Caicedo-Montoya C, Manzo-Ruiz M, Ríos-Estepa R (2021) Pan-Genome of the Genus Streptomyces and Prioritization of Biosynthetic Gene Clusters With Potential to Produce Antibiotic Compounds. Front Microbiol 12:. https://doi.org/10.3389/fmicb.2021.677558
鏈霉菌屬的種類以其產(chǎn)生多種次級(jí)代謝物的能力而聞名；它們的基因組已被廣泛探索，以發(fā)現(xiàn)新的生物活性化合物求冷。目前可用的豐富基因組數(shù)據(jù)允許篩選高質(zhì)量基因組，這反過來又允許進(jìn)行可靠的比較基因組學(xué)研究朴沿，并通過基因組挖掘方法改進(jìn)生物合成基因簇（BGC）的預(yù)測(cè)。在這項(xiàng)工作中，我們?cè)谝豁?xiàng)比較基因組學(xué)研究中使用了鏈霉菌屬的121個(gè)基因組序列，目的是通過蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域含量爱沟、蛋白質(zhì)序列相似性和基因間區(qū)域保護(hù)（IGR）來估計(jì)基因組多樣性。我們還搜索了BGC匆背，但優(yōu)先考慮了那些具有潛在抗生素活性的BGC呼伸。我們的分析表明，鏈霉菌屬的泛基因組明顯是開放的钝尸，在不同物種中有大量獨(dú)特的基因家族括享，并且IGR很少保守搂根。我們還使用多個(gè)標(biāo)記描述了所分析基因組的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系，獲得了一個(gè)可靠的樹铃辖，其關(guān)系通過平均核苷酸同一性（ANI）計(jì)算進(jìn)一步驗(yàn)證剩愧。最后，檢測(cè)到33個(gè)生物合成基因簇具有潛在的抗生素活性和預(yù)測(cè)的作用模式娇斩，這可能為相關(guān)實(shí)驗(yàn)研究的制定提供指導(dǎo)隙咸。
