果查看：
????運行完成后會在工作目錄下輸出一個pdbqt格式的結(jié)果文件萧求，在PMV（安裝AutoDock軟件時附帶的一個軟件其兴，在AutoDock中打開效果一致）中打開受體的pdbqt文件，然后打開同一目錄下生成的結(jié)果文件（pdbqt）夸政，由于結(jié)果文件包含多個結(jié)果元旬，打開時會彈出一個窗口，選擇Conformations及Yes即可，打開后匀归，可通過鍵盤中的左右鍵查看所有結(jié)果坑资，一般按左鍵直到不在變化即為結(jié)合能最小結(jié)果，即對接結(jié)果最優(yōu)穆端。如果需要其他軟件查看結(jié)果袱贮，可通過PMY將配體文件轉(zhuǎn)化為PDB文件后，和受體一同在其他軟件打開即可徙赢。
半柔性對接
????所謂的半柔性對接是指在對接過程中字柠，研究體系尤其是配體的構(gòu)象允許在一定的范圍內(nèi)變化；半柔性對接與剛性對接相比狡赐，配體處理方式一樣窑业，受體處理方式有所變化。
1枕屉、活性位點附近柔性可變氨基酸的確定：
????通過ViewerPro打開之前已經(jīng)對接的結(jié)果（保證配體與受體在同一窗口）常柄，單獨選中配體，然后點擊edit→select搀擂，選中Type與Radius西潘，Type中選擇AminoAcid，Radius輸入半徑哨颂，一般為0.5nm（此軟件單位為?）喷市，然后點擊select即可選中配體周圍0.5nm范圍內(nèi)的氨基酸，將其復(fù)制到新的窗口即可威恼，然后點擊window下的New Data Table品姓，打開后點擊AminoAcid即看到氨基酸。
2箫措、柔性區(qū)氨基酸的處理
????在Autodock軟件中腹备，通過Flexible Residues選項中的input，打開之前剛性對接處理后的pdbqt文件斤蔓，然后在左邊窗口中選中之前已經(jīng)找出的所有活性位點附近的氨基酸植酥，然后通過Flexible Residues選項中Choose Torsions in Currently Selected Residues，此時會將選中的氨基酸單獨提取出來弦牡，然后通過Flexible Residues選項中的Output里的Save Flexible PDBQT將其保存為柔性部分即可友驮，然后點擊Select中的Invert Select反選，將剩余部分通過Flexible Residues選項中的Output里的Save Rigid PDBQT將其保存為剛性即可（手動輸入名稱及后綴）喇伯。
3喊儡、進入工作目錄：
????按住Win+R，輸入cmd稻据，進入電腦命令窗口艾猜，然后進入到受體买喧、配體及Vina相關(guān)軟件所在的工作目錄，并將vina.exe直接拖入到命令窗口匆赃。
4淤毛、寫入?yún)?shù)并運行：
????在拖入的vina.exe后，按空格后依次輸入下列命令：--receptor （剛性受體文件名）.pdbqt --flex （柔性部分受體文件名）.pdbqt --ligand （配體文件名）.pdbqt --center_x 22.7 --center_y -24.7 --center_z -4.3 --size_x 30 --size_y 30 --size_z 30（注意：命令之間通過空格隔開）算柳，然后點擊回車就會看到運行窗口（運算時間較長）低淡。上述命令也可以直接寫入TXT文本，直接通過--config 文件名.txt直接調(diào)用瞬项。（中心坐標可以通過ViewerPro Trial確定蔗蹋，盒子大小一般默認30×30×30，可根據(jù)實際情況進行調(diào)整）
5囱淋、結(jié)果查看：
????在PMV中打開剛性部分受體的pdbqt文件猪杭，然后打開同一目錄下生成的結(jié)果文件（pdbqt），由于結(jié)果文件包含多個結(jié)果妥衣，打開時會彈出一個窗口皂吮，選擇Conformations及Yes即可，打開后税手，可通過左右鍵查看所有結(jié)果蜂筹，一般按左鍵直到不在變化及結(jié)合能最小，即對接結(jié)果最優(yōu)芦倒。如果需要其他軟件查看結(jié)果艺挪，可通過PMY將配體文件轉(zhuǎn)化為PDB文件后，和受體一同在其他軟件打開即可兵扬。
