3#genome# 利用相似網(wǎng)絡(luò)對生物合成基因簇進(jìn)行分析可區(qū)分和預(yù)測天然產(chǎn)物的結(jié)構(gòu)變異

M?nnle D, McKinnie SMK, Mantri SS, et al (2020) Comparative Genomics and Metabolomics in the Genus Nocardia. mSystems 5:1–19. https://doi.org/10.1128/mSystems.00125-20

使用自動基因組分析工具,通常不清楚同源生物合成途徑中的遺傳變異與結(jié)構(gòu)變異的關(guān)系程度轧飞。這阻礙了菌株優(yōu)先度和化合物識別挥唠,并可能導(dǎo)致對化學(xué)多樣性的過度解讀烂完。評估了諾卡氏菌(Nocardia)的代謝潛力赂蕴。諾卡氏菌是一種未被充分研究的放線菌屬,已知包含機(jī)會性人類病原體唱捣。揭示了大量不同類別的假定生物合成基因簇咒林。使用nocobactin-like類鐵載體的高度保守生物合成途徑來研究基因簇差異如何與所產(chǎn)生化合物的結(jié)構(gòu)差異相關(guān)。BiG-SCAPE(生物合成基因相似性聚類和勘探引擎)生成的序列相似性網(wǎng)絡(luò)顯示了幾個不同的基因簇家族的存在爷光。利用高度嚴(yán)格的相似網(wǎng)絡(luò)對生物合成基因簇進(jìn)行大規(guī)模分析垫竞,可以區(qū)分和預(yù)測天然產(chǎn)物的結(jié)構(gòu)變化。


to what degree 程度
homologous 同源
prioritization 優(yōu)先次序
underinvestigated 缺乏研究
a plethora of 大量

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