scRNA Editing Project2-RNA editing generates cellular subsets with diverse sequence within popula...

引言

RNA編輯是在轉(zhuǎn)錄后的RNA單個(gè)核苷酸發(fā)生改變的事件讼油,文中作者使用“epitranscriptome”一詞來形容這種RNA水平的修飾。RNA編輯事件主要是通過兩種酶的來催化發(fā)生的:ADAR(編輯A to I)和APOBEC1(編輯C to U)辞嗡。RNA編輯與神經(jīng)細(xì)胞和免疫細(xì)胞的發(fā)育和功能不狮、腫瘤的發(fā)生有著很多聯(lián)系欣除。然而色冀,特定編輯事件的功能相關(guān)性潭袱,才剛開始被探索(以往都只是看一個(gè)大概的編輯率)。

RNA編輯事件通常是根據(jù)編輯率來表示的呐伞,即某個(gè)位點(diǎn)發(fā)生編輯的reads數(shù)除以map到這個(gè)位點(diǎn)的reads數(shù)敌卓。RNA編輯率的差異很大,目前大多數(shù)研究都集中在高編輯的轉(zhuǎn)錄本上伶氢,對于總體編輯水平的生物學(xué)意義,目前有兩種假設(shè):

一是Gommans and Maas提出的:bulk RNA-seq中低編輯率的事件是真實(shí)發(fā)生在每個(gè)細(xì)胞中的事件瘪吏,數(shù)據(jù)中觀察到的大量低頻 RNA 編輯事件準(zhǔn)確地表示了每個(gè)細(xì)胞中發(fā)生的情況癣防。這種低頻事件可能是“噪音”,它仍然可以作為基因組水平突變的替代機(jī)制來實(shí)現(xiàn)生物學(xué)功能掌眠,以發(fā)揮潛在的有利適應(yīng)性蕾盯。

Pullirsch 和 Jantsch 提出的第二個(gè)替代假設(shè)是,RNA 編輯實(shí)際上可能在特定細(xì)胞亞群中以非常高的頻率發(fā)生蓝丙,從而使細(xì)胞群多樣化级遭。

為了驗(yàn)證這些假設(shè)望拖,作者試圖比較bulk RNA-seq和scRNA-seq的編輯率。但實(shí)際上挫鸽,scRNA-seq因?yàn)闇y序深度低说敏、捕獲的轉(zhuǎn)錄本不足(僅占20%)等原因,不能確定未發(fā)現(xiàn)的編輯事件是真的未編輯還是未被檢測到

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