1. 判斷物種是什么浓恶？即新種/未知種鑒定，相似性判斷
Isolation of a novel species in the genus Cupriavidus from a patient with sepsis using whole genome sequencing
doi:?10.1371/journal.pone.0232850
主要結(jié)論：使用Illumina MiSeq平臺(tái)進(jìn)行WGS唆香，并使用TrueBac TM搜索基因組序列數(shù)據(jù)庫(kù)ID-Genome系統(tǒng)（未發(fā)現(xiàn)平均核苷酸同一性值高于95.0％的菌株，這是進(jìn)行物種水平鑒定的起點(diǎn)。系統(tǒng)發(fā)育分析表明产禾，該細(xì)菌是一種新的Cupriavidus菌種浓体，形成了與Gilriaii菌的亞簇挤悉。
Integrated Comparative Genomic Analysis and Phenotypic Profiling of Pseudomonas aeruginosa Isolates From Crude Oil
背景介紹：該文章之前的報(bào)告表明垦沉，基于16S rRNA分析煌抒，只有IMP67和IMP68是銅綠假單胞菌。研究表明乡话，基于16S rRNA的系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)在屬內(nèi)水平上缺乏分辨率摧玫。使用十個(gè)管家基因進(jìn)一步分析這三個(gè)菌株的系統(tǒng)發(fā)育位置耳奕“笄啵基于54個(gè)代表性假單胞菌屬菌株的多位點(diǎn)序列分析诬像，使用最大似然（ML）方法繪制系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)，包括51個(gè)具有完整基因組序列的染色和這三個(gè)新測(cè)序的菌株（IMP66闸婴，IMP67和IMP68）坏挠，菌株IMP66，IMP67和IMP68都聚集在銅綠假單胞菌組內(nèi)邪乍，并且都被鑒定為銅綠假單胞菌菌株
主要結(jié)果：通過(guò)使用PacBio和Illumina雜交方法降狠，從原油中分離出了三種假單胞菌菌株（分別命名為IMP66，IMP67和IMP68）用于全基因組測(cè)序庇楞。系統(tǒng)發(fā)育分析表明榜配，這3個(gè)菌株均為銅綠假單胞菌。
2. 探討基因組中有沒(méi)有目標(biāo)序列或基因吕晌？
Statistical Optimisation of Phenol Degradation and Pathway Identification through Whole Genome Sequencing of the Cold-Adapted Antarctic Bacterium, Rhodococcus sp. Strain AQ5-07
doi:?10.3390/ijms21249363
主要結(jié)論：使用Illumina Hiseq平臺(tái)通過(guò)全基因組測(cè)序（WGS）獲得菌株AQ5-07的組裝的基因組草圖序列（6.75 Mbp）蛋褥。基因組分析確定了包含catA睛驳，catB烙心，catC，catR乏沸，pheR淫茵，pheA2和pheA1的完整基因簇〉旁荆基因組包含了苯酚和鄰苯二酚降解所需的完整酶系統(tǒng)匙瘪，同時(shí)表明苯酚降解是通過(guò)β-酮己二酸途徑發(fā)生的.。
3.判斷樣本是否有研究的潛力蝶缀，如是否具有感興趣的基因或通路辆苔。
Comparative Pathogenomics of Aeromonas veronii from Pigs in South Africa: Dominance of the Novel ST657 Clone
doi:?10.3390/microorganisms8122008
主要結(jié)論：在Illumina MiSeq平臺(tái)上通過(guò)全基因組測(cè)序探索了從南非夸祖魯-納塔爾省的豬中回收的碳青霉烯抗性氣單胞菌（Aeromonas veronii）分離株的致病組學(xué)。此外扼劈，這些分離株攜帶幾種毒力因子（粘附因子驻啤，毒素和免疫逃避），以不同的排列和組合荐吵，導(dǎo)致感染能力的差異骑冗。系統(tǒng)發(fā)育基因組學(xué)和元數(shù)據(jù)分析揭示了對(duì)水環(huán)境和水生動(dòng)物的偏好，使得Aeromonas veronii成為潛在的一種健康指示細(xì)菌先煎。
Genome-Wide Identification and Functional Characterization of β-Agarases in?Vibrio astriarenae?Strain HN897
主要結(jié)果：從中國(guó)南方沿海海水中分離出的弧菌菌株HN897被證明具有瓊脂糖分解作用贼涩，能夠分解d-半乳糖。在這里薯蝎，我們使用Illumina和PacBio測(cè)序來(lái)組裝菌株HN897的整個(gè)基因組序列遥倦，該菌株由兩個(gè)環(huán)狀染色體（Vas1和Vas2）組成。在所有類型的碳水化合物活性酶類別中，糖苷水解酶（GH）是HN897基因組中最常見(jiàn)的袒哥。其中包括八個(gè)被確定為假定的β-瓊脂糖的GH缩筛，它們以相等的比例屬于GH16和GH50家族。同源性分析表明堡称，GH16和GH50基因串聯(lián)排列在兩個(gè)與基因重復(fù)一致的不同染色體上瞎抛。基因敲除和互補(bǔ)研究以及表型分析證實(shí)却紧，GH16_16亞家族基因Vas1_1339表現(xiàn)出該菌株的瓊脂分解表型桐臊。總的來(lái)說(shuō)晓殊，這些發(fā)現(xiàn)解釋了菌株HN897的瓊脂分解断凶，但也提供了寶貴的資源，以更詳細(xì)地了解菌株HN897的進(jìn)化和生理能力巫俺。
