回顧
????表觀基因組中?5mC(DNA 甲基化)?概述:在甲基轉(zhuǎn)移酶的作用下,DNA 序列中的胞嘧啶(C) 5`碳位結(jié)合一個(gè)甲基基團(tuán)形成5`-甲基胞嘧啶的現(xiàn)象畅卓。
DNA甲基化檢測(cè)技術(shù)包括:基于Bisulfite轉(zhuǎn)化的檢測(cè)技術(shù)裕循、基于限制性內(nèi)切酶的檢測(cè)技術(shù)蜂绎、基于免疫共沉淀的檢測(cè)技術(shù)宵溅。
基于Bisulfite轉(zhuǎn)化的檢測(cè)技術(shù)
????通過(guò)亞硫酸氫鹽將基因組中未發(fā)生甲基化的C堿基轉(zhuǎn)換成U,進(jìn)行PCR擴(kuò)增后變成T肿轨,而有甲基化修飾的C堿基則不發(fā)生改變寿冕。#這樣便將具有甲基化修飾的C堿基與不具有甲基化修飾的C堿基區(qū)分開(kāi)來(lái)。再結(jié)合高通量測(cè)序技術(shù)椒袍,得到單堿基分辨率的全基因組DNA甲基化圖譜驼唱。
全基因組甲基化測(cè)序(whole genome bisulfiite sequencing : WGBS-SEQ)
????全基因組甲基化測(cè)序技術(shù)通過(guò)T4-DNA連接酶,在超聲波打斷基因組DNA片段的兩端連接接頭序列驹暑,連接產(chǎn)物通過(guò)重亞硫酸鹽處理將未甲基化修飾的胞嘧啶C轉(zhuǎn)變?yōu)閁raci lU玫恳,進(jìn)而通過(guò)接頭序列介導(dǎo)的 PCR 技術(shù)將Uracil U轉(zhuǎn)變?yōu)樾叵汆奏。WGBS是甲基化測(cè)序的”金標(biāo)準(zhǔn)”优俘。
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