發(fā)簡信
IP屬地：湖北
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利用ChIPseeker注釋peak分布1.準(zhǔn)備 TxDb 2.讀入peak文件 3.畫圖
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minimap比對
參考：[GitHub - lh3/minimap2: A versatile pairwise aligner for genomic and ...
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hifiasm組裝
參考hifiasm網(wǎng)頁代碼： https://github.com/chhylp123/hifiasm[https://github.com/c...
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canu 組裝PacBio數(shù)據(jù)
基因組組裝的三個層次署海，contig, scaffold和chromosomes.contig表示從大規(guī)模測序得到的短讀(reads)中找到的一致...
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CHIP-seq（四）motif analysis
HOMER is a software for motif discovery and ChIP-Seq analysisHOMER軟件使用Pe...
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ChIP-seq（三）MACS2 peak calling
MACS2（Model-based Analysis of ChIP-seq）usage： -t：--treatment file；-c：Con...
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ChIP-seq（二）Visualization可視化Visualization Convert bam to BigWig 1. bam to bedGraph：bedGraph存放區(qū)間的坐...
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ChIP-seq（一）Homo sapiens，neuron神經(jīng)元細(xì)胞的數(shù)據(jù)分析劳跃； 1. rawdata數(shù)據(jù)處理 了解ChIP-seq的實驗流程 (qq.com)[h...
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WGS數(shù)據(jù)分析（二）manta call SV 結(jié)構(gòu)變異（structural variants）主要找 ---缺失(Deletion) 大于50 bp---易位(...