什么是DNA甲基化罗岖？
DNA methylation：指在DNA甲基化轉(zhuǎn)移酶的作用下，在基因組CpG二核苷酸的胞嘧啶5'碳位共價(jià)鍵結(jié)合一個(gè)甲基基團(tuán)。為DNA化學(xué)修飾的一種形式艳汽，在不改變DNA序列的前提下嗤无，改變遺傳表現(xiàn)震束。DNA甲基化是表觀遺傳修飾的主要機(jī)制之一，對(duì)基因表達(dá)和細(xì)胞活性具有根本性影響当犯。在哺乳動(dòng)物中垢村，DNA甲基化幾乎僅在CpG二核苷酸中發(fā)現(xiàn)，而在植物和其他生物中嚎卫，DNA甲基化在三種不同的序列背景中發(fā)現(xiàn)：CG（或CpG）嘉栓，CHG或CHH（其中H對(duì)應(yīng)于A，T或C）。
甲基化.png
什么是CpG島?
CpG是5'-C-磷酸-G-3'的簡寫侵佃，沿著5'→3'方向上胞嘧啶核苷酸后面緊跟著鳥嘌呤核苷酸麻昼，CpG島是具有高頻率CpG位點(diǎn)的區(qū)域。大約50％的CpG島位于基因啟動(dòng)子區(qū)域馋辈，而另外25％位于gene body抚芦，70%的人類基因的啟動(dòng)子包含CpG島。
cpg.png
DNA甲基化.png
什么是簡化基因組甲基化測(cè)序迈螟？
簡化基因組甲基化測(cè)序(RRBS)是利用限制性內(nèi)切酶對(duì)基因組進(jìn)行酶切燕垃， 經(jīng)Bisulfite處理，對(duì)基因組CpG區(qū)域進(jìn)行測(cè)序的技術(shù)井联。
為什么需要利用Bisulfite處理卜壕？
因?yàn)橹貋喠蛩猁}能使胞嘧啶轉(zhuǎn)換成尿嘧啶，而5-甲基胞嘧啶（m5c）保持不變烙常。
簡化基因組甲基化測(cè)序?qū)嶒?yàn)步驟大致如下：
1.利用限制性內(nèi)切酶對(duì)基因組進(jìn)行酶切
2.文庫構(gòu)建轴捎，包括末端修復(fù)、加A尾和接頭
3.片段選擇蚕脏，以人為例侦副，一般是選擇40-220bp的片段
4.重亞硫酸鹽轉(zhuǎn)換
5.PCR擴(kuò)增
6.上機(jī)測(cè)序
image.png
