一赏殃、 Hi-C
Hi-C(High-through chromosome conformation capture )技術源于染色體構象捕獲（Chromosome conformation caputre ,3C）技術践美，以整個細胞核為研究對象旺矾，利用高通量測序技術，結合生物信息分析方法粗合，研究全基因組范圍內整個染色質DNA在空間位置上的關系，通過對染色質內全部DNA相互作用模式進行捕獲，獲得高分辨率的染色質三維結構信息澜公。
通過Hi-C技術可以獲得全基因組范圍內的互作信息，得到染色體三個層級的三維結構（染色質領域Chromosome Territories）：A/B compaertment 喇肋、拓撲相關結構域（TAD）坟乾、染色質環(huán)（loop）。
A/B compartment(常染色質/異染色質）具有組織蝶防、時期糊渊、狀態(tài)特異性，在不同組織或不同時期或疾病狀態(tài)間能夠發(fā)生轉換慧脱，這種轉換和基因表達調控有一定關系。當染色體上某區(qū)域發(fā)生A/B compartment轉化贺喝，會影響其中的基因的轉錄活性菱鸥，通常B compartment轉換為A compartment的區(qū)域相關基因大多表達上調宗兼，而Acompartment轉換為B compartment的區(qū)域相關基因則下調。
TAD(拓撲相關結構域)是一段具有折疊結構的DNA序列氮采，是基因組在空間結構中的基本組織形式殷绍。TAD內部的互作頻率會顯著高于毗鄰的兩個區(qū)域之間的互作頻率，TAD結構在不同時空下(組織鹊漠、發(fā)育階段主到、狀態(tài)等）具有一定的保守性，同時也存在—些動態(tài)變化躯概。
Loops是DNA在CTCF等蛋白質的介導下形成遠距離互作登钥，同樣loop結構在不同時空下(組織、發(fā)育階段娶靡、狀態(tài)等）會有一些動態(tài)變化牧牢，且通過loop錨定的位點中包含啟動子、增強子姿锭、沉默子等塔鳍，當發(fā)生loop結構的動態(tài)變化，如新形成或消失呻此，在一定程度上會影響基因的調控轮纫。
同樣源于3C的用以研究染色體互作的技術還包括4C (Circularized ChromatinConformation Capture) . 5C (Carbon-Copy Chromatin ConformationCapture) . ChIA-PET (chromatin interaction analysis by paired-end tagsequencing）等，不同的3C衍生技術的區(qū)別在于捕獲的連接片段檢測和定量方式.
3C(one by one)——經典的3C實驗中焚鲜，通過基因座特異性引物PCR檢測單個連接產物掌唾，大多數3C通常僅能分析幾十到幾百Kb染色質之間的相互作用，通量低恃泪，費時費力郑兴。
4C(one by all):用于測定一點到多點之間的染色質交互作用。使用反向PCR產生單基因座的全基因組相互作用圖贝乎，研究已知DNA片段(bait)與全基因組未知DNA片段之間的互作情连。
5C(many by many):用于測定多點到多點之間的染色質交互作用±佬В基于3C的基本原理却舀，結合連接介導的擴增來增加3C檢測的通量，識別兩組大量位點之間并行的數百萬個相互作用锤灿。
ChIA-PET配對末端標簽測序分析染色質相互作用技術挽拔，把染色質免疫沉淀(ChIP)技術、染色質鄰近式連接(chromatinproximity ligation)技術但校、配對未端標簽(paired-endtag,PET)技術和新一代測序(next-generation sequencing)技術融為一體,在基因組三維折疊和套環(huán)狀態(tài)下分析基因表達和調控螃诅，全基因組范圍內分析遠程染色質相互作用。
而Hi-C技術，則提供了一個真正全基因組范圍的相互作用圖譜术裸。
文章1：
題目: The methyltransferase SETDB1 regulates a large neuron-specific topological chromatin domain.期刊: Nat Genet
影響因子: 31.616
作者通過細胞類型特異性3D基因組圖譜倘是，靶向表觀基因組編輯等技術手段，識別出了一種能幫助基因組免受CTCF過度結合的SETDB1依賴性“盾牌”袭艺，揭示表觀遺傳對染色體關鍵結構域的影響搀崭。
文章2：
題目: The Energetics and Physiological lmpact of Cohesin Extrusion.期刊:Cell
影響因子:28.710
作者圍繞黏連蛋白擠壓的能量和生理學影響進行了一系列研究，發(fā)現黏連蛋白擠壓需要其內源性的ATP活性猾编，大量的黏連蛋白結合在CTCF錨定位點附近產生了結構性的條紋;條紋結構可促進啟動子-增強子的相互作用瘤睹，而條紋錨定位點是腫瘤誘導TOP23 DNA斷裂的主要位點。
二答倡、 DLO Hi-C
華中農業(yè)大學曹罡教授課題組研發(fā)了一種新型的染色質構象捕獲技術DLO Hi-C轰传。
DLO Hi-C技術：是基于Hi-C技術的一種創(chuàng)新的染色質構象捕獲技術，此技術信噪比高苇羡，質量控制于早期绸吸，為解析基因組三維結構提供了一種新型、高效设江、經濟的研究方案锦茁。
DLO Hi-C技術優(yōu)勢:
1.微量細胞建庫:正常建庫與生信分析的樣本可低至10萬個核。
2.高成功率:細胞樣本文庫構建成功率幾乎為100%叉存。
3.建庫周期短:只需執(zhí)行兩輪簡單的消化和連接步驟即可獲得高質量的文庫码俩。
4.數據更準確:測序前質檢,確保數據準確性。
5.分辨率更高:在測序數據更少的情況下,互作矩陣分辨率更高歼捏， 染色質結構分析得到的數據也更多稿存。
6.較高的信噪比:使用多種措施來減少噪音，保證高質量的數據輸出瞳秽，分析更準確瓣履。
7.可與RNA-Seq、 ChIP-Seq练俐、 ATAC- Seq和甲基化等多組學表觀遺傳分析袖迎。
DLO Hi-C技術詳細見文章3：
題目: Digestion-ligation-only Hi-C is an efficientand cost-effective method for chromosome conformationcapture.
期刊:Nat Genet影響因子: 31.616
作者開發(fā)了一種H-C方法——DLO Hi-C，并利用這項技術成功的探索了基因組的三維結構和染色體易位腺晾。DLO Hi-C具有簡單高效燕锥、高性價比、快速早期質控等優(yōu)點悯蝉。有助于探索全基因組的三維結構以及相關的研究归形。
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參考：
http://www.genecreate.cn/subject/964.html
