49- 基因組預(yù)測的基礎(chǔ)(3) - GWAS和遺傳評估中的非加性效應(yīng)

1 GWAS的目錄

image.png

歷史

image.png
image.png

來自 (ss)GBLUP

image.png

單SNP回歸

image.png

image.png

求解SNP效應(yīng)使用

image.png

GWAS的一些細(xì)節(jié)

image.png

image.png

2 遺傳評估中的非加性效應(yīng)

來自Zulma G. Vitezica(INPT/INRAE)

生物效應(yīng)(biological effects) VS 統(tǒng)計效應(yīng)(statistical effects)

生物效應(yīng)-顯性或上位效應(yīng)


image.png

? 不幸的是肠缔,我們并不了解所有的基因作用和通路
? 出于多種目的变隔,我們需要做出假設(shè)/定義理論
統(tǒng)計效應(yīng)(statistical effects)


image.png

顯性效應(yīng)本質(zhì)上是殘差
image.png

image.png

兩對的上位效應(yīng)例子

image.png

統(tǒng)計和生理效應(yīng)

image.png

image.png

數(shù)量性狀的遺傳結(jié)構(gòu)不能從方差分量分析中推斷出來

? 基因的生物上位作用有助于加性和其他遺傳變異成分
? 基因作用的種類和方差分量之間沒有對應(yīng)關(guān)系。

這些數(shù)學(xué)公式能夠起到什么作用呢轿偎?

在不知道真正的作用基因的情況下广凸,這提供了工具


image.png

包含非加性效應(yīng)的模型GDBLUP及其延伸正在發(fā)展中

非加性效應(yīng)的遺傳評估:


image.png

開始之前的準(zhǔn)備:


image.png

還有的關(guān)系矩陣:


image.png

image.png

image.png

非加性效應(yīng)的遺傳評估在雜交作物中:


image.png

近交衰退 / 雜種優(yōu)勢

image.png

Runs of homozygosity (ROHs)


image.png

可能的用途

image.png

但是前兩種不好

豬上的例子

image.png

image.png

肉牛上的例子

image.png

image.png

小結(jié)

image.png

第三種作用-選配

image.png

豬上的例子(相同品種)

image.png

image.png
image.png

交配的分配:


image.png

image.png

小結(jié)

image.png

豬上的例子(不同品種)

image.png

豬的遺傳提高

image.png

image.png
image.png

image.png

image.png

選配結(jié)論

image.png

然而阅茶,模擬 F1 雜交(豬)中的交配程序并沒有產(chǎn)生額外的性能

總結(jié)

image.png
image.png

查看綜述

image.png
?著作權(quán)歸作者所有,轉(zhuǎn)載或內(nèi)容合作請聯(lián)系作者
  • 序言:七十年代末,一起剝皮案震驚了整個濱河市谅海,隨后出現(xiàn)的幾起案子脸哀,更是在濱河造成了極大的恐慌,老刑警劉巖扭吁,帶你破解...
    沈念sama閱讀 206,839評論 6 482
  • 序言:濱河連續(xù)發(fā)生了三起死亡事件撞蜂,死亡現(xiàn)場離奇詭異盲镶,居然都是意外死亡,警方通過查閱死者的電腦和手機谅摄,發(fā)現(xiàn)死者居然都...
    沈念sama閱讀 88,543評論 2 382
  • 文/潘曉璐 我一進店門徒河,熙熙樓的掌柜王于貴愁眉苦臉地迎上來,“玉大人送漠,你說我怎么就攤上這事顽照。” “怎么了闽寡?”我有些...
    開封第一講書人閱讀 153,116評論 0 344
  • 文/不壞的土叔 我叫張陵代兵,是天一觀的道長。 經(jīng)常有香客問我爷狈,道長植影,這世上最難降的妖魔是什么? 我笑而不...
    開封第一講書人閱讀 55,371評論 1 279
  • 正文 為了忘掉前任涎永,我火速辦了婚禮思币,結(jié)果婚禮上,老公的妹妹穿的比我還像新娘羡微。我一直安慰自己谷饿,他們只是感情好,可當(dāng)我...
    茶點故事閱讀 64,384評論 5 374
  • 文/花漫 我一把揭開白布妈倔。 她就那樣靜靜地躺著博投,像睡著了一般。 火紅的嫁衣襯著肌膚如雪盯蝴。 梳的紋絲不亂的頭發(fā)上毅哗,一...
    開封第一講書人閱讀 49,111評論 1 285
  • 那天,我揣著相機與錄音捧挺,去河邊找鬼虑绵。 笑死,一個胖子當(dāng)著我的面吹牛松忍,可吹牛的內(nèi)容都是我干的蒸殿。 我是一名探鬼主播,決...
    沈念sama閱讀 38,416評論 3 400
  • 文/蒼蘭香墨 我猛地睜開眼鸣峭,長吁一口氣:“原來是場噩夢啊……” “哼!你這毒婦竟也來了酥艳?” 一聲冷哼從身側(cè)響起摊溶,我...
    開封第一講書人閱讀 37,053評論 0 259
  • 序言:老撾萬榮一對情侶失蹤,失蹤者是張志新(化名)和其女友劉穎充石,沒想到半個月后莫换,有當(dāng)?shù)厝嗽跇淞掷锇l(fā)現(xiàn)了一具尸體,經(jīng)...
    沈念sama閱讀 43,558評論 1 300
  • 正文 獨居荒郊野嶺守林人離奇死亡,尸身上長有42處帶血的膿包…… 初始之章·張勛 以下內(nèi)容為張勛視角 年9月15日...
    茶點故事閱讀 36,007評論 2 325
  • 正文 我和宋清朗相戀三年拉岁,在試婚紗的時候發(fā)現(xiàn)自己被綠了坷剧。 大學(xué)時的朋友給我發(fā)了我未婚夫和他白月光在一起吃飯的照片。...
    茶點故事閱讀 38,117評論 1 334
  • 序言:一個原本活蹦亂跳的男人離奇死亡喊暖,死狀恐怖惫企,靈堂內(nèi)的尸體忽然破棺而出,到底是詐尸還是另有隱情陵叽,我是刑警寧澤狞尔,帶...
    沈念sama閱讀 33,756評論 4 324
  • 正文 年R本政府宣布,位于F島的核電站巩掺,受9級特大地震影響偏序,放射性物質(zhì)發(fā)生泄漏。R本人自食惡果不足惜胖替,卻給世界環(huán)境...
    茶點故事閱讀 39,324評論 3 307
  • 文/蒙蒙 一研儒、第九天 我趴在偏房一處隱蔽的房頂上張望。 院中可真熱鬧独令,春花似錦端朵、人聲如沸。這莊子的主人今日做“春日...
    開封第一講書人閱讀 30,315評論 0 19
  • 文/蒼蘭香墨 我抬頭看了看天上的太陽。三九已至遍膜,卻和暖如春碗硬,著一層夾襖步出監(jiān)牢的瞬間,已是汗流浹背瓢颅。 一陣腳步聲響...
    開封第一講書人閱讀 31,539評論 1 262
  • 我被黑心中介騙來泰國打工恩尾, 沒想到剛下飛機就差點兒被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道東北人挽懦。 一個月前我還...
    沈念sama閱讀 45,578評論 2 355
  • 正文 我出身青樓翰意,卻偏偏與公主長得像,于是被迫代替她去往敵國和親信柿。 傳聞我的和親對象是個殘疾皇子冀偶,可洞房花燭夜當(dāng)晚...
    茶點故事閱讀 42,877評論 2 345

推薦閱讀更多精彩內(nèi)容