1蛋白的pdbqt準備

包括加氫积蔚、計算電荷可免、添加原子類型
打開AutoDockTools浮入，菜單欄File->Read Molecule,選擇蛋白的pdb文件龙优，點擊打開。

pdbqt是AutoDock 特定的坐標文件格式事秀。

1.1加氫：

菜單欄Edit->Hydrogens->Add彤断，選擇All Hydrogens或Polar Only，點擊OK易迹。

1.2計算電荷：

菜單欄Edit->Charges->Compute Gasteiger瓦糟，點擊確定。

1.3給蛋白添加原子類型：

菜單欄Edit->Atoms->Assign AD4 type赴蝇。

1.4導出為PDBQT文件：

菜單欄File->Save->Write PDBQT，點擊OK巢掺，此時可在工作目錄下看到多了一個pdbqt文件句伶。

2.小分子的pdbqt準備

Edit->Delete->Delete Molecule，刪除蛋白

2.1打開小分子陆淀，查看電荷

通過ADT菜單欄Ligand->Input->Open考余，選擇小分子結構文件（pdb或mol2），點擊打開轧苫，彈出的對話框楚堤，點擊‘確定’

剛才這個對話框里面有個提示，就是小分子的總電荷數不是整數含懊，所以要調整下身冬。

菜單欄Edit->Charges->Check Totals on Residues”，彈出對話框岔乔，點擊Spread Charge Deficit over all atoms in residue酥筝，使電荷均勻分配，然后點擊“Dismiss”

2.2判定配體的root

ADT菜單欄：Ligand->Torsion Tree->Detect Root

2.3 選擇配體可扭轉的鍵

Ligand->Torsion Tree->Choose Torsions雏门，彈出對話框嘿歌。
其中紅色表示不可旋轉的鍵，綠色表示可旋轉鍵茁影，紫色表示不可扭轉宙帝，通常為肽鍵，點擊“Done”募闲。如果要設置某個鍵不可扭轉步脓，那么先按住shift鍵，然后鼠標單擊即可（顏色變成紫色）。

2.4導出為PDBQT

ADT菜單欄Ligand->Output->Save as PDBQT沪编。

3 正式對接

3.1 Grid打開蛋白

Grid->Macromocule->Open呼盆，打開保存的蛋白的pdbqt文件。彈出的對話框蚁廓，點擊Yes及確定確定

3.2 Grid 打開小分子

Grid->Set Map Types->Open ligand
打開保存的小分子的pdbqt文件

3.3 設置GridBox

Grid->Grid Box访圃，出現Grid Options對話框。調整X,Y,Z及格子中心坐標相嵌。
設置完成后點擊Grid Options 菜單中：File->Close saving current （保存并關閉對話框）腿时。

3.4保存gpf文件

ADT菜單欄：Grid->Output->Save GPF，對話框中饭宾，輸入文件名批糟。注意：不要省略后綴名。

3.5 運行autogrid

Run->Run Autogrid看铆，Parameter Filename選擇剛才保存的gpf文件徽鼎，點擊Launch。默認輸出glg文件弹惦，運行完成后否淤，出現多個map文件。

4. 進行對接

4.1 Docking打開蛋白：

Docking->Macromocule->Set rigid Filename棠隐，選擇保存的蛋白的pdbqt文件

4.2 Docking打開小分子：

Docking->Ligand->Open石抡，選擇保存的小分子的pdbqt文件。對話框選擇Accept

4.3 Docking設置算法：

Docking->Search Parameters->Local Search Parameters助泽，Accept采用默認設置

注：選擇Local Search Parameters是為了快速計算啰扛，也可選Genetic Alogorithm，計算更精確一些嗡贺。如果這里算法改變隐解，對應導出參數文件OUTPUT時也應相應改變。

4.4 Docking設置對接參數：

Docking->Docking Parameters暑刃，選擇Accept采用默認設置

4.5 Docking導出為dpf對接參數文件：

Docking->Output->Local Search（4.2）厢漩，輸入文件名。注意：加上后綴名.dpf

4.6 進行對接

Run->Run AutoDock岩臣，Parameter Filename選擇剛才保存的dpf文件溜嗜，點擊Launch。

運行完成后架谎，多出一個dlg文件炸宵，這就是對接的最終結果，一般有50種對接方式谷扣。