TIP--Tracking Tumor Immunophenotype
（http://biocc.hrbmu.edu.cn/TIP/）
接下來我們看看TIP可以分析研究點(diǎn)什么~
1）通過腫瘤免疫周期分析在這七個(gè)階段下抗癌免疫狀態(tài)
2）推斷各種腫瘤浸潤免疫細(xì)胞的比例，如T細(xì)胞，B細(xì)胞欺劳，NK細(xì)胞磺平，巨噬細(xì)胞的比例
3）分析了33種TCGA人類癌癥中11373例患者的抗癌免疫狀態(tài)和腫瘤浸潤免疫細(xì)胞比例葵萎，作為腫瘤免疫表型分析的參考
TIP對于腫瘤免疫相關(guān)的分析也算是很全面了豹休，那小編再來介紹下大家最最關(guān)心的扇住，對于TIP怎么操作~
Part1：Analysis
“Analysis”通過用戶上傳基因表達(dá)數(shù)據(jù)集，對腫瘤免疫表型進(jìn)行系統(tǒng)分析私植，包括腫瘤免疫狀態(tài)評分、腫瘤浸潤免疫細(xì)胞比例等车酣。
1）Prepare data
TIP可以分析RNA-seq data（TPM or count）和Microarray data（different platforms）曲稼，數(shù)據(jù)格式行為基因標(biāo)識符索绪，列為樣本標(biāo)簽。
2）Upload data
點(diǎn)擊“Browse”上傳想要分析的數(shù)據(jù)
選擇癌癥類型
選擇數(shù)據(jù)的類型（RNA-seq or microarray）
選擇文件格式（若為RNA-seq則選擇為TMP或count躯肌，若為microarray忽略即可）
可選擇提供郵箱者春，運(yùn)行得到的結(jié)果會發(fā)送到郵箱
點(diǎn)擊“Submit”，提交TIP進(jìn)行分析（每個(gè)樣本分析時(shí)間在1.2分鐘左右）清女。
小編以TIP示例數(shù)據(jù)進(jìn)行演示钱烟，接下在就是見證奇跡的時(shí)刻~
3）基于全部樣本的相關(guān)腫瘤免疫分析
多樣本免疫活性得分
該分析首先生成了一張heatmap，概述了在腫瘤循環(huán)周期包含的七個(gè)步驟中觀察到的TCGA腫瘤數(shù)據(jù)的免疫活性評分嫡丙。其中顏色表示每個(gè)樣本的活性得分拴袭，紅色越深，免疫狀態(tài)的活性越高曙博，得分越高拥刻，將鼠標(biāo)停留在熱圖的某一部分左側(cè)指針部分會對應(yīng)到相應(yīng)的分值上；在參考基因中注釋的基因數(shù)量顯示在行名后方的括號中父泳；同時(shí)數(shù)據(jù)以及圖片都可以保存下載般哼。
ii.多個(gè)樣本的免疫細(xì)胞浸潤
該分析還可以生成stacked plot，概述了所有樣本免疫細(xì)胞浸潤比例惠窄≌裘撸可用于分別推斷了14種或22種免疫細(xì)胞類型在RNA-seq或microarray數(shù)據(jù)中的相對比例。x軸代表樣本杆融，y軸是免疫細(xì)胞所占的比例楞卡，每種顏色代表一種免疫細(xì)胞且這些細(xì)胞的比例之和為1；將鼠標(biāo)停留在相應(yīng)樣本相應(yīng)的顏色框上脾歇，就得到了該樣本的免疫細(xì)胞比例蒋腮；點(diǎn)擊圖例中感興趣的免疫細(xì)胞，各免疫細(xì)胞所占比例將會實(shí)時(shí)改變藕各；同樣的相關(guān)數(shù)據(jù)以及圖片可以保存下載池摧。
iii.多個(gè)樣本的特征基因表達(dá)
