Linux 環(huán)境下程序安裝
登錄服務(wù)器
bzip
yum install -y bzip2（自動(dòng)安裝bzip）
軟件下載器（miniconda）
wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
miniconda里下載
先安裝激活
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #安裝
source ~/.bashrc #來激活conda
conda
設(shè)置鏡像
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes
使用conda
conda list
conda search fastqc
conda install fastqc=0.11.7 -y #-y是自動(dòng)安裝,0.11.7是版本號(hào)
conda remove fastqc #卸載
conda 環(huán)境
conda info --envs #查看環(huán)境
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y #創(chuàng)建新環(huán)境及軟件
source activate rna-seq #激活
conda remove -n rna-seq fastqc -y #自動(dòng)卸載某個(gè)環(huán)境的軟件
source deactivate #退出環(huán)境
conda remove -n rna-seq --all #刪除環(huán)境
