作者：Raymon T
編輯：angelica
01 什么是單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序蜂莉？
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序（Single Cell RNA Sequencing）是在單細(xì)胞水平對mRNA進行全轉(zhuǎn)錄組擴增及高通量測序的一種高端技術(shù)诱告，研究單個細(xì)胞內(nèi)的整體基因表達情況太示，以及基因的結(jié)構(gòu)變異。主要用于細(xì)胞分子機制中細(xì)胞異質(zhì)性研究巩割、以及樣本量少而無法進行常規(guī)高通量測序等榔至。單細(xì)胞RNA-Seq提供成千上萬個單個細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄譜，這種水平的通量分析使研究人員能夠在單細(xì)胞水平上了解哪些基因表達挎挖，多少數(shù)量以及異質(zhì)樣品中成千上萬個細(xì)胞之間的差異。
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5.單細(xì)胞RNA系列專題之一：單細(xì)胞RNA測序中質(zhì)控之重要細(xì)節(jié) （下篇）
02 10X單細(xì)胞RNA-seq測序工作流程是什么蕉朵？
10xGenomics單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄平臺作為近來最常見的一種單細(xì)胞產(chǎn)品，其工作流程概述如下：
將樣品組織/細(xì)胞分散成單細(xì)胞懸液阳掐；
在微流控系統(tǒng)中與sequencing beads形成GEMs始衅；
在GEMs中細(xì)胞被裂解--建庫；
進行文庫測序缭保；
下載數(shù)據(jù)進行分析（cellranger）
03 什么是GEMs汛闸？
GEMs（Gel Bead in emulsion），每一個GEMs均是Gel Bead + Master Mix + Cell Lysate的混合艺骂，其中Master Mix是即用型的常規(guī)PCR預(yù)混合溶液诸老；Cell Lysate表示細(xì)胞裂解液。如下圖所示：
04 10X單細(xì)胞主要實驗步驟是什么钳恕？
具體的實驗流程如圖所示别伏，最終含有細(xì)胞的油滴占所有油滴比例大約5%，更好地保證了含有細(xì)胞的油滴里面只有1個細(xì)胞忧额，一個包含細(xì)胞的油滴內(nèi)就是一個單細(xì)胞scRNA-Seq厘肮。每個GEMs內(nèi)包含獨特的10X barcode用于區(qū)分不同的單細(xì)胞；每個GEMs內(nèi)相同的10X barcode與不同的UMI組成用于區(qū)分不同轉(zhuǎn)錄本的Gel Bead poly(dT) Primers睦番。
05 10X單細(xì)胞建庫中試劑V2和V3的區(qū)別是什么类茂？
V2和V3版本的實驗過程和基本原理相同，用于生成3'基因表達文庫的Gel Bead poly(dT) Primers差異主要是UMI隨機序列長度從10bp增加到了12bp抡砂。UMI多樣性增加大咱，相應(yīng)的Gel Beads上Primers的數(shù)量也從73多萬種增加到350多萬種，在相同測序深度下V3能發(fā)現(xiàn)更多的基因注益；GEMs（油包水）數(shù)量未有改變，還是能鑒定500-10,000個細(xì)胞溯捆。下圖可見V2和V3結(jié)構(gòu)區(qū)別：
06 V2和V3最終的文庫結(jié)構(gòu)是什么樣的丑搔？
下圖顯示了具體的R1,R2和I1三種數(shù)據(jù)文件的主要內(nèi)容厦瓢，其中V3試劑的R1比V2試劑的R1要長2bp，詳情見下方：
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