轉(zhuǎn)錄組分析之韋恩圖

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介紹一款在線工具,用來繪制韋恩圖

1. 什么是韋恩圖裆针?

維基百科的簡(jiǎn)單介紹恬口,簡(jiǎn)單概括就是表現(xiàn)不同組事物之間的集合重疊部分的簡(jiǎn)單可視化呈現(xiàn)比伏。本來是數(shù)學(xué)分支集合論中的用來表示集合的草圖敞曹,在生物學(xué)中账月,很多時(shí)候我們都用來分析不同處理的轉(zhuǎn)錄組樣本,中共同上調(diào)或下調(diào)的重疊基因集合澳迫。

約翰·維恩是19世紀(jì)英國(guó)哲學(xué)家數(shù)學(xué)家局齿,他在1881年發(fā)明了文氏圖。文氏圖(英語:Venn diagram)橄登,或譯Venn圖项炼、溫氏圖担平、維恩圖范氏圖锭部、韋恩圖等,是在集合論數(shù)學(xué)分支中面褐,在不太嚴(yán)格的意義下用以表示集合的一種草圖拌禾。它們用于展示在不同的事物群組(集合)之間的數(shù)學(xué)邏輯聯(lián)系,尤其適合用來表示集合之間的“大致關(guān)系”展哭,它也常常被用來幫助推導(dǎo)(或理解推導(dǎo)過程)關(guān)于集合運(yùn)算(或類運(yùn)算)的一些規(guī)律湃窍。

植物不同器官的重疊基因

2. 如何繪制Venn diagram

目前來看,對(duì)于不會(huì)R語言的朋友來說匪傍,在線工具是最方便的您市。這里,我推薦一個(gè)在線網(wǎng)站:http://jvenn.toulouse.inra.fr/app/example.html 役衡。

  • 首先看一下整個(gè)網(wǎng)頁(yè)的內(nèi)容:


    jvenn
  • 其實(shí)只要簡(jiǎn)單復(fù)制和黏貼就可以繪制完成茵休,感覺任何人都可以哈,包括我自己手蝎。

  1. 將你需要繪制的基因ID組復(fù)制粘貼到list中榕莺,最多可以放6組,但是我覺得一般都不會(huì)放那么多棵介。


    兩組番茄的ID
  2. 速度很快钉鸯,你可以馬上看到結(jié)果。感覺還不錯(cuò)邮辽,而且你點(diǎn)擊右上角的三條杠唠雕,會(huì)出現(xiàn)下載的圖片格式,根據(jù)需要進(jìn)行下載吨述。


    集合結(jié)果
  3. 如果你需要知道岩睁,其中5個(gè)基因是哪些呢?當(dāng)然可以直接顯示锐极,你在數(shù)字5上單擊左鍵笙僚,將網(wǎng)頁(yè)拖到最下面,你可以看五個(gè)基因ID灵再。方便進(jìn)行進(jìn)一步的分析和研究肋层。


    共有的ID

到此,在線的韋恩圖繪制結(jié)束翎迁,是不是超級(jí)簡(jiǎn)單栋猖,當(dāng)我看到這樣的網(wǎng)站的時(shí)候,我也還是有些興奮的汪榔,因?yàn)椴辉趺磿?huì)用R語言蒲拉,對(duì)大多數(shù)人來說應(yīng)該是個(gè)福音。繼續(xù)探索各種方便作圖和分析的在線工具,不斷地分享雌团,幫助有需要的人同時(shí)也提高自己燃领,何樂而不為呢?
我想說:真得很慚愧锦援,已經(jīng)太久太久沒有記筆記猛蔽,去分享各種自己經(jīng)歷的困難和成功。太久灵寺,我都快忘記怎么使用markdown語法了曼库,今天終于抽空分享一點(diǎn)這兩天遇到的一些東西,想分享給大家略板。

3. 想做的事

8月份接下來的時(shí)間里毁枯,我想開始分享一些我經(jīng)常在用的一些網(wǎng)站,一些在線工具叮称。這是今天在寫這篇筆記的時(shí)候种玛,突然想到的事情,為什么不把自己常用的這些在線工具分享出來呢颅拦?不定期分享吧蒂誉,可能實(shí)在也沒有特別多的時(shí)間來寫,有空的時(shí)候就寫一點(diǎn)距帅。

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