今天的學(xué)習(xí)內(nèi)容是：linux如何安裝軟件贡未？
————來自生信星球?qū)W習(xí)筆記
一种樱、下載conda（精華版--miniconda）——-“l(fā)inux的應(yīng)用商店”
1.百度/谷歌搜索“miniconda 清華”（是清華的conda鏡像網(wǎng)站）
-> 進(jìn)入：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
-> 選擇電腦合適的最新版本，右鍵-復(fù)制下載鏈接
- 進(jìn)入biosoft目錄：cd ~/biosoft俊卤，下載鏈接
-> wget命令下載復(fù)制的鏈接
TIPS:
「for Windows」請記住這里的粘貼不是ctrl+c和ctrl+V了嫩挤，選中，鼠標(biāo)左鍵點一下是復(fù)制消恍，右鍵點一下是粘貼岂昭；
「for Mac」直接cmd + c 復(fù)制，cmd + v粘貼
二狠怨、安裝miniconda
1.執(zhí)行安裝命令
根據(jù)提示按 enter 繼續(xù)......中間會出現(xiàn)很多的版權(quán)信息佩抹，按enter跳過直至出現(xiàn)
輸入yes繼續(xù)，開始安裝miniconda3
輸入yes
出現(xiàn)上述提示取董，即為安裝成功
2.激活miniconda
source ~/.bashrc #來激活conda
conda
出現(xiàn)滿屏的信息說明成功了
3.添加中科大鏡像
# 使用中科大的鏡像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
三、使用conda
-
查看當(dāng)前服務(wù)器上安裝的所有軟件列表 conda list
image.png
2.安裝軟件 conda install fastqc -y 【-y是yes无宿，安裝過程中conda問題全部回答yes】
默認(rèn)安裝最新版本茵汰，但是有的軟件新版本bug比較多，可能需要用到老版本孽鸡，如果要指定版本號蹂午，使用命令：
conda install fastqc=0.11.7 -y
3.確認(rèn)fastqc軟件是否安裝成功
fastqc --help
出現(xiàn)一段栏豺，這是軟件的幫助文檔，提示已經(jīng)安裝成功豆胸。
- 卸載軟件
conda remove fastqc -y
今天更多的學(xué)習(xí)筆記來自生信星球奥洼，自己跟著實操一遍，收獲滿滿晚胡，繼續(xù)加油灵奖！
