高通量序列數(shù)據(jù)的質(zhì)量控制工具
FastQC旨在提供一種簡單的方法，對來自高通量測序管道的原始序列數(shù)據(jù)進(jìn)行一些質(zhì)量控制檢查脐雪。它提供了一組模塊化的分析，您可以使用這些分析快速了解您的數(shù)據(jù)是否存在任何問題战秋，在進(jìn)行任何進(jìn)一步分析之前，您應(yīng)該意識到這些問題脂信。
FastQC的主要功能是：
1透硝、從BAM、SAM或FastQ文件導(dǎo)入數(shù)據(jù)
2濒生、提供快速概述，告訴您哪些領(lǐng)域可能存在問題
3罪治、快速評估數(shù)據(jù)的匯總圖表
4、將結(jié)果導(dǎo)出到基于HTML的永久報告
5觉义、離線操作，允許在不運(yùn)行交互式應(yīng)用程序的情況下自動生成報告
安裝指控軟件fastqc
conda install fastqc
#調(diào)用fastqc
fastqc -t 1 -o /root/rna_seq/fastqc_out/ /root/rna_seq/test_R*.fq.gz
#-t 幾個核
#-o 輸出文檔
fastqc結(jié)果文件解讀
孟叔非常詳細(xì)的解讀
https://zhuanlan.zhihu.com/p/20731723