該分析可以生成heatmap和主成分分析的散點(diǎn)圖。Heatmap顯示了所有樣本中178個(gè)特異性的特征基因的表達(dá)水平激况，每一行代表一個(gè)基因险绘，每一列代表一個(gè)樣本。熱圖中從紅色(正)到藍(lán)色(負(fù))的顏色表示表達(dá)式值的大小變小誉碴，左邊的7個(gè)顏色條代表免疫步驟宦棺；散點(diǎn)圖顯示了所有樣本特征基因表達(dá)的交互主成分分析(PCA)，這兩個(gè)軸代表所有樣本的兩個(gè)“PC”(即兩個(gè)主成分)黔帕，當(dāng)數(shù)據(jù)點(diǎn)相互關(guān)聯(lián)時(shí)代咸，它們往往會聚合在一起，將鼠標(biāo)停留在一個(gè)點(diǎn)上成黄，得到兩個(gè)pc的值呐芥。
iv.單樣本免疫表型分析
在頁面的右側(cè)有一個(gè)框架顯示了每個(gè)樣本的免疫活性得分逻杖。在表格上方的搜索框是可以檢查用戶感興趣的一些示例；在搜索框下是一個(gè)表格樣例(鏈接)及其整體活動得分思瘟，顏色越深得分越高荸百；當(dāng)你想知道一個(gè)樣本的具體信息時(shí)，點(diǎn)擊藍(lán)色的樣本名稱滨攻，會彈出一個(gè)關(guān)于這個(gè)樣本的新頁面（即進(jìn)入到單個(gè)樣本的腫瘤免疫分析）够话；還可以對分?jǐn)?shù)進(jìn)行排序。
4）基于單個(gè)樣本的相關(guān)腫瘤免疫分析
單個(gè)樣本的全局信息
該分析給出了單個(gè)樣本的免疫表型狀態(tài)的總體組圖光绕，折線圖顯示了單個(gè)樣本在腫瘤免疫周期中七個(gè)階段內(nèi)的抗癌免疫活性得分女嘲，把鼠標(biāo)停留到一個(gè)點(diǎn)上就可以顯示相應(yīng)點(diǎn)的得分。箱線圖顯示了在腫瘤免疫周期中七個(gè)階段內(nèi)特異性的特征基因的表達(dá)水平诞帐。餅圖顯示了單個(gè)樣本中腫瘤浸潤免疫細(xì)胞的相對比例欣尼。
ii.與TCGA的免疫印跡對照
該分析給出了單個(gè)樣本7個(gè)免疫表型狀態(tài)得分圖，其中圓圈圖紅色軌道(外圈)中的綠色點(diǎn)和灰色線分別代表腫瘤樣本和得分平均值停蕉，綠色軌道(內(nèi)圈)中的橙色點(diǎn)和灰色線表示得分的正常樣本值和平均值愕鼓，最外層的數(shù)字是樣本得分的范圍，紅線指向所選樣本的得分慧起；雷達(dá)圖（step4）顯示了單個(gè)樣本(藍(lán)色)在免疫細(xì)胞轉(zhuǎn)移到腫瘤的步驟中每個(gè)免疫細(xì)胞的活性評分菇晃，并以TCGA正常(綠色)和腫瘤(橙色)樣本免疫細(xì)胞轉(zhuǎn)運(yùn)至腫瘤的中位數(shù)作為參考；雷達(dá)圖（step5）顯示單個(gè)樣本(藍(lán)色)腫瘤浸潤免疫細(xì)胞的相對比例完慧。
除了針對用戶上傳的樣本進(jìn)行分析谋旦，TIP還可以針對泛癌進(jìn)行分析
Part2：PancancerAnalysis
PancancerAnalysis評估基于TCGA泛癌數(shù)據(jù)計(jì)算出的33個(gè)人類癌癥中11373個(gè)樣本的抗腫瘤免疫狀態(tài)得分和腫瘤浸潤免疫細(xì)胞比例剩失。
用戶可以選擇一種感興趣的腫瘤類型提交并開始分析屈尼。
整體的分析結(jié)果與用戶自行提交數(shù)據(jù)的分析結(jié)果類似，針對泛癌的分析以便于用戶對腫瘤樣本的免疫狀態(tài)進(jìn)行分析和比較拴孤。
