當進行轉(zhuǎn)錄組學數(shù)據(jù)分析時同规，會發(fā)現(xiàn)有兩種數(shù)據(jù)债热。一種被稱為芯片數(shù)據(jù)（Microarray data)，另一種是下一代測序技術(shù)（NGS）得到的數(shù)據(jù)（eg挑围，二代測序倔喂，三代測序）铝条。
目錄
1. Microarray: 芯片數(shù)據(jù)
2. NGS (Next Generation Sequencing)
3. RNA-Seq的應用
1. Microarray: 芯片數(shù)據(jù)
原理：基于分子雜交技術(shù)，主要是依靠印刷有熒光標記探針的基因芯片來實現(xiàn)席噩。比如說基因組芯片班缰，它高密度的集成了分辨率高達幾bp~100bp的探針，通過與樣品雜交熒光顯色的辦法來刻畫轉(zhuǎn)錄組的信息悼枢。
- 流程：1.標記mRNA或cDNA文庫埠忘，2.與設(shè)計好的探針相雜交，3.洗脫萧芙，與探針有特異性結(jié)合的cDNA就保留了下來给梅，4成像系統(tǒng)拍照捕捉信息；
- 原始數(shù)據(jù)：由儀器對雜交結(jié)果照像生成的圖片双揪，保存格式為CEL格式动羽；
- 參考數(shù)據(jù)：基因芯片探針排布的信息，保存為CDF格式渔期；
- 優(yōu)點：高度集成运吓，易于應用，成本低
- 缺點：
1. 高度地依賴已知信息疯趟；
2. 高背景噪音拘哨，非特異雜交會帶來的無法分辨弱信號和信號過飽和的問題；
3. 在不同樣品的比較當中信峻，甚至在同一芯片內(nèi)部倦青，都存在雜交不均勻帶來的各種問題，需要標準化等統(tǒng)計學方法來對結(jié)果校正盹舞；
4. 不能對可變剪接進行分析
2. NGS (Next Generation Sequencing)
直接對cDNA進行測序产镐。下一代測序（Next Generation Sequencing隘庄，NGS）又名高通量測序（High-Throughput Sequencing），是相對于傳統(tǒng)的桑格測序（Sanger Sequencing）而言的癣亚。
- 有參考基因組的測序流程：
- 從樣品分離出mRNA丑掺；
- 反轉(zhuǎn)錄成cDNA, 片段化建庫；
- 對文庫進行測序述雾；
- mapping到參考基因組上街州；
- 無參考基因組測序：要對測序結(jié)果進行拼接
- 高通量測序的主要平臺代表有
- 羅氏公司(Roche)的454測序儀（Roch GS FLX sequencer）
- Illumina公司的Solexa基因組分析儀（Illumina Genome Analyzer）
- ABI的SOLiD測序儀（ABI SOLiD sequencer）
測序技術(shù)發(fā)展史
各種測序技術(shù)重點參數(shù)比較
- 優(yōu)點：
1. 不僅得到表達量，還可以對可變剪接和SNP進行研究玻孟；
2. 背景噪音小唆缴，無信號過飽和問題；
3. 數(shù)read的數(shù)目取募，所以精確度比基因芯片要高琐谤，且可重復性好；
4. 無克隆步驟玩敏，所以對樣品量的要求更低； - 缺點：
1. 測序片段長度相對較小质礼，對于較長的序列需要打碎成小片段建庫旺聚；
2. 高通量數(shù)據(jù)需要生信工具進行挖掘；
3. 測序深度與花費的矛盾
3. RNA-Seq的應用
RNA-Seq即對轉(zhuǎn)錄組進行測序和分析眶蕉。一般來說在研究所會委托公司測序得到數(shù)據(jù)自己進行后續(xù)的生信分析（質(zhì)控砰粹，mapping，差異基因表達分析造挽，SNV分析等）碱璃。RNA-Seq有著巨大的應用前景。
研究意義 作者：hoptop
- 在不同背景下比較mRNA水平
同一物種饭入，不同組織：研究基因在不同部分的表達情況
同一物種嵌器，同一組織：研究基因在不同處理下，不同條件下的表達變化
同一組織谐丢，不同物種：研究基因的進化關(guān)系
時間序列實驗： 基因在不同時期的表達情況與發(fā)育的關(guān)系- 基因分類： 找到細胞特異爽航，疾病相關(guān)，處理相關(guān)的基因表達模式乾忱，用于診斷疾病和預測等
- 基因網(wǎng)絡(luò)和通路： 基因在細胞活動中的功能讥珍，基因間的相互作用。
以下例子選自什么是RNA-Seq (RNA Sequencing)
- 例1. 識別基因或者外顯子的邊界窄瘟，一次RNA-Seq就可以明確大量的基因和外顯子邊界衷佃；
- 例2. 擴展對轉(zhuǎn)錄復雜性的認識。對于人類而言蹄葱，RNA剪接事件已經(jīng)被確認的就有31618氏义，還有更多有待我們?nèi)ソ馑ル纾绕涫歉黝惣膊〕梢虻难芯浚槐热缢鼘Φ皖l度轉(zhuǎn)錄事件的發(fā)現(xiàn)觅赊，是研究生物噪音的一大利器右蕊。
- 因為RNA-Seq是可以定量的，所以可以應用于系統(tǒng)生物學方面并起到重要作用吮螺。
參考資料
