主要是參考https://www.tinymind.net.cn/articles/64d36abc7fd091
首先我們拿到的是以下的材料
1. Blast比對(duì)
根據(jù)以下選擇blast
然后將豌豆的fasta文件自己和自己比對(duì)（一般Hits數(shù)最少選擇5個(gè)）
這個(gè)時(shí)間比較長(zhǎng)罪治，我電腦大概用了一個(gè)晚上
得到了以下文件，命名是自己命的脱衙，（額...豌豆的簡(jiǎn)寫(xiě)應(yīng)該是Ps的，我最開(kāi)始寫(xiě)的Pi鲫骗，這個(gè)問(wèn)題不大哈哈）
2. 獲得基因的位置信息
在搜索欄查找粘捎，然后點(diǎn)Text merge for MCScanx
將blast結(jié)果簡(jiǎn)化
3. 進(jìn)行自我比對(duì)
將tab文件和sim.gff文件放入quick run MCScanX Wrapper，設(shè)置好保存結(jié)果路徑
得到的結(jié)果如下
其中tandem用excel打開(kāi)矮瘟，電腦原因目前打不開(kāi)了庐扫，如果打開(kāi)饭望，進(jìn)行分列
方法參考https://baijiahao.baidu.com/s?id=1623642728105642204&wfr=spider&for=pc
選擇根據(jù)步驟逗號(hào)處打鉤
然后將第一列另存為存為txt格式
如下圖
獲得基因間關(guān)系的link文件，用Text merge for MCScanX
同理形庭，將link文件用excel打開(kāi)進(jìn)行分列铅辞，然后直接另存為txt
如圖
4. 可視化
基因組已經(jīng)組裝到染色體的，就不需要分析scaffold了萨醒，所以把原始gff文件scaffold的行刪除掉斟珊，只留下染色體，然后另存為Pisum_sativum_v1a_genes_del_scaffolfd.gff3（文件名）
用circle gene view進(jìn)行可視化
然后就會(huì)得到以下的圖
調(diào)整調(diào)整參數(shù) 顏色富纸，得到以下圖像
...
大致的步驟就是這樣囤踩，但是我們要看特定基因的共線(xiàn)性旨椒，那么只需要將circle gene view中的set input gene ID list改改成特定的gene文本就行
但是我們得到的gene list是這樣的，這個(gè)gene list就是要看這些特定基因的共線(xiàn)性
但是links文件中是這樣的
所以要處理以下gene的ID堵漱，將.1 .2等刪掉钩乍，并且只留一個(gè)，如Psat1g090040.1和Psat1g090040.3怔锌，變成Psat1g090040，并且只留一個(gè)Psat1g090040
后續(xù)處理就不在此做了
...
結(jié)束
